22 декабря 1606 года Гермоген отправил разрешительную грамоту митрополиту Ефрему. Гермоген представил дело так, что он уговорил царя не карать строптивых свияжцев за измену На самом деле Шуйскому было политически не выгодно карать перебежчиков, да и сил у него недоставало. А теперь их прощает и сам патриарх, снимая проклятие Ефрема: «И великий государь... по своему царскому милосердному обычаю и по нашему прошению их пожаловал, вины их им отдал. Да и мы, полагаюся на судьбы, паче же и на щедроты божия, их також соборне простили и разрешили... А свияжен бы еси, сыну, дворян, и детей боярских, и всяких людей простил и разреши и приношение у них к церквам божиим приимати велел по прежнему».

А Ефрему патриарх даёт конкретное указание следить за своими подопечными, причём называет конкретных попов, правда, не по именам, а по названиям церквей: «Да и в Казани б если оберегал от тое смуты накрепко, чтобы люди божии не погибали душою и телом. Да смотрел бы еси и над попы накрепко, чтобы в них воровства не было. А больши всех смотри над Софейским, да над Покровским, да над Ирининским — тольке они не переменят своих обычаев, и им в попах не быти!»

Гермоген оказывает Шуйскому не только моральную, но и материальную поддержку. Он передал царю Василию большую часть патриаршей казны, обложил самые богатые монастыри огромным принудительным безвозвратным займом в пользу царя. Особенно пострадали Иосифо-Волоколамский и Троице-Сергиев монастыри. Келарь последнего Авраамий Палицын писал «о последнем грабеже в монастыре от царя Василия».

«Благочестивый царь» немедленно пустил на переплавку драгоценную церковную утварь, чем добыл довольно приличные запасы золота. В результате церковных экспроприаций Василий Шуйский первым из московских властителей стал в начале 1607 года чеканить золотые монеты. Естественно, что большинство этих золотых монет ушло на оплату русских и иностранных наёмников.

7 июня 1607 года войска князя Андрея Голицына разбили войско Болотникова на реке Восме. Получив известие о победе, Гермоген немедленно разразился «богомольной» грамотой. В грамоте традиционно обличались противники Шуйского, «восстающи на церкви божии и на христианскую нашу истинную веру». Замечу в скобках, что в войске Болотникова почти не было поляков. Было, правда, несколько немцев-лютеран, которые исправно служили ещё царю Борису. Победу на Восме, по мнению патриарха, обеспечило вмешательство свыше: «И такая, сыну, великая победа благочестивому государю нашему... совершилась милостью небесных сил».

После взятия Тулы и пленения Болотникова и «царевича Петра» царь Василий распустил войско, а сам отправился в Москву, считая войну законченной.

Гермоген был возмущён, всеми силами он пытался заставить царя идти на Стародуб Северский, занятый Лжедмитрием II. Причём обвинить лично Василия Шуйского в глупости и трусости патриарх не решился, зато вволю обличал «советников лукавых», которые «царя уласкали в царствующий град в упокоение возвратиться, когда грады все украинные в неумиримой брани шли на него» и «ещё крови не унялось пролитие».

Но всё было напрасно. Пятидесятипятилетнему царю попал бес в ребро. 17 января 1608 года состоялась царская свадьба. Василий Иванович женился на Марье Петровне Буйносовой-Ростовской, которая была почти втрое моложе него. В летописи сказано, что патриарх молил царя отказаться от сочетания браком, но юная Машенька была куда милей царю, чем суровый старец.

Вскоре дела Шуйского пошли совсем плохо. Лжедмитрий II стал с войском в Тушине, его признали десятки русских городов. Царь Василий надоел и многим москвичам.

Первая попытка переворота произошла 17 января 1609 года в субботу на Масленице. Большая толпа заговорщиков во главе с Григорием Сунбуловым, князем Романом Гагариным и Тимофеем Грязным ворвалась в Кремль. Заговорщики обратились к боярам с требованием свергнуть Шуйского, но бояре разбежались по домам ждать исхода переворота. Один только боярин князь Василий Васильевич Голицын явился на площадь. Заговорщики ворвались в Успенский собор и потребовали от Гермогена идти на площадь, но тот отказался. Тогда патриарха потащили силой, по дороге обсыпая его песком и мусором, хватали за грудки и трясли. Заговорщики поставили Гермогена на Лобное место и объявили собравшемуся народу, что Шуйский избран царём незаконно.

Гермоген горой встал за Шуйского: «Сел он, государь, на царство не сам собою, выбрали его большие бояре и вы, дворяне и служилые люди, пьянства и никакого неистовства мы в нём не знаем. Да если бы он, царь, вам и неугоден был, то нельзя без больших бояр и всенародного собрания с царства свести». Тогда заговорщики закричали: «Шуйский тайно побивает и в воду сажает братью нашу, дворян и детей боярских, жён и детей, и таких побитых с две тысячи». Патриарх спросил их: «Как же это могло случиться, что мы ничего не знали? В какое время и кто именно погиб?» Заговорщики продолжали своё: «И теперь повели многих нашу братью сажать в воду, за это мы и стали». Гермоген опять спросил: «Да кого же именно повели в воду сажать?» В ответ заговорщики закричали: «Мы послали уже ворочать их, сами увидите!»

Потом заговорщики зачитали грамоту, написанную ко всему миру из московских полков: «Князя Василья Шуйского одною Москвою выбрали на царство, а иные города того не ведают, и князь Василий Шуйский нам на царстве не люб и для него кровь льётся и земля не умирится: чтоб нам выбрать на его место другого царя?» На что Гермоген сказал: «До сих пор Москве ни Новгород, ни Казань, ни Астрахань, ни Псков и ни которые города не указывали, а указывала Москва всем городам. Государь царь и великий князь Василий Иванович возлюблен и избран и поставлен богом и всеми русскими властями и московскими боярами и вами дворянами, всякими людьми всех чинов и всеми православными христианами».

Сказав это, Гермоген демонстративно отправился на своё подворье. Он сделал своё дело. Пререкания мятежников с патриархом дали возможность Шуйскому срочно подтянуть стрельцов и немцев к своему дворцу. И когда мятежники потребовали царя, тот вышел на крыльцо и закричал: «Зачем вы, клятвопреступники, ворвались ко мне с такою наглостью? Если хотите убить меня, то я готов, но свести меня с престола без бояр и всей земли вы не можете».

Но заговорщиков смутила не сия грозная речь, как писал С. М. Соловьёв, а сотни пищалей и мушкетов, направленных на толпу. Хватило бы ума у Сунбулова и Гагарина подтащить хоть пару пушек, то картечь бы быстро решила исход переговоров. Но ни кромвелей, ни бонапартов среди заговорщиков не оказалось. Они просто спокойно разошлись по домам, поругивая «шубника», стрельцов и нехристей немецких.

На следующий день Сунбулов, Гагарин, Грязной и около трёхсот их сообщников спокойно отправились в Тушино, а Василий Васильевич Голицын как ни в чём не бывало заявился в Боярскую думу.

Гермоген был взбешён и в гневе отправил две грамоты в Тушино. Первая грамота была адресована тем, кто ушёл к Лжедмитрию II после 17 февраля, а вторая к тем, кто оказался в Тушине ещё раньше.

Обе грамоты написаны, на первый взгляд, весьма эффектно, но при внимательном рассмотрении это не более чем набор слов, в котором нет ни реальных угроз, ни реальных предостережений. В игре с самозванцами ни у Шуйского, ни у Годунова не было козырей.

Отметим ещё один любопытный момент — в обеих грамотах нет персоналий, то есть никто не упомянут поимённо, кроме Филарета, да и то вскользь. Не только в этих грамотах, но и в других документах Гермоген обличает тушинского царя, но старательно обходит тушинского патриарха. Это дало повод дальнейшим официальным историкам говорить, будто Гермоген понимал, что Филарет содержится в Тушине силой, что его заставляют подписывать патриаршьи грамоты, составленные другими людьми, и т. д. На самом деле и царь, и патриарх от лазутчиков и перебежчиков досконально знали обо всём, что делается в тушинском лагере. Гермоген не обольщался насчёт роли патриарха Филарета, но, будучи умным политиком, понимал, что нападки на Филарета и других Романовых могут лишь повредить делу Шуйского.