Царь Василий, цепляясь за власть, обратился за помощью к крымскому хану. По его просьбе к Туле подошли десять тысяч татар во главе с мурзой Кантемиром по прозвищу Кровавый Меч. Кантемир взял деньги у царских воевод, а затем, вместо того чтобы сражаться с поляками Петра Сапеги, занялся грабежом и угнал в Крым несколько тысяч мирных жителей.

Главные силы Лжедмитрия II двинулись на Москву. Их было всего три-четыре тысячи, а у Шуйского под Москвой имелось тридцать тысяч ратников. Однако моральный дух царского войска был невысок, за Шуйского драться никто не хотел. Самозванец стал у села Коломенского.

В Москве против царя был составлен заговор, во главе которого стояли князья Фёдор Иванович Мстиславский и Василий Васильевич Голицын. Разумеется, дело не обошлось без Романовых Филарета и Ивана Никитича и их множественной родни. Тушинские самозваные бояре во главе с Дмитрием Трубецким вошли в контакт с заговорщиками. Они прекрасно понимали, что московская знать не собирается менять Василия Шуйского на Тушинского вора, и предложили «нулевой» вариант, по которому тушинцы устраняют Лжедмитрия II, а московские бояре — царя Василия. А далее совместно будут выбирать нового царя. Москвичи согласились. Начать мятеж бояре поручили довольно скандальной личности — Захарию Ляпунову.

17 июля 1610 года Захарий Ляпунов с большой толпой москвичей подошёл к царскому дворцу и начал обличать Шуйского: «Долго ль за тебя будет литься кровь христианская? Земля опустела, ничего доброго не делается в твоё правление, сжалься над гибелью нашей, положи посох царский, а мы уже о себе как-нибудь промыслим». Шуйский уже привык к подобным сценам и, не видя в толпе знатных людей, закричал на Ляпунова: «Смел ты мне вымолвить это, когда бояре мне ничего такого не говорят!» — и вынул было нож, чтоб ещё больше постращать мятежников. Но Захария Ляпунова трудно было испугать, крики и угрозы только раззадоривали его. Ляпунов был высоким и сильным мужчиной и, увидев угрожающее движение Шуйского, закричал ему: «Не тронь меня: вот как возьму тебя в руки, так и сомну всего!»

Но за Ляпуновым никто не пошёл, наоборот, толпа стала пятиться назад. Надо полагать, за спиной Шуйского появились вооружённые люди. Чтобы толпа не разбежалась, зачинщики беспорядков Фёдор Хомутов и Иван Никитич Салтыков стали звать народ идти к Лобному месту.

Толпа отхлынула и направилась на Красную площадь, где уже собралось множество людей. Они уже не помещались на Красной площади, и Ляпунов предложил двинуться за Москву-реку к Серпуховским воротам и устроить на большом пустыре нечто вроде веча. Там, естественно, оказались и бояре-заговорщики.

Несмотря на протесты патриарха Гермогена, бояре приговорили бить челом царю Василию Ивановичу, чтоб он царство оставил, так как кровь большая льётся, а в народе говорят, что он, государь, несчастлив, и украинские города, которые присягнули «вору», его, Василия Ивановича, на царство не хотят. Подавляющее большинство поддержало бояр. К Шуйскому поехал его свояк князь Иван Михайлович Воротынский с поручением просить царя оставить московский престол и взять себе в удел Нижний Новгород. Шуйский вынужден был согласиться и переехал с женой из дворца на своё боярское подворье.

Но Василий Иванович не успокоился, он надеялся вернуть себе утраченную власть, собирал своих приверженцев, подкупал стрельцов. Да и обстоятельства благоприятствовали Шуйскому: тушинцы обманули москвичей. Москвичи свергли Шуйского, тушинцы же только посмеялись над москвичами: «Вы не помните государева крестного целования, потому что царя своего с царства ссадили, а мы за своего помереть рады». Тогда Гермоген стал требовать возвести Шуйского опять на престол. Настроение горожан постепенно менялось в пользу Шуйского. Это заставило заговорщиков пойти на крайние меры. 19 июля Ляпунов с князьями Засекиным, Тюфякиным, Мерином-Волконским, Михаилом Аксёновым и другими, позвав с собой монахов Чудова монастыря, пошли к Василию Шуйскому и велели ему принять монашеский сан. Но бывшему царю одна мысль отказаться навсегда от престола была невыносима, особенно теперь, когда обстоятельства складывались в его пользу. Шуйский отчаянно сопротивлялся, поэтому Ляпунов и ещё несколько человек держали его во время пострига, а князь Тюфякин произносил за Шуйского монашеские обеты, бывший царь же всё твердил, что не хочет пострижения. Это насильственное пострижение патриарх не признал, а называл монахом князя Тюфякина. Тут же насильно была пострижена и жена Шуйского Мария под именем Елена. Бывшего царя, а ныне «инока Варлаама» в крытой повозке отвезли в Чудов монастырь. Братья Шуйские были заключены под стражу.

Вскоре после ввода польских войск в Москву гетман Жолкевский потребовал от семибоярщины удалить Василия Шуйского с братьями из Москвы. Патриарх Гермоген по-прежнему не признавал его монахом, а многие москвичи всё ещё считали Василия законным православным царём.

Бояре отправили бывшего царя в Иосифо-волоколамский монастырь, а его братьев — в крепость Белую, откуда удобнее было переправить их в Польшу. Гермоген, кажется, догадывался о намерениях Жолкевского и добивался переправки Шуйского в Соловецкий монастырь, но гетман не согласился. Царицу Марию отправили в Суздаль в Покровский монастырь.

В конце октября, покидая Москву, гетман Жолкевский взял с собой царя Василия, его брата Дмитрия с женой и брата Ивана Пуговку.

20 октября король Сигизмунд писал московским боярам: «По договору вашему с гетманом Жолкевским велели мы князей Василия, Дмитрия и Ивана Ивановичей Шуйских отослать в Литву, чтоб тут в господарстве Московском смут они не делали, поэтому приказываем вам, чтоб вы отчины и поместья их отобрали на нас, господаря». Как видим, для удаления Шуйского у поляков были причины не только политические, но и вполне меркантильные.

30 октября 1610 года гетман Жолкевский торжественно въехал в королевский стан под Смоленском. Жолкевский представил Сигизмунду сверженного царя Василия и его братьев Дмитрия и Ивана. По свидетельству поляков, когда от Василия потребовали, чтобы он поклонился королю, тот ответил: «Нельзя московскому и всея Руси государю кланяться королю: праведными судьбами божиими приведён я в плен не вашими руками, но выдан московскими изменниками, своими рабами».

29 октября 1611 года король устроил себе в Варшаве триумф по образцу римских императоров. Через весь город в королевский замок проследовала пышная процессия, во главе которой ехал гетман Жолкевский. За ним следовало рыцарство. В открытой карете, запряжённой шестёркой лошадей, сидел бывший московский царь Василий Шуйский, одетый в белую парчовую ферязь и меховую шапку. Этот седой старик смотрел сурово исподлобья. Напротив Василия сидели два его брата, а посередине — пристав. Братьев Шуйских вывели из кареты и подвели к королю. Они низко поклонились, держа шапки в руках. Жолкевский произнёс длинную речь об изменчивости счастья, о мужестве короля, восхвалял его подвиги — взятие Смоленска и Москвы, поговорил о могуществе московских царей, последний из которых теперь стоял перед королём и бил челом. Тут Василий Шуйский, низко склонив голову, дотронулся правой рукой до земли и потом поцеловал эту руку, Дмитрий Шуйский поклонился до самой земли, а младший брат Иван трижды поклонился и заплакал. Жолкевский продолжал свою речь. Он говорил, что вручает братьев Шуйских королю не как пленников, но для примера счастья человеческого, и просил отнестись к ним благосклонно. И братья Шуйские в ответ опять низко кланялись. Когда гетман закончил речь, Шуйских допустили к королевской руке. По словам современников, это было великое зрелище, вызывающее удивление и жалость. Тут в толпе панов послышались голоса, требовавшие отомстить Шуйскому как виновнику смерти многих поляков. Юрий Мнишек требовал мести за свою дочь. Понятно, что Сигизмунду невыгодно было омрачать свой триумф, и он не допустил расправы, а приказал достойно содержать пленников и отпустить им на содержание на всех по двести золотых ежемесячно. Очевидец итальянский художник Долабелла красочно изобразил на картине унижение Шуйских и торжество Сигизмунда. Эта картина долго оставалась в Варшаве, а затем была подарена Петру Великому польским королём Августом II. Любопытно, где она сейчас?