Особенно неохотно шло в Сибирь духовенство, столь необходимое для устроения и распространения там Православной церкви. Русские поселенцы и ссыльные, живя вдали от высшего правительственного и духовного надзора, среди полудиких иноверцев, естественно, предавались всякого рода порокам и небрегли об исполнении правил христианской веры. Ради церковного благоустройства патриарх Филарет Никитич учредил особую архиепископскую кафедру в Тобольске и первым архиепископом Сибирским поставил Киприана, архимандрита Новгородского Хутынского монастыря, в 1621 году. Киприан привез с собою в Сибирь некоторое количество черных и белых священников и деятельно принялся за устроение своей епархии. Он нашел там несколько уже прежде основанных монастырей, но без соблюдения правил монашеского жития. Например, в Туринске был Покровский монастырь, в котором жили монахи и монахини. Киприан построил для монахов особую обитель, а в Покровской оставил монахинь; он основал еще несколько обителей, которые по его ходатайству были снабжены землями и разными угодьями. Но вообще архиепископ сей нашел нравы своей паствы крайне распущенными, а для водворения здесь благочестия и христианской нравственности встретил большое противодействие со стороны воевод и служилых людей. Он послал царю и патриарху подробное донесение о найденных им беспорядках. На основании его донесения Филарет Никитич прислал ему укорительную грамоту с описанием сих беспорядков. Очевидно, по желанию самого Киприана, не хотевшего еще более озлобить против себя воевод, патриарх пишет, будто о безнравственности сибиряков он узнал от самих воевод и приказных людей, и грамоту эту указывает читать всенародно в церквах.
Здесь самыми мрачными красками изображается развращение сибирских нравов. Например, многие православные люди ни крестов на себе не носят, ни постных дней не соблюдают, а едят мясо и «всякие скверны» вместе с татарами, остяками и вогулами. Но особенно грамота нападает на семейный разврат: православные люди живут с татарками и язычницами как с своими женами или женятся на близких родственницах, даже на сестрах и дочерях; служилые люди, отправляясь в дальние места, закладывают своих жен товарищам с правом пользования, и если в назначенный срок муж не выкупит жену, то заимодавец продает ее другим людям. Сильные отнимают жен у слабых. Некоторые сибирские служилые люди, приезжая в Москву с денежною или соболиною казною, сманивают с собою жен и девиц, а в Сибири продают их литовцам, немцам и татарам. Священники венчают с другими мужей от живых жен, а жен от живых мужей. Воеводы не только не унимают людей от таких беззаконий, но и сами подают пример всякого воровства; ради своей корысти чинят всякие насилия торговым людям и улусным иноверцам.
В том же 1622 году царь посылает сибирским воеводам грамоту, в которой запрещает им вступаться в духовные дела и приказывает наблюдать, чтобы служилые люди в этих делах подчинялись суду архиепископа и его десятильников. Наказывает им также, чтобы служилые люди, посылаемые к инородцам для сбора ясака, не делали им насилий и не брали лишнего, чтобы и сами воеводы насильств и неправд не чинили, посулов и поминок не брали и наказывали за душегубство, которое особенно часто случается, когда люди в пьяном виде бьются и режутся друг с другом. Но все подобные грамоты и наказы мало сдерживали произвол и насилия воевод и служилых людей, а потому нравы улучшались очень медленно. И после того нередко встречаем жалобы архиепископских десятильников на то, что живущие в беззаконии мужчины и женщины не поддаются духовному суду, находя покровительство и защиту у воевод и приказных людей. Впрочем, и самые духовные власти не всегда соответствовали своему высокому назначению. Киприан оставался в Сибири только до 1624 года, когда он был переведен в Москву митрополитом Сарским или Крутицким на место удаленного на покой Ионы, которым патриарх Филарет не был доволен (особенно за его возражения против перекрещивания латинян на духовном Соборе 1620 года). Ближайшие преемники Киприана на Сибирской кафедре более известны заботами о стяжании, нежели попечениями о своей пастве.
В Москве Сибирь ведалась в Казанском и Мещерском дворцах; но в царствование Михаила Федоровича появляется уже Сибирский приказ, сначала как отделение при этом дворце, а потом (с 1637 г.) как самостоятельное учреждение. В самой Сибири высшее областное управление сосредоточивалось сначала в руках тобольских воевод; а с 1629 года томские воеводы сделались от них независимы, и между ними разделялись воеводы других сибирских городов. Зависимость сих последних от главных воевод была преимущественно военная; так без разрешения главного воеводы они не могли посылать служилых людей против неприятеля. Это правило нередко мешало своевременной отправке отрядов при нападении на русские области калмыков и татар. Но, по-видимому, оно не всегда соблюдалось, по крайней мере, не препятствовало дальнейшему распространению русского владычества и обложению ясаком сибирских инородцев.
После покорения Западно-Сибирской низменности этот ясак, состоявший из соболей и других ценных мехов, и послужил главным побуждением для распространения русского владычества на неизмеримые гористые пространства Восточной Сибири, начинавшиеся за Енисеем. Обыкновенно из того или другого новопостроенного русского города или острога выходит партия казаков в несколько десятков человек и на своих утлых стругах или «кочах» плывет по многоводным, нередко порожистым сибирским рекам посреди диких пустынь; когда же водный путь прерывается, она оставляет свои лодки и запасы под прикрытием нескольких человек и пешая продолжает путь по едва проходимым дебрям или горным областям. При сем редкие, малолюдные племена инородцев призываются вступить в подданство московского царя и заплатить ему ясак; они или добровольно исполняют это требование, или отказывают в дани и собираются в толпу, вооруженную луками и стрелами. Но огонь из пищалей и самопалов, а потом дружная работа мечами и саблями скоро полагают предел их сопротивлению и принуждают к уплате ясака. Иногда, подавленная числом, горсть русских наскоро сооружает себе прикрытие и благополучно отсиживается в нем, пока не получится какое-либо подкрепление или неприятели сами не разойдутся по своим жильям. Случалось, что из такого трудного положения казаков выручала партия отважных русских промышленников. Эти промышленники нередко предупреждали военные партии и пролагали им пути, стремясь войти в торговые отношения с сибирскими инородцами ради дорогих соболей и прочих ценных мехов, которых туземцы охотно обменивали на медные или железные котлы, ножи, бусы и тому подобные предметы домашнего обихода и украшений. Бывали и такие случаи, что две партии казаков, посланные воеводами из разных городов, встречались среди каких-либо инородцев, и если не соединялись вместе, то затевали доходившие до драки распри из-за того, кому брать ясак в данном месте.
В Западной Сибири русское завоевание, как мы видели, встретило довольно упорное сопротивление со стороны Кучумова ханства, и потом оно должно было бороться с ордами калмыков, киргизов и ногаев, которые из соседних степей делали набеги на новоустроенные русские поселения или на остяков и вогулов, подчинившихся русскому владычеству. Покоренные инородцы иногда делали там попытки к восстанию против русского владычества, пока еще в свежей памяти было существование особого Сибирского царства. Смутная эпоха на Руси отразилась и в Сибири именно такого рода попытками. Но они вели к усмирению и вящему истреблению туземцев. Поэтому число их сильно уменьшилось сравнительно с тем временем, когда русские впервые явились в Сибирь с Ермаком. Вновь принесенные болезни, особенно оспа, также немало способствовали уменьшению количества туземного населения.
Покорение Восточной Сибири, совершенное большею частию в царствование Михаила Феодоровича, напротив, происходило при гораздо меньших препятствиях; ибо там русские не встретили никакого организованного неприятеля, никаких устоев государственного быта, а только дикие или полудикие племена тунгуз, бурят, якутов и пр., с мелкими князьями или старшинами во главе. Разумеется, покорение этих племен или обложение их ясаком они закрепляли основанием небольших городов и острогов, обнесенных валом и частоколом и расположенных на каком-либо удобном месте, особенно по рекам на узле водяных сообщений. Важнейшие из них: по Енисею основаны Енисейск (1619 г.) в земле тунгузов и Красноярск (1622 г.) в области татарской; затем в земле бурят, оказавших сравнительно наибольшее сопротивление и несколько раз возмущавшихся, поставлен был (1631 г.) Братский острог при впадении р. Оки в Ангару, близ порогов последней. Одновременно с ним на Илиме, правом притоке Ангары, возник Илимск; в следующем году на среднем течении Лены построен Якутский острог в стране якутов. В 1636 — 38 годах енисейские казаки, предводимые десятником Бузою, по Лене спустились до Ледовитого моря, а потом этим морем достигли устья реки Яны; за сею рекою они нашли племя юкагир и обложили их ясаком. Почти в то же время партия томских казаков, предводимая Копыловым, из реки Лены вошла в его правый приток Алдан, потом в правый приток Алдана Маю, откуда достигла Охотского моря, обложив ясаком обитавших в той стороне тунгузов и ламутов.
