Постройка православных церквей везде и всячески поощрялась. Дозволялось помещикам созидать в своих вотчинах новые храмы, чинить и обновлять обветшалые, но с тем, чтобы храмостроители снабжали эти церкви серебряными сосудами, алтарными принадлежностями с священнослужительскими облачениями, по крайней мере шелковыми, и отводили в пользу клира пропорцию пахотной земли и покосов. Дворы духовных лиц, находившиеся при церквах, освобождались от постоя и полицейских повинностей. Петр I запретил носить иконы из монастырей и церквей в частные дома. Елисавета Петровна сняла это запрещение, но с тем, чтобы священнослужители, принося в дом икону, не оставались там обедать и не брали в рот ничего опьяняющего. В числе милостей духовному сану было дозволение записывать в подушный оклад за священно- и церковнослужителями незаконных детей и подкидышей. К числу признаваемых непристойными отнесены были привозимые из-за границы изображения страстей господних и святых угодников божиих на фарфоре. Преследовались также в частных домах забавы с кощунским пошибом, как, например, наряживания на святках в одежды духовного сана. Во время богослужения, в воскресные и праздничные дни, запрещено было отворять кабаки и вести торговлю; запрещены были также кулачные бои.
Монастыри пользовались особым уважением императрицы. Более всех милость государыни была оказана Троицко-Сергиевскому, возведенному тогда в почетное наименование лавры. Все его многочисленные подворья освобождались от постоя и полицейских повинностей, но эта привилегия давалась с оговоркой, что она пожалована не в образец другим монастырям. За монастырями признавались правоспособность исправлять нравственность несовершеннолетних, впавших в преступление. Уголовного преступника, не достигшего семнадцатилетнего возраста, по наказании батогами или плетьми отдавали на исправление в монастырь на 15 лет. При Елисавете Петровне основано было два женских монастыря — Смольный, на месте при царском Смольном дворце, и Воскресенский, или Новодевичий. В Москве возобновлен был Ивановский монастырь, назначаемый для содержания вдов и дочерей заслуженных людей. Закон Петра Великого о непострижении в иноческий сан молодых людей при Елисавете Петровне соблюдался долго, исключая Малороссии, где по старине допускалось постригаться каждому лицу, достигшему 17 лет возраста. Но в 1761 году всем без изъятия безбрачным мужчинам, вдовам и девицам дозволено постригаться по желанию.
Набожность императрицы высказывалась и в повелениях читать в церквах, во время литургии, молитвы об отвращении постигающих край естественных бедствий. Так в 1749 году делалось по поводу скотского падежа, а потом, когда в некоторых местах России появлялись насекомые, истреблявшие цветы и листья в садах и огородах, указано было Святейшему синоду составить подходящие молитвы об избавлении от такого зла. Самым благочестивым подвигом императрицы бегло печатное издание библии, которое стоило многолетних трудов ученым духовным и поступило в продажу по пяти рублей за экземпляр.
Особенно важный в кругу церковного устроения указ Елисаветы Петровны был дан в 1753 году. Крестьянам архиерейских и монастырских вотчин, находившимся долго перед тем в ведомстве монастырского приказа, а потом коллегии экономии было поведено пребывать в послушании у архиереев и монастырских начальств, куда они вначале были приписаны, а в 1757 году издан был новый указ: в монастырских имениях отправлять хозяйственные должности не монастырским служкам, а отставным штаби обер-офицерам, которые должны будут с этих имений собирать доходы и из них употреблять в расход столько, сколько положено по штатам, остальное же хранить особыми суммами, из этих сумм государыня оставляла за собой раздачу пособий на строения в монастырях и на учреждение инвалидных домов.
В XVIII веке ни одно царствование в России не ознаменовалось такой нетерпимостью к раскольникам, как описываемое. Религиозное настроение императрицы побуждало ее поддаваться известным влияниям, и она дошла в своей ненависти к расколу до полной нетерпимости. Со своей стороны, гонимые раскольники впали в такое безумное отчаяние, что начали возводить самоубийство в религиозный догмат. Гонение на раскольников старообрядческого толка является уже в первый год царствования Елисаветы Петровны. Дозналось духовенство, что в отдаленной окраине, близ Ледовитого моря, в Мезенском уезде завелись скиты, куда приютились раскольники не только из простолюдинов, но из купечества и из шляхетства. Правительство послало туда военные команды забрать расколоучителей и разогнать их последователей. С тех пор раскольники прогрессивно возбуждали против себя мирскую власть, потому что их скиты стали обычным убежищем беглых. В 1745 году всем вообще раскольникам запрещалось именовать себя староверцами, скитскими, общежительными; обязывали их платить двойной оклад, не совращать в свои толки православных и не придерживать беспаспортных. Тогда же думали действовать против раскола и путем убеждения. Синод напечатал книги Димитрия Ростовского и Феофилакта Лопатинского, обличавшие заблуждения раскольников. Но посылки военных команд для разорения раскольничьих скитов не вязались с мирными средствами убеждения и довели раскольников до ужасного и дикого явления — самосожжения, которое происходило иногда и прежде, но теперь получило, так сказать, эпидемический характер. Слыша о приближении войска, раскольники запирались в избах, где устроены были у них свои молельни, подкладывали огонь и погибали, в чаянии сохранить истинную веру и добровольным самопожертвованием достигнуть царствия небесного. Так, в окрестностях Каргополя сожглось разом 240 человек, потом в другой раз 400 человек. В Олонецком уезде добровольно сожглась толпа в 3000 человек, в нижегородских пределах — 600 человек, затем на реке Умбе сожглось еще 38 человек с учителем своим Филиппом, который учил не молиться за царей и был основателем толка филиппонов. Правительство, слыша об этом обо всем, думало уничтожить изуверство строгостью и учредило комиссию для отыскания и жестокого наказания расколоучителей на севере, но гонение возбудило такой страшный фанатизм, что там до шести тысяч человек в один раз добровольно погибло в огне и, по известию раскольничьего историка, чуть не сожглась сама Выгореция — скит, служивший главным рассадником поморской секты беспоповцев.
Никакие строгости не истребляли фанатизма сектантов. Случаи самосожжения повторялись то в том, то в другом углу России. Так, в Устюжской провинции в Белослудском стане сожглось 70 человек, а тотемский воевода доносил, что в девяти избах сожгли себя разом 172 человека, желая пострадать за веру Христову и за двоеперстное сложение. Пожитки сгоревших продавались с публичного торга, а их скот отдавался на продовольствие преследовавшим их военным командам. В 1760 году из Сибири снова донесено было в синод, что раскольники составляют сборища, запираются в пустых избах и сожигаются. Поэтому строго предписано было отыскивать такие сборища и виновных в подстрекательстве к самосожиганию наказывать без всякого милосердия.
Остатки хлыстовской ереси, открытой в царствование Анны Ивановны в Москве и ее окрестностях, преследовались и при Елисавете Петровне. В шестидесяти верстах от древней столицы, у строителя Богословской пустыни, в пустой избе, выстроенной в саду, происходило сборище мужчин и женщин. На лавках, с одной стороны, сидели мужчины, с другой — женщины, и между ними находилась княжна Дарья Хованская. Все пели, призывая имя Иисуса Христа. Потом купец Иван Дмитриев затрясся всем телом, стал вертеться и кричал: «Верьте, что во мне Дух Святой, и что я говорю, то говорю не от своего ума, а от Духа Святого». Он подходил то к тому, то к другому и произносил такие слова: «Братец (или сестрица)! Бог тебе помочь! Как ты живешь? Молись Богу по ночам, а блуда не твори, на свадьбы и крестины не ходи, вина и пива не пей, где песни поют — не слушай, а где драки случатся, тут не стой!» Если кого он не знал по имени, тому говорил: «Велмушка, велмушка, помолись за меня!», а отходя от каждого, говорил: «Прости, мой друг, не прогневил ли я в чем тебя?» Тот же Иван Дмитриев резал в кусочки хлеб, клал на тарелку с солью и наливал воды в стакан, подавал хлеб, приказывая есть ломтики на руке и прихлебывать воду из стакана, а потом, творя крестное знамение, прикладываться к стакану. Наконец, все, взявшись за руки, вертелись кругом посолонь, подпрыгивая, и при этом били друг друга обухами и ядрами, объясняя, что это означает сокрушение плоти. Эта пляска носила у них название «корабль». Княжна Хованская испугалась и уехала, а прочие продолжали вертеться, бить друг друга, и уже на рассвете разошлись. Схваченный строитель Богословской пустыни Димитрий показал на участие некоторых лиц, а один из последних, ученик штофной фабрики Голубцов показал, что он научился этому еще в 1732 году в Андрониевском монастыре. Голубцов говорил, что первое крещение было водою, а теперь совершается второе крещение, и кто вторым крещением не крестится, тот не войдет в царствие божие. Строитель Димитрий сознался, что во время действий они бились между собою не только обухами, но даже ножами, вставленными в палки. Еретики учили, что брак — дело противное спасению души, грех, начавшийся от грехопадения Адамова; однако учитель Сапожников жил в связи с согласницею сборища Федосьею Яковлевою. Эта Федосья Яковлева говорила: «Слыхала я от согласников наших, что есть у нас в Ярославле государь-батюшка, крестьянин Степан Васильев, который содержит небо и землю, и мы его называем Христом, а жену его Евфросинью — госпожой Богородицей, учителем же того Степана и жены его был крестьянин Астафий Онуфриев».
