Прибалтийский особый военный округ (командующий генерал-полковник В. И. Кузнецов) на фронте около 720 км планировал создать три армейских района прикрытия силами 8, 11 и 27-й армий. При этом особое внимание уделялось обороне 300-киломметровой границы с Восточной Пруссией, и прежде всего направлений на Ригу, Даугавпилс и Вильнюс. Охрана морского побережья от Хажалу до Паланги возлагалась на 67-ю стрелковую дивизию, 12-й пограничный отряд и Либавскую военно-морскую базу Балтийского флота, а для обороны островов Эзель и Даго выделялась 3-я отдельная стрелковая бригада. На государственной границе к началу войны находились только 10-я стрелковая дивизия и три батальона от 90, 125, 5, 33, 188-й стрелковых дивизий. Войска частями были приведены в боевую готовность, отдельные соединения выдвигались в новые районы.
К границе совершали марш три стрелковые дивизии и еще одна (11-я) перевозилась из Ленинградского военного округа и выгружалась из эшелонов юго-восточнее Шауляя, а два стрелковых корпуса находились на переформировании в пунктах постоянной дислокации. 3-й и 12-й механизированные корпуса были подняты по тревоге и выдвинуты в район боевого предназначения согласно плану прикрытия. Всего командованию округа удалось привести в боевую готовность шесть стрелковых дивизий из 19 имеющихся в округе[61].
Западный особый военный округ (командующий генерал армии Г. Д. Павлов) планировал осуществить прикрытие своего участка государственной границы силами 3, 10, 13 и 4-й армий. Для этого предусматривалось создать 4 армейских района прикрытия на фронте протяженностью 470 км. Армиям прикрытия для выполнения задач выделялось 5 стрелковых корпусов, 4 механизированных корпуса (8 танковых и 4 моторизованные дивизии), кавалерийский корпус, 2 кавалерийские дивизии, 14 стрелковых дивизий, 4 смешанные авиационные дивизии, 6 артиллерийских полков, противотанковые бригады и 4 пограничных отряда. Кроме того, в непосредственном подчинении командования округа находились 21-й и 47-й стрелковые корпуса, 17-й и 20-й механизированные корпуса, 4 танковые, 2 механизированные и 11 авиационных дивизий и 2 противотанковые бригады. К началу войны в основном все войска Западного особого военного округа находились в пунктах постоянной дислокации. Основные части 10-й армии располагались на Белостокском выступе вблизи границы в лагерях и казармах. Из внутренних районов, расположенных на расстоянии до 400 км от госграницы, выдвигались 4 стрелковых корпуса (2, 21, 44 и 47-й). Части 30-й танковой дивизии проводили тактические учения, 42-я стрелковая и 22-я танковая дивизии готовились к учению, которое было отменено в последние часы перед началом войны. Всего в распоряжении командования округа имелось 8 стрелковых, 6 механизированных корпусов и кавалерийский корпус (24 стрелковые дивизии, 12 танковых, 6 моторизованных, 2 кавалерийские дивизии)[62].
В Киевском особом военном округе (командующий генерал-полковник М. П. Кирпонос) оборона государственной границы возлагалась на четыре района прикрытия на общем фронте протяженностью 860 км. При этом основной упор делался на защиту киевского направления. Для обороны районов планировалось разместить 5, 6, 26 и 12-ю армии (17 стрелковых и кавалерийских дивизий), 4 механизированных корпуса (8 танковых и 4 моторизованные дивизии), 5 авиационных дивизий. На 22 июня 1941 г. в распоряжении командования Киевского особого военного округа находились 11 стрелковых, 8 механизированных и 1 кавалерийский корпус (26 стрелковых, 6 горнострелковых, 16 танковых, 8 моторизованных и 2 кавалерийские дивизии). Эти войска размещались в местах постоянной дислокации, а также на полигонах, в стационарных и временных лагерях и находились на марше. Стрелковые соединения резерва округа находились в 100–150 км от госграницы.
Одесский военный округ (командующий генерал-полковник Я. Т. Черевиченко) на фронте протяженностью 790 км вдоль границы с Румынией организовал два района прикрытия силами 35-го и 14-го стрелковых и 18-го механизированного корпусов, 2-й и 9-й кавалерийских дивизий, пограничных частей НКВД и Дунайской военной флотилии. Кроме того, в резерве командования округа имелись 48-й стрелковый корпус, 74-я стрелковая дивизия и 2-й механизированный корпус, которые располагались на территории округа, но находились в распоряжении главного командования. Оборона побережья от Одессы до Керченского пролива обеспечивалась 9-м стрелковым корпусом, двумя стрелковыми и кавалерийскими дивизиями во взаимодействии с силами Черноморского флота. Всего в составе войск прикрытия насчитывалось 25 дивизий, из них 4 танковые, 2 моторизованные и 6 авиационных. Реально на начало войны в Одесском военном округе находилось 4 стрелковых, 2 механизированных корпуса и кавалерийский корпус (13 стрелковых, 3 горнострелковых, 4 танковых, 3 моторизованных и 3 кавалерийских дивизий).
Охрана морских рубежей Советского Союза была возложена на Северный (командующий контр-адмирал А. Г. Головко), Краснознаменный Балтийский (командующий вице-адмирал В. Ф. Трибуц), Черноморский (командующий вице-адмирал Ф. С. Октябрьский) флоты, Пинскую (командующий контр-адмирал Д. Д. Рогачев) и Дунайскую (командующий контр-адмирал Н. О. Абрамов) военные флотилии[63].
В середине мая 1941 г. приграничные округа получили указание о форсировании строительства укрепленных районов на новой государственной границе, а спустя месяц, 16 июня, ЦК ВКП(б) и СНК СССР вынесли специальное постановление «Об ускорении приведения в боевую готовность укрепленных районов». В конце мая – начале июня была призвана на военные и учебные сборы часть приписного состава, что позволяло довести некоторые дивизии до необходимой численности.
Партийные органы западных областей особое внимание обращали на мобилизационную готовность. В мае Бюро ЦК КП(б) Белоруссии заслушало доклад командующего Западным особым военным округом Д. Г. Павлова «Об обстановке на границе и состоянии войск округа». Бюро рекомендовало обкомам повысить бдительность, мобилизационную готовность предприятий и учреждений. 26 мая ЦК КП(б) Белоруссии принял специальное постановление «Об организации на территории Белоруссии постоянных групп и отрядов по уничтожению авиадесантов противника». 6 июня 1941 г. Совнарком СССР и ЦК ВКП(б) приняли постановление «Об ответственности наркомов, директоров предприятий, начальников железных дорог, начальников главков за подготовку и выполнение мобплана по боеприпасам». В нем указывалось: «2. Предупредить наркомов, директоров предприятий, начальников главков и начальников железных дорог, что они лично несут ответственность за первоочередное выполнение заказов по производству боеприпасов и за обеспечение сырьем, материалами, полуфабрикатами заводов и цехов, изготавливающих боеприпасы»[64].
16 июня 1941 г. ЦК ВКП(б) своим постановлением «О порядке организации Всесоюзных социалистических соревнований по отраслям промышленности» указал на то, что ВЦСПС стоит в стороне от организации социалистического соревнования в отраслях промышленности, не участвует в разработке условий этих соревнований, не контролирует их, не обобщает трудовой опыт… И потребовал непосредственного участия в организации и руководстве социалистическим соревнованием совместно с наркомами[65].
За несколько дней до начала войны, 19 июня, в соответствии с решением Политбюро ЦК ВКП(б) было дано указание о создании Северо-Западного, Западного, Юго-Западного, а несколько позднее и Северного фронтов, а 21 июня Политбюро решило организовать еще один фронт – Южный. Объединялись единым командованием армии второй линии (резерв Главного командования). Одновременно Политбюро назначило ответственных за руководство фронтами и армиями второй линии, членов Военных советов.