Услышав набат, Михайла Битяговский выскочил из-за стола, сел на коня и поскакал в кремль. Там он увидел толпу, избивавшую Василису Волохову и её сына Осипа. Битяговский прикрикнул на толпу, а затем принялся уговаривать Нагого, чтобы «он, Михайла, унял шум и дурна которого не зделал».
Предположим на секунду, что Битяговский пусть не участник убийства, но осведомлён о заговоре. Зачем тогда ему останавливать самосуд? Забьют до смерти Волоховых — и концы в воду. Я уж не говорю, что Михайла Битяговский мог бы в день убийства оказаться в отъезде — на охоте или на ревизии окрестных сёл.
Битяговский с Качаловым не дали разъярённой толпе забить Волоховых до смерти, чем окончательно взбесили Марию Нагую и её братьев. Нагие натравили толпу на Битяговских. Те вынуждены были бежать и укрылись в главном административном здании Углича — Дьячьей избе. Однако чернь взяла штурмом Дьячью избу, убила дьяка, его сына и несколько холопов Битяговских.
Но Нагим этого показалось мало, и они направили толпу на разгром подворья Битяговских. Подворье было разграблено, убийцы «питьё из погреба в бочках выпив, и бочки кололи». Девять лошадей из конюшни Битяговских перевели на конюшню Нагих. Жену Михайлы Битяговского, «ободрав, нагу и простоволосу поволокли» с детьми к кремлю. Туда же привели и Осипа Волохова, которого отыскали в доме Битяговских.
В самый разгар событий в кремль прибыли архимандрит Феодорит и игумен Савватий. В тот день они оба служили обедню в одном монастыре. Феодорит и Савватий попытались остановить самосуд. Они «ухватили» жену Битяговского с дочерьми «и отняли их и убити не дали».
Феодорит и Савватий видели в церкви рядом с телом царевича «за столпом» Осипа Волохова, сильно израненного. Но они не смогли, а скорее всего, не захотели спасти Осипа. Зато Василиса Волохова отчаянно боролась за жизнь сына. Она просила Марию Нагую «дати ей сыск праведной». Но царица была неумолима. Едва только Савватий и Феодорит вышли из церкви, она выдала Осипа на расправу толпе, сказав: «То деи убоица царевича». Обратим внимание, что убийство Осипа Волохова произошло через несколько часов после того, как Марья Нагая увидела труп сына. И за это время ни она, ни её братья не задумались о том, чтобы учинить «сыск праведной». А ведь Осип, по версии Нагих, и был убийцей царевича. Если бы Осип убил Дмитрия, то его ожидали бы жесточайшие пытки, а затем мучительная казнь. Это было прекрасно известно как Марье Нагой, так и Василисе Волоховой. Если бы Осип был убийцей, то мать обрекала на дикие муки не только его, но и саму себя. В Средние века известны десятки случаев, когда матери подкупали палачей или других людей, чтобы те быстро убили их сына и тем самым избавили его от квалифицированной казни. А тут всё наоборот — концы в воду прячет Мария Нагая с братцами.
Позже противники Годунова будут утверждать, что Василису Волохову направил в Углич Борис Годунов. Это подхватят падкие до сенсаций писатели. Вспомним драму А. К. Толстого «Царь Фёдор Иоаннович». На самом же деле Волохова много лет служила «постельницей» при Иване Грозном — ведала бельём в царской опочивальне. Она пользовалась полным доверием подозрительного царя. После смерти Грозного Василиса осталась при его вдове. Уже в Угличе Василиса выдала свою дочь замуж за Никиту Качалова, племянника ненавистного царице дьяка Михайлы Битяговского. Мария Нагая сочла это предательством, и Василиса из любимицы превратилась в предмет ненависти царицы.
Всего 15 мая по приказу Нагих толпа линчевала пятнадцать человек. Трупы их были брошены в ров у стен угличского кремля. На третий день в Углич должна была прибыть следственная комиссия из Москвы. Лишь теперь до Нагих дошло, что за убийства придётся отвечать. Ночью накануне приезда комиссии Михаил Нагой и его сторонник в администрации приказчик Русин Раков решили сфабриковать улики, свидетельствовавшие о виновности убитых. В этом им помогали слуга Григория Нагого Борис Афанасьев и холоп Михаила Нагого Тимофей. В частности, Тимофей принёс живую курицу и зарезал её. Кровью курицы были измазаны несколько длинных ногайских ножей и железных палиц, которые Русин Раков отнёс в ров и положил на трупы Битяговских и их сторонников.
На следующий день будет указано, что во рву были обнаружены Михаил Битяговский с ножом, Никита Качалов с ножом, Осип Волохов с палицей, Данила Третьяков с саблей, боевой холоп Михаила Битяговского Павел с самопалом и т. д.
Руководить следствием в Угличе Боярская дума, а не один Борис Годунов, назначила Василия Ивановича Шуйского. К этому времени он был возвращён из ссылки и занял своё место в Думе. Позже ряд историков и особенно писателей будут утверждать, что Шуйский стал-де зависимым клиентом, чуть ли не агентом Годунова. На самом деле Василий Иванович Шуйский был самым хитрым и изворотливым из бояр Шуйских. Ни о какой рабской зависимости Василия Шуйского от Годунова не могло быть и речи. Хотя с братьев Василия Шуйского и не была снята опала, они сохранили большинство своих вотчин. Богатейшими вотчинниками и членами Думы оставались Скопины-Шуйские, которых опала вообще не коснулась. В такой ситуации расправа Годунова над руководителем следственной комиссии Василием Шуйским могла стоить Борису головы.
От церковных властей в состав комиссии вошёл митрополит Крутицкий Геласий. Заметим, что Годунова безоговорочно поддерживал патриарх Иов, но в церковных верхах по-прежнему была сильна оппозиция Годуновым. Мы увидим, что она сохранится, даже когда Борис станет царём. Никому из противников Годуновых не пришло в голову обвинять Геласия в прислужничестве Борису.
Важную роль в комиссии играли окольничий Андрей Петрович Клешнин и думный дьяк Елизар Вылузгин. Клешнин действительно поддерживал хорошие отношения с Годуновым, но, что гораздо более важно, он был зятем Михаила Нагого. Елизар Вылузгин заведовал Поместным приказом и среди приказных чиновников занимал одно из первых мест. В Угличе он имел в своём распоряжении штат подьячих, на которых и лежала вся практическая организация следствия. Члены комиссии принадлежали к различным придворным группировкам. Все они шпионили друг за другом, пристально следили за всеми действиями своих «коллег», чтобы использовать в своих интересах любую малейшую их оплошность. Таким образом, утверждение, что все члены комиссии были приверженцами Годунова, является досужим вымыслом.
Ряд историков XIX века, пристрастно относившихся к Годунову, выступали с утверждением, что дошедшее до нас следственное дело о смерти царевича представляет собой подделку. Сразу же бросались в глаза следы поспешной обработки «углицкого дела». Кто-то разрезал и переклеивал листы, придавая им неправильный порядок. Начало вообще исчезло.
Реконструировать следственное дело взялся его издатель В. К. Клейн. Он обратил внимание на ржавые пятна, покрывавшие многие страницы. Пятна были различной величины, но имели одинаковую конфигурацию. Это дало Клейну основание предположить, что документ пострадал от влаги ещё в то время, когда хранился в архиве свёрнутым в свиток. Больше всего пострадали наружные листы, ближе к центру размер пятен уменьшался, а внутренние листы были и вовсе чистыми, так как влага туда не проникла. Учитывая размеры пятен, Клейн уложил разрезанные листы в нужном порядке, и сразу появился связный и полный текст. Отсутствовали лишь первые листы, которые, очевидно, намокли больше всего и затем просто отвалились. В Средние века на Руси принято было рукописи скатывать в свитки, и последние листы оказывались наружными. В «углицком деле» почему-то наоборот наружными были первые листы. Это и неудивительно. Ведь, чтобы прочитать свиток, его надо было перемотать, чтобы начало оказалось снаружи. И в архивах рукописи всегда хранились уже подготовленными для чтения, то есть перемотанными. Это и объясняет, почему подмокли именно первые листы, а не последние. Во времена царствования Петра I архивы перешли на новую систему хранения документов. Большие и неудобные для чтения свитки архивариусы перекомпоновывали в тетради. Они-то и разрезали угличское дело на отдельные листы, которые потом оказались перепутанными.
