Киевский духовный Собор 1640 года был созван Могилою вследствие вновь усилившихся гонений на православие. Латино-униаты воспользовались для сего рядом неудачных казацких восстаний, после которых и сам король Владислав относился к православным уже не так благосклонно. Вновь начались притеснения духовенству и насильственное отнятие церквей со стороны униатов, во главе которых стоял новый их митрополит Антоний Селява (преемник Рафаила Корсака). В самом Киеве латино-униатская партия действовала под покровительством киевского воеводы Януша Тышкевича.
Петр Могила вновь отправился лично в Варшаву ходатайствовать перед сеймом и королем, и его неослабным усилиям удалось еще раз добиться некоторых конституций, смягчавших означенные гонения. В то же время ему приходилось продолжать усердную борьбу и в сфере литературной полемики.
Известный Касьян Сакович, бывший униатским Дубенским архимандритом и успевший опять переменить веру, т. е. перейти в католичество, издал в Кракове на польском языке сочинение под заглавием: «Перспектива» или «Обозрение заблуждении, ересей и предрассудков церкви Русской». (1642). Тут он с ожесточением напал на православную, преимущественно Южнорусскую церковь, и, как самое заглавие показывает, старался изобразить ее преисполненной всяких суеверий и повреждений, от которых единственным спасением предлагал, конечно, соединение с римским костелом. Православные не могли равнодушно снести его злые нападки, способные соблазнить нетвердых в вере. Спустя два года в ответ ему издана была в Киеве на польском языке книга под названием «Λιυοζ или камень с пращи истинной св. православной церкви Русской». Полагают, что она была сочинена или самим Могилою, или под его непосредственным руководством. Здесь со строгою последовательностию разбираются и опровергаются обвинения противника; а затем автор нападает на унию, как славную виновницу беспорядков, возникших в Южнорусской церкви, и подвергает критическому разбору два главные догмата, отличающие Латинскую церковь от Греческой, т. е. об исхождении Св. Духа и о главенстве папы. Книга эта имела большой успех и в литературной борьбе с латино-униатами заметно склонила перевес в пользу православных. Наиболее же известным и прочным памятником трудов Петра Могилы, понесенных на пользу Южнорусской церкви и ради благоустроения ее обрядовой стороны, служит его большой Требник или молитв послов (Евхологион). С течением времени в рукописных и даже печатных требниках оказалось много неисправностей; притом на многие случаи частной и общественной жизни в них недоставало особых молитв и обрядовых указаний. Исправления и дополнения сделаны были при сличении греческих и славянских, (в том числе московских) изданий с римскими, а также со старыми харатейными рукописями. Требник Могилы снабжен и объяснительными статьями о значении того или другого таинства, того или другого священнодействия и чинопоследования. (Всего в Требнике до 126 чинов и статей.) Он был издан в 1646 году, незадолго до кончины его знаменитого автора.
Любопытны отношения Петра Могилы к Москве. В начале своей церковной деятельности он, по всем данным, верно служил интересам Речи Посполитой; но борьба с латино-униатами и возобновлявшиеся гонения на православие, особенно жестокости, наступившие за усмирением казацкого мятежа 1638 года, заставили его пойти по стопам Иова Борецкого и обращаться в Москву ради материального и духовного вспоможения для своей митрополии.
Непосредственным его сношениям с Москвою предшествовало прибытие сюда южнорусских монахов, бежавших из Северских монастырей в 1638 году от польских гонений. То были монастыри мужской Густынский и девичий Ладинский, оба близ города Прилук, на р. Удае. Они основаны в 1610–1614 гг. в землях князей Вишневецких, которые, вместе с Конецпольскими и Потоцкими, получили громадные поместья в левобережной Украине. Фундаторами сих монастырей (наделившими их землями и угодьями) были князь Михаил-Корибут Вишневецкий и супруга его Регина (двоюродная сестра Петра Могилы), оба отличавшиеся усердием к православию. Спустя лет десять, уже по смерти князя Михаила и его супруги, на их землях основался еще мужской монастырь Мгарский. Юный их сын Иеремия, воспитанный под надзором густынского архимандрита Исаии Копинско-го, по кончине родителей поступил под опеку своего дальнего родственника Константина Вишневецкого, принявшего католицизм (известный зять Юрия Мнишка?), и отдан был на воспитание в Львовское иезуитское училище. Там его, конечно, совратили. Став ревностным католиком, он принялся в своих червонорусских, волынских и украинских владениях воздвигать костелы и кляшторы и притеснять православных. Тщетно бывший его воспитатель, а теперь Киевский митрополит, обратился к нему с посланием, в котором напоминал завет умиравшей его матери и увещевал воротиться к вере предков. Иеремия остался глух к его увещаниям и продолжал фанатически преследовать своих прежних единоверцев. Мало того, когда Копинский был изгнан из Киева и удалился в свою Северскую епархию, Иеремия Вишневецкий отнял у него помянутые монастыри (Густынский и Мгарский), которые передал его счастливому сопернику, а своему родственнику Петру Могиле (1635 г.). Во время казацко-польской войны монахи и монахини Густынские и Ладинские, спасаясь от гонений, покинули свои монастыри, забрав с собою дорогую церковную утварь и книги, и бежали в пограничный московский город Путивль; но прежде чем добрались сюда, все захваченное ими церковное имущество и всякое добро, до 20 возов, было ограблено какими-то «ляхами и жидами». Любопытно, что путивльский воевода Плещеев в своем донесении царю пишет, будто и сам митрополит Петр Могила, по словам бежавших чернецов, отпал от православия. Эта клевета (вероятно, распущенная его соперником Копинским), впрочем, была опровергнута новым донесением Плещеева в том же 1638 году. Мало того, усердием киевского митрополита те же запустевшие монастыри вскоре были обновлены, снабжены новою утварью и книгами, при помощи московско-царских пожертвований.
Первое известное нам посольство Петра Могилы к Михаилу Феодоровичу относится к концу 1639 и началу 1640 года. Оно было довольно многочисленно, имея во главе митрополичьего киево-печерского наместника Игнатия. При нем находились: печерский «уставник» Иринарх, архидиакон Амвросий Быковский, игумен киевобратского Богоявленского монастыря Леонтий, выдубецкий игумен Сильвестр, келарь Николо-Пустынского монастыря Митрофан и несколько митрополичьих чиновников из мирян. Митрополичья грамота к царю главным образом заключала ходатайство о милостыне на обновление и украшение Софийского собора, Печерской лавры, а также Выдубецкого монастыря и других церквей, возвращенных от униатов в самом разоренном состоянии. Подобные же челобитные грамоты привезли упомянутые представители киевских монастырей. Эти киевские старцы удостоились торжественного царского приема 9 апреля 1640 года, одновременно с монахами, прибывшими из Царьграда, Волошской земли и с Афона. От Киевского митрополита были поднесены царю часть мощей великого князя Владимира в серебряном ковчеге и крест с вырезанными на нем Господскими праздниками; по одному подобному же кресту он прислал для царицы Евдокии Лукьяновны и царевича Алексея Михайловича. Приношения эти были благосклонно приняты, а члены посольства одарены соболями, камками и рублями. Старец Игнатий просил еще от имени митрополита, чтобы царь приказал своим «добре художным мастерам, которые рез режут», сделать раку для мощей св. князя Владимира, открытых в Десятинной церкви и положенных теперь в Софийском соборе. Кроме денежного вспоможения киевские игумены просили о пожертвовании им церковной утвари, сосудов, риз и богослужебных книг московской печати; просили также о дозволении приезжать в Москву за милостынею в известные сроки. По-видимому, все эти просьбы были удовлетворены; митрополиту и монастырям послано щедрое вспоможение; первому одних соболей дано на 150 рублей, а трем монастырям каждому по 100 рублей.
То же посольство сделало от имени митрополита следующее любопытное челобитье царю: чтобы он велел соорудить в Москве особый монастырь, в котором поселятся старцы из Киевобратской обители и будут учить боярских и других детей греческой и славянской грамоте. В пример оно приводило волошского господаря Василия (Лупула), который по своему прошению получил учителей от киевского митрополита. Очевидно, Петр Могила хлопочет о распространении школьного просвещения, при помощи своей коллегии, не только на Юго-Западную, но и на Восточную или Московскую Русь. Но пока это была идея, давшая плоды только впоследствии.
