Это сообщение о состоянии монастыря относится уже к лету 1609 года, т. е. к последнему периоду осады, когда запасы были на исходе, и монастырь с трудом держался против неприятеля; хотя самое тяжелое, т. е. зимнее, время уже прошло; осажденные снова могли свободно вздохнуть на свежем воздухе, и потому смертность между ними значительно ослабела.
Ко всем помянутым невзгодам осадного времени присоединились еще измены, внутренние несогласия и рознь между самими начальниками. В этом отношении любопытно краткое письмо Ольги Борисовны Годуновой к одной своей тетке в конце марта 1609 года. Она пишет, что больна со всеми старицами, и не чает живота, с часу на час ожидая себе смерти, потому что у них в осаде «шатость и измена великая», а моровое поветрие такое, что всякий день хоронят по 20, по 30 и больше, а кто и жив, так все обезножили (от цинги пухли ноги). Но в июле того же года служанка царевны — инокиня Соломонида пишет своей матери об успешно отбитом большом приступе накануне Петрова дня и сообщает, что мор у них унялся, но людей осталось менее трети. О себе самой служанка сообщает, что по милости Ольги Борисовны не терпит никакой нужды и что царевна пожаловала рубль на похороны одного их знакомого (Дмитрия Кашпирова), а то было нечем схоронить.
Слова Ольги Борисовны о шатости и великой измене на деле оказались преувеличением. Но из них мы видим, что среди осажденных развились подозрительность и взаимное недоверие по причине действительных случаев измены и передачи себя на сторону неприятеля. Выше сказано, что одним из первых изменников был монастырский служка Оська Селевин. Впоследствии в тайных изменнических сношениях с ним обвинили монастырского казначея Иосифа Девочкина и старицу Марфу Владимировну, бывшую титулярную королеву Ливонскую. По доносу некоторых монахов главный воевода Долгоруков велел схватить Девочкина и подвергнуть пытке; но каких признаний добились от него, в точности неизвестно. Этот случай возбудил сильную распрю: часть соборных старцев и сам архимандрит оскорблялись таким самоуправством над их казначеем и называли донос клеветою. К ним пристал и второй воевода Голохвастов, вообще не ладивший с Долгоруковым. А другая часть старцев приняла сторону сего последнего и обвинителей. Эта сторона в июле 1609 года послала в Москву жалобу на то, что архимандрит с единомышленными старцами положили на них ненависть и потому стали плохо кормить как их, так и ратных людей. А про старицу Марфу Владимировну писали, что она с изменником Оською Селевиным отправляла грамоты к «вору» (Лжедимитрию), называя его своим «братом», к Рожинскому и к Сапеге, которых будто бы благодарила за помощь; что своему соумышленникому Иосифу Девочкину она ежедневно посылает от собственного стола пироги, блины и меды, которые берет из царских погребов; что ее люди ему прислуживают, по ночам топят на него баню и пр. Про Голохвастова они писали, будто он замышляет отнять у Долгорукова крепостные ключи и уговаривал монастырских слуг и мужиков не выдавать ему на пытку казначея Девочкина. Такое обвинение подтверждал и сам Долгоруков в своей отписке знаменитому келарю Авраамию Палицыну с просьбою довести о том до сведения государя. Из его письма выходит, будто Голохвастов поднимал против него чернь, которая уже собиралась толпою с оружием в съезжей избе, но что дворяне, дети боярские и вообще служилые люди остались ему верны, и потому мятеж не удался.
Девочкин вскоре умер. Трудно сказать, насколько было правды в тех обвинениях, которым он подвергся. Главный доносчик на него дьякон и головщик левого клироса Гурий Шишкин хлопотал чрез своего покровителя келаря Палицына о том, чтобы самому получить место казначея, следовательно, действовал небескорыстно, Авраамий Палицын, довольно подробно изложивший историю Троицкой осады, жил тогда не в Лавре, а в Москве на Троицком подворье в Богоявленском монастыре, где он вел разнообразные дела своей обители, ходатайствуя о них перед высшими властями или отстаивая в судах ее иски. Он вполне поверил доносам Шишкина на Девочкина и даже на Голохвастова, тем более что эти доносы поддерживал сам первый воевода Долгоруков. Но в Москве, несмотря на внушения келаря, по-видимому, не придавали большого значения троицким доносам и пререканиям, и Голохвастов спокойно оставался на своем месте до конца осады. Василий Иванович Шуйский, стесненный тушинцами, даже не спешил исполнить просьбы Долгорукова и Палицына о скорейшей присылке помощи ратными людьми и военными запасами. Оказывать эту помощь он предоставлял северо-восточным областям и воеводам. Только благодаря убеждениям патриарха Гермогена царь послал 60 казаков с атаманом Сухова-Останкова и 20 пудов пороху; да келарь Палицын присоединил к ним 20 человек с Троицкого подворья. В половине февраля 1609 года этот небольшой отряд успел пробраться сквозь неприятельские таборы и войти в монастырь. Только четыре человека из них были захвачены, и Лисовский приказал их казнить. За это Долгоруков велел в виду неприятелей казнить 42 пленных литвинов (западноруссов) и 19 казаков. Если верить повествователю Троицкой осады поляки, и казаки были так озлоблены сими казнями, что едва не убили самого Лисовского, и только Сапега его спас. Прибытие такой незначительной помощи, конечно, не оказало заметного влияния на ход обороны и не могло возместить страшную убыль в ратных людях.
Оборона Лавры продолжалась, однако, с неослабною энергией. Ибо над всеми невзгодами и печалями защитников высоко стояла их вера в помощь Божью и заступление св. Сергия; святость места в минуты крайней опасности возбуждала в них воинственное одушевление и горячее желание отстоять его от поругания иноверными врагами. Архимандрит и старцы продолжали питать это одушевление усердными молитвами, увещаниями и легендами о чудесных видениях. Таковые видения объявлял иногда сам архимандрит Иоасаф, а большею частию о них повествовал инок-пономарь Иринарх. То являлся ему св. Сергий и приказывал возвестить братии, чтобы не унывала, что скоро придет помощь от царя Василия; то ученик Сергия св. Никон предстал ему во сне и повелел, чтобы болящие терли себя новым снегом, который выпадет в эту ночь, и, по словам летописца, те, которые с верою исполняли сие повеление, получали облегчение.
Укрепленные верою, некоторые защитники монастыря из простолюдинов отличились поистине богатырскими подвигами. О них летописец (Палицын) сообщает нам любопытные подробности. Так между даточными людьми был один крестьянин прозванием Суета, великан ростом и силою, но неопытный в военном деле, нехрабрый и неумелый боец; что навлекало на него насмешки. Однажды во время большой вылазки он объявил: «Сегодня или умру, или получу большую славу». И действительно, он принялся так рубить своим бердышом, что поразил многих врагов, защищенных бронею, и с кучкою пеших товарищей отбил в одном месте целый полк Лисовского. В том же бою отличились троицкие служки Пимен Тененев и Михаил Паглов; первый ранил в лицо из лука самого Лисовского, так что тот свалился с коня; а второй убил пана Юрия Горского, избил многих ляхов, пытавшихся отнять его тело, и овладел им вместе с конем. Прославились еще своими подвигами московский стрелец Нехорошко и клементьевский крестьянин Никифор Шилов. Но особенно «охрабрил» (по выражению летописца) чудотворец Сергий троицкого слугу Анания Селевина, выезжавшего в поле на быстром коне. Поляки и русские изменники так его боялись, что избегали близко встретиться с ними старались убить его издали, т. е. застрелить; но тщетно. Тогда поляки решили обратить свои выстрелы на его коня; вследствие чего на разных вылазках конь его был ранен шесть раз, а от седьмой раны пал. Анания принужден был сражаться пеший. Тут его ранили из пищали в большой палец ноги и раздробили всю плюсну. Нога его распухла, но юн продолжал ратоборствовать. Его опять ранили в ту же ногу и разбили колено. Нога отекла до пояса, и Анания оттого скончался.
По истечении зимы военные действия оживились, так что весною и летом 1609 года с одной стороны возобновились приступы поляков, с другой усилились вылазки осажденных. Вследствие приходивших с северо-запада известий об успешных действиях Скопина-Шуйского и союзного шведского отряда, Сапега и Лисовский уже в конце зимы стали готовиться к решительным приступам. Между прочим, в таборах Лисовского приготовили большие подвижные щиты или тарасы, сделанные из двойных бревен с отверстиями для стрельбы; каждый щит утвердили на четырех санях, которые должны были тащить к стенам на своих лошадях мужики, собранные из окрестных волостей. Кроме того, Сапега требовал подкреплений из Тушинского лагеря или из «больших таборов», как называли его русские. Но Лжедимитрий также туго оказывал помощь осаждавшим Троицкий монастырь, как и царь Василий осажденным, отзываясь тем, что ему самому приходится плохо ввиду успехов царского северо-западного ополчения.