Москва, занятая борьбой с поляками на западе, со шведами на севере и с бандами воровских казаков по всей стране, не могла сразу выделить достаточных сил для борьбы с Заруцким. Поэтому в начале 1614 года правительство предприняло ряд дипломатических мер. Так, 15 июня 1614 года на Дон в посёлок Смагин Юрт приехал царский посол Иван Опухтин. С ним были посланы царское знамя, деньги, сукна, порох и различные припасы. Собрав круг, посол подал атаману царскую грамоту, где говорилось: «И вам бы с тем знаменем против наших недругов стоять, на них ходить и, прося у бога милости, над ними промышлять, сколько милосердный бог помощи подаст. К нам, великому государю, по началу и по своему обещанию службу свою и раденье совершали бы, а наше царское слово инако к вам не будет».
Донское войско почти единогласно обещало «служить и прямить» Михаилу также, как и царям — его предшественникам. Одного из сторонников Заруцкого донцы сами повесили, а второго нещадно избили батогами и бросили в середину круга под царское знамя к ногам посла. Опухтин попросил помиловать виноватого, чем вызвал бурное одобрение казаков.
Волжским казакам царь также направлял грамоты, деньги, сукна, вино и «разные запасы». Москва начала переманивать на свою сторону и ногайцев, послав грамоту Иштерику, где говорилось, что Заруцкий выпустил в Астрахани из тюрьмы врага его, мурзу Джан-Арслана.
Заруцкий проигнорировал царскую грамоту. Волжские же казаки в большинстве своём заявили о своей верности Москве. Лишь ближайшие к Астрахани станицы атамана Верзиги встали на сторону Заруцкого. Пятьсот шестьдесят «охотников за зипунами» отправились к нему в Астрахань. Присоединился к Заруцкому и Терский городок.
В самой Астрахани Заруцкому и Марине было неспокойно. Марина хорошо помнила страшный звон московских колоколов 17 мая 1606 года и боялась того же в Астрахани. Она даже запретила ранний благовест к заутреням под предлогом, что звон колоколов пугает её маленького сына.
Пользуясь тем, что Астраханский край фактически был отрезан от остальной России, «сладкая парочка» распускала по городу нелепейшие слухи. Так, Заруцкий объявил, что Московское государство захвачено Литвой. Предполагают, что Заруцкий объявил себя в Астрахани царём Дмитрием. Во всяком случае, до нас дошёл документ — челобитная какого-то казака на имя царя Дмитрия Ивановича, царицы Марины Юрьевны и царевича Ивана Дмитриевича.
Заруцкий от имени царя Дмитрия, царицы Марины и царевича Ивана вступил в переговоры с персидским шахом Аббасом и пытался склонить его к наступательному союзу против Москвы. Шах поначалу пообещал Заруцкому дать войско и помочь деньгами и продовольствием. Но до прихода персидского войска в Астрахань дело не дошло. В 1617 году шах Аббас извинился перед московскими послами Тихоновым и Бухаровым за обещание помочь Заруцкому. Шах уверял, что казаки ввели его в заблуждение, утверждая, что при них находился царь московский Иван Дмитриевич, а Москва занята литовцами, от которых они хотят её очищать. А как только шах узнал о воровстве Марины и Заруцкого, то не дал им никакой помощи.
Весной 1614 года после окончания ледохода Заруцкий с казаками собрался идти на стругах на Самару и Казань, а берегом Волги должна была идти Ногайская орда. Однако Заруцкому так и не пришлось стать Стенькой Разиным. В марте 1614 года воевода Пётр Головин уговорил гарнизон Терского городка отложиться от «воров» и поцеловать крест царю Михаилу. Затем воевода Головин составил отряд из семисот ратных людей под началом стрелецкого головы Василия Хохлова и приказал им идти на Астрахань.
По прибытии в Астрахань Хохлов привёл к присяге ногайских татар. Кроме того, ногайский князь Иштерек написал князю Одоевскому грамоту, в которой очень наивно представил положение зависимого татарина в смутах Московского государства: «Его милость царь дал нам грамоту, изволил обязаться защищать нас против всех врагов, а мы его милости царю обязались служить во всю жизнь нашу верою и правдою. Между тем астраханские люди и вся татарская орда начали теснить нас: служи, говорят, сыну законного царя. Весь христианский народ, собравшись, провозгласил государем сына Дмитрия царя. Если хочешь быть с нами, так дай подписку, да ещё и сына своего дай аманатом. Не хитри, пёстрых речей не води с нами, а то мы Джана-Арслана с семиродцами подвинем и сами пойдём воевать тебя. По той причине мы и дали уланов своих аманатами».
Ещё до подхода отряда Хохлова в Астрахани началось восстание против Заруцкого. Город оказался во власти восставших, а казаки с Заруцким и Мариной запёрлись в кремле. Узнав о подходе Хохлова, в ночь на 12 мая «царское семейство» с верными казаками бежало на стругах вверх по Волге.
Хохлов со стрельцами на стругах и лодках немедленно бросился в погоню. Он нагнал казаков Заруцкого и наголову их разбил. Среди пленных оказалась и фрейлина Марины полячка Варвара Казановская. Однако самому Заруцкому с Мариной и «ворёнком» удалось уйти на трёх стругах, затерявшись в волжских протоках и островах. Волга ниже Царицына (Сталинграда) помимо основного русла имеет ряд параллельно текущих левых рукавов, самый крупный из которых — Ахтуба.
Рукава соединяются с основным руслом многочисленными протоками. В мае при высокой воде Волга в нижнем течении представляет собой архипелаг островов. В этом-то архипелаге и затерялись три струга Заруцкого.
А тем временем воевода князь Одоевский вместо ловли беглецов вступил в переписку с Хохловым. Ведь к приходу московской рати весь Астраханский край был очищен от воров, к большому негодованию Одоевского. Он писал Хохлову, чтобы тот не извещал царя об астраханских событиях до его прихода, а если уже послал гонца, то вернул бы его с дороги, «потому что им, воеводам, надобно писать к государю о многих государевых делах». Не приняв никакого участия в освобождении Астрахани, Одоевский требовал от Хохлова, чтобы тот заставил астраханцев устроить ему торжественную встречу: «А нас велеть встретить терским и астраханским людям, по половинам, от Астрахани вёрст за тридцать или за двадцать».
Заруцкий же рукавами и протоками Волги прошёл мимо Астрахани, вышел в море, а затем по реке Яик (Урал) дошёл до Медвежьего городка. Валишевский считает, что Заруцкий собирался бежать в Персию, но тогда непонятно, почему он не сделал это сразу, выйдя на стругах в Каспий. В мае море довольно спокойное, а в случае волнения он мог переждать в одной из безлюдных бухт.
В Медвежьем городке Заруцкий с Мариной оказались фактически в плену у местного казачьего атамана Уса. Князь Одоевский в Астрахани узнал о появлении Заруцкого на Яике и 6 июня 1614 года отправил туда на стругах двух стрелецких голов Пальчикова и Онучина с отрядом стрельцов. Стрелецкий отряд 24 июня осадил Медвежий городок. Атаман Ус с товарищами осознали безнадёжность сопротивления, и на следующий день городок сдался. Казаки били челом, целовали крест государю Михаилу Фёдоровичу и выдали Заруцкого с Мариной, Иваном и чернецом Николаем. В тот же день всю компанию под конвоем отправили в Астрахань.
Любопытно, что уже к началу 1612 года вокруг Марины собралась тёплая компания католических попов и монахов. Причём все ребята были весьма «компетентными», как на подбор. К примеру, итальянский монах Джованни Фаддеи ранее долго жил в Персии. Это он надоумил Заруцкого предложить персидскому хану начать войну против Московии. Фаддеи вошёл в состав посольства «царя Ивана Дмитриевича» и отправился к шаху Аббасу. Там он и остался, а затем вернулся в Европу. Любопытно, что Фаддеи позже писал, что московиты жестоко пытали отца де Мелло и Варвару Казановскую, заставляя принять православие, но они остались верны католицизму. Подлинные же отчёты Фаддеи римскому папе до сих пор хранятся в секретных архивах Ватикана.
Не менее интересной фигурой является и чернец Николай. Николай де Мелло родился в Португалии, в Испании он вступил в орден святого Августина. С 1578 года жил в Мексике, бывшей тогда испанской колонией, через пять лет Николай перебрался в другую испанскую колонию — на Филиппины. Там он обратил в католичество молодого японца, который стал его помощником и сопровождал в дальнейших скитаниях. Николай и его помощник долго скитались по Индии. В Персии они присоединились к английскому посольству, возглавляемому Антонио Ширли. Обратно посольство Ширли возвращалось через Россию, но Николай с напарником почему-то решили остаться в Москве. Вскоре два нелегала-иностранца, один из которых был первым японцем, оказавшимся в России, были схвачены стрельцами. На допрос их отправили не в Разбойный приказ (аналог МВД), а в Посольский приказ (аналог ФСБ). У Николая, назвавшегося «ишпанской земли чернецом», были найдены грамоты персидского шаха к папе римскому и испанскому королю.
