8 апреля 1611 года русские послы Филарет и князь Голицын были вызваны к канцлеру Сапеге, который объявил им, что «во вторник на Страстной неделе русские люди начали собираться на бой, королевские вышли к ним навстречу, сожгли город и много христианской крови пролилось с обеих сторон». Ещё канцлер добавил, что патриарх Гермоген за подстрекательство к восстанию взят под стражу и содержится на подворье Кирилло-Белозерского монастыря. Послов это сильно огорчило, а Филарет сказал: «Это случилось за грехи всего православного христианства, а отчего сталось и кто на такое разорение промыслил, тому бог не потерпит и во всех государствах такое немилосердие отзовётся. Припомните наши слова, мы на всех съездах говорили, чтоб королевское величество велел все статьи утвердить по своему обещанию и по договору, иначе людям будет сомненье и скорбь. Так и случилось. Так хотя бы теперь королевское величество смиловался, а вы бы, паны радные, о том порадели, чтоб кровь христианскую унять, и все бы люди получили покой и тишину».

Сапега ответил, что король именно за тем и пришёл в Московское государство, чтобы его успокоить, но русские сами во всём виноваты, поляки же сами были бы все уничтожены, если бы не сожгли Москву, и добавил: «Но скажите, как этому злу помочь и кровь унять?»

Послы ответили: «Теперь мы и сами не знаем, что делать. Посланы мы от всей земли и, во-первых, от патриарха, но слышим от вас, что этот начальный наш человек теперь у вас под стражею, Московского государства бояре и всякие люди пришли под Москву и с королевскими людьми бьются. Кто мы теперь такие, от кого послы — не знаем; кто нас отпускал, те, как вы говорите, умышляют противное нашему посольству. И с Смоленском теперь не знаем, что делать, потому что если смольняне узнают, что королевские люди, которых москвичи впустили к себе, Москву выжгли, то побоятся, чтоб и с ними того же не случилось, когда они впустят к себе королевских людей».

Сапега отвечал: «Что сделалось в Москве, об этом говорить нечего: говорите, что делать вперёд?»

Тогда послы сказали: «Другого средства поправить дело нет, как то, чтоб король наши статьи о Смоленске подтвердил и время своего отступления в Польшу именно назначил на письме, за вашими сенаторскими руками. А мы об этой королевской милости дадим знать в Москву патриарху, боярам и всем людям Московского государства, напишем и тем, которые теперь пришли под Москву, чтоб они унялись и с королевскими людьми не бились, и чтоб из Москвы к нам как можно скорее отписали и прислали людей изо всех чинов». Сапега согласился, но потребовал, чтобы договор о Смоленске был заключён немедленно и сразу же в город были впущены королевские войска. Но послы возразили, что, не получив ответа из Москвы, смоляне на это не согласятся. Тогда канцлер велел послам написать две грамоты: одну в Москву к патриарху и боярам, другую в ополчение к Ляпунову.

На следующий день Луговский принёс эти грамоты к Сапеге, а тот спросил: «Хотите ли теперь же впустить в Смоленск людей королевских?» Луговский ответил, что решено ждать ответа из Москвы. «Когда так, то вас всех пошлют в Вильну», — пригрозил Сапега. «Надобно кровь христианскую унять, а Польшею нас стращать нечего: Польшу мы знаем», — был ответ Луговского.

12 апреля послам объявили, что на следующий день их отправят в Польшу. Напрасно Филарет и Голицын объясняли, что у них нет инструкций ехать в Польшу и даже нет средств на это путешествие. Рано утром им было велено садиться на речные суда. Когда русские стали садиться на суда, польская охрана перебила всех слуг и захватили всё посольское имущество. Послы на трёх судах под конвоем были отправлены вниз по Днепру.

Первоначально русские послы были заключены во владениях пана Жолкевского в местечке Каменки, а когда поляки сдались в Москве, Филарета и Голицына отправили подальше в замок Мальборг (Мариенбург).

Вновь на полтора года семейство Романовых оказывается вне игры. Следующее явление Романовых на исторической сцене произошло 26 октября 1612 года, когда поляки отворили Троицкие ворота Кремля и на каменный мост вышли бояре и другие москвичи, сидевшие в осаде вместе с поляками. Впереди процессии шёл Фёдор Иванович Мстиславский, за ним — Иван Михайлович Воротынский, Иван Никитич Романов с племянником Михаилом и его матерью Марфой.

Казаки попытались напасть и, как минимум, ограбить бояр, но Пожарский с дворянами силой оружия удержали казаков и заставили убраться в их табор.

Освобождение Москвы и отступление короля Сигизмунда дало возможность московскому правительству заняться созывом собора для избрания царя. В ноябре 1612 года по всем городам были разосланы грамоты с приказом выслать выборных людей в Москву. В грамотах говорилось: «Москва от польских и литовских людей очищена, церкви божии в прежнюю лепоту облеклись и божие имя славится в них по-прежнему; но без государя Московскому государству стоять нельзя, печься об нём и людьми божиими промышлять некому, без государя вдосталь Московское государство разорят всё: без государя государство ничем не стоится и воровскими заводами на многие части разделяется и воровство много множится».

Заседания собора начались 6 декабря 1612 года, хотя к тому времени в Москву прибыли лишь немногие выборные. Ход же заседаний собора уже три столетия вызывает споры историков. Официальные царские историки описывали елейную историю, как весь собор, умиляясь, избрал на царство Михаила Романова. Любые иные версии в XIX веке грозили Сибирью. В XX веке у историков-монархистов в эмиграции не было цензуры, но они так соскучились по сусальным картинкам «а-ля святая Русь», что с восторгом повторяли сказки XIX века.

Что же касается «прогрессивных» историков конца XIX — начала XX века, то их в основном мало интересовали подробности собора. В своих политических интересах они выпячивали сам факт созыва собора и то, что царь Михаил обещал править, в дальнейшем опираясь на волю последующих соборов. Таким образом обосновывалась утопическая идея проведения государственных соборов в России второй половины XIX — начала XX века.

Официальная версия событий хорошо изложена у Соловьёва: «Прежде всего стали рассуждать о том, выбирать из иностранных королевских домов или своего природного русского, и порешили „литовского и шведского короля и их детей и иных немецких вер и никоторых государств иноязычных не христианской веры греческого закона на Владимирское и Московское государство не избирать, и Маринки и сына её на государство не хотеть, потому что польского и немецкого короля видели на себе неправду и крестное преступленье и мирное нарушенье: литовский король Великий Новгород взял обманом“. Стали выбирать своих: тут начались козни, смуты и волнения; всякий хотел по своей мысли делать, всякий хотел своего, некоторые хотели и сами престола, подкупали и засылали; образовывали стороны, но ни одна из них не брала верх. Однажды, говорит хронограф, какой-то дворянин из Галича принёс на собор письменное мнение, в котором говорилось, что ближе всех по родству с прежними царями был Михаил Фёдорович Романов, его и надобно избрать в цари. Раздались голоса недовольных: „Кто принёс такую грамоту, кто, откуда?“ В то время выходит донской атаман и также подаёт письменное мнение. „Что это ты подал, атаман?“ — спросил его князь Дмитрий Михайлович Пожарский. „О природном царе Михаиле Фёдоровиче“, — отвечал атаман. Одинакое мнение, поданное дворянином и донским атаманом, решило дело: Михаил Фёдорович был провозглашён царём».

Русские самодержцы были вольны уничтожать свои архивы и насиловать своих историков. Но существуют и архивы других государств. Вот, к примеру, протоколы допроса стольника Ивана Чепчугова и дворян Н. Пушкина и Ф. Дурова, попавших в 1614 году в плен к шведам. Пленников допрашивали каждого в отдельности, поочерёдно, и их рассказы о казацком перевороте совпали между собой во всех деталях: «Казаки и чернь не отходили от Кремля, пока дума и земские чины в тот же день не присягнули Михаилу Романову».

Подобное говорили и дворяне, попавшие в плен к полякам. Польский канцлер Лев Сапега прямо заявил пленному Филарету Романову: «Посадили сына твоего на Московское государство одни казаки».