Начальник автобронетанковой службы майор М.И. Кривецкий (пропал без вести)
Начальник военно-хозяйственного снабжения интендант 2 ранга Ф.Н. Елизаров (плен)
Начальник продовольственно-фуражного снабжения ст.лейтенант Н.Н. Заглодин (плен, уволен 1945)
Начальник отделения ГСМ воентехник 1 ранга С.В. Чужбойский (пропал без вести)
Начальник административно-хозяйственной части техник-интендант 1 ранга А.И. Иванов (умер от ран 1942)
Заместитель начальника отдела политпропаганды бат.ком. В.А. Батраков (пропал без вести)
Зам.начальника 3-го отделения (контрразведка) лейтенант ГБ В.Н. Морозов (погиб)
НЕПОСРЕДСТВЕННОЕ ПОДЧИНЕНИЕ / СЗФ
65-й ск (Таллин, только управление) ген.-май. К.В. Комиссаров (погиб 1942) полк.ком. М.П. Токарев (пропал без вести) полк. В.Н. Ничушкин
Заместитель начальника отдела политпропаганды бат.ком. И.М. Юшков
Зам.начальника 3-го отдела (контрразведка) ст.лейтенант ГБ М.К. Федоров (погиб)
5-й воздушно-десантный корпус (вдк) Даугавпилс, затем 27А ген-май. И.С. Безуглый (снижен 1942, восстановлен 1943) бриг.ком. С.Г. Кизевич (погиб 1943) подполк. М.И. Суржиков (погиб 1943)
9-я воздушно-десантная бригада (вдбр) Гривы полк. В.А. Конинский
Начальник 3-го отделения (контрразведка) капитан ГБ С.Е. Курников (погиб)
10-я вдбр (Даугавпилс) полк. С.С. Гурьев (погиб 4.45)
201-я вдбр (Даугавпилс) полк. Н.Г. Гадалин (уволен 1946) ст.бат.ком. С.Н. Киреев майор С.И. Манухин (пропал без вести)
41-й (Либавский) УР див.ком. С.П. Николаев (плен) полк.ком. М.А. Васечкин (пбв)
57-я иад (Псков) полк. К.А. Катичев полк.ком. Н.Д. Моржерин (погиб 1942) врид майор А.С. Простосердов (зам. НШ)
Зам.начальника отдела политпропаганды бат.ком. И.П. Николаев
4-я сад (Паневежис) полк. И.К. Самохин (с 22.6) бриг.ком. И.И. Антонцев
Начальник санитарной службы военврач 1 ранга И.С. Романов
Заместитель начальника отдела политпропаганды ст.бат.ком. А.И. Яньков
6-я сад (Шяуляй) полк. И.Л. Федоров полк.ком. А.Г. Рытов полк. К.Д. Дмитриев
Заместитель начальника отдела политпропаганды ст.бат.ком. С.И. Макаров
7-я сад (Каунас) полк. П.М. Петров полк.ком. В.Н. Малышкин
8-я сад (Рига) полк. В.А. Гущин полк.ком. И.М. Горский
Заместитель начальника отдела политпропаганды полк.ком. Б.И. Пинес
Северо-Западная зона ПВО (Рига) полк. М.М. Карлин полк. И.С. Смирнов
Зам.начальника штаба Северо-Западной зоны ПВО подполк. Г.Е. Драбков
10-я отд.бригада ПВО (Рига) полк. М.И. Удовыдченко майор М.Л. Дмитриев
12-я отд.бригада ПВО (Вильнюс) полк. Д.Я. Дрожинин подполк. А.М. Ребриев
14-я отд.бригада ПВО (Каунас) полк. П.М. Барский майор А.Ф. Осипенко
Рижский бригадный район ПВО находился в стадии формирования
Эстонский/Юрьевский бригадный район ПВО (Тарту) находился в стадии формирования подполк. П.П. Каменский (пропал без вести)
Каунасский бригадный район ПВО находился в стадии формирования, комбриг Л.В. Нечаев
Начальник отделения МПВО НКВД Эстонии (Таллин) ст.лейтенант ГБ Г.Ф. Горбачев (погиб)
Пограничные войска
УПВ НКВД Прибалтийского округа (Таллин) ген.-май. К.И. Ракутин (погиб, Вяземский котел) бриг.ком. Н.Н. Потехин (погиб 1956) полк. И.М. Иванов (погиб)
Зам.по разведке и нач. 5-го (разведыв.) отдела ст.бат.ком. Е.Б. Шапиро (пропал без вести)
Зам.по морск.части и нач. Морского отдела военинженер 2 ранга М.Ф. Дедух
Зам.начальника войск по снабжению врид полк. И.Н. Просвирин
Начальник 1-го отдела (служба войск) подполк. Г.И. Окоев (погиб)
Начальник санитарной службы военврач 1 ранга Н.Ф. Перфильев (погиб 1942)
Зам.начальника отдела политпропаганды полк.ком. Н.И. Пономарев
Окружное управление военного снабжения полк. А.П. Чечин
6-й Ракверский морской пограничн.отряд полк. А.Е. Булыга ст.политрук П.К. Сувалов майор В.Ф. Нестеров (погиб)
Зам.по разведке и нач. 5-го (разведыват.) отделения капитан И.З. Ральников
8-й Хаапсалуский пограничный отряд полк. С.М. Буньков бат.ком. Г.Г. Ланин капитан К.М. Шишков (умер от ран)
Начальник инженерной службы ст.лейтенант В.Д. Абрамов (пропал без вести)
10-й Куресаарский пограничный отряд майор С.М. Скородумов бат.ком. З.Ф. Браславец майор И.Х. Кочергин
Зам.по разведке и нач. 5-го (разведыват.) отделения майор В.А. Шитов
Начальник 2-го (боевой подготовки) отделения капитан А.Г. Лошманов (погиб)
Начальник физической подготовки 2-го отделения лейтенант К.В. Шерстнев (погиб)
12-й Лиепайский пограничный отряд майор В.И. Якушев бат.ком. М.М. Рудченко майор В.А. Черников (погиб)
Зам.по разведке и нач. 5-го (разведыват.) отделения капитан В.А. Соловьев
Начальник 2-го отделения (боевой подготовки) майор М.Ф. Гавриляк
Начальник 4-го (строевого) отделения майор М.И. Дудин (плен)
Начальник санитарной службы военврач 3 ранга Г.И. Вахлис (плен)
99-й отд.погранотряд береговой охраны (п-ов Ханко) майор А.Д. Губин полк.ком. С.И. Иванов капитан М.В. Киблик
Зам.по разведке и нач. 5-го (разведыват.) отделения майор Г.П. Гриднев (осужден на год условно 1943)
Зам.начальника отдела политпропаганды бат.ком. И.Д. Чувашев
2-й Балтийский отряд пограничных судов (Таллин) капитан 3 ранга А.Н. Перфилов полк.ком. Г.Т. Земляков капитан 3 ранга Е.В. Гуськов
Внутренние войска
9-я дивизия НКВД по ОЖДС (Вильнюс) полк. В.Н. Истомин полк.ком. П.М. Ефимов (погиб) подполк. П.А. Гладченко (погиб 1944)
Начальник 2-го (разведывательного) отделения майор С.Н. Котов
Зам.начальника 3-го отделения (контрразведка) мл.лейтенант ГБ П.М. Гандрабуров (пропал без вести)
22-я мсд оперативных войск НКВД (Рига, с 26.6) подполк. А.С. Головко полк.ком. М.П. Звонов майор П.М. Ветров
Начальника 1-го (оперативного) отделения майор П.М. Ветров
Начальник 3-го отделения (контрразведка) лейтенант ГБ И.Д. Вершинин (погиб)
Главное управление милиции НКВД СССР
Зам.начальника управления милиции Латвийской ССР капитан милиции(=подполк.) Н.А. Москов
Начальник дорожного отдела ж.-д. милиции НКВД Латвийской ж.д. (Рига) капитан милиции А.П. Эглит
КРАСНОЗНАМЕННЫЙ БАЛТИЙСКИЙ ФЛОТ (КБФ, Таллин) вице-адм. В.Ф. Трибуц див.ком. М.Г. Яковенко (снижен, 42 восстан.) контр-адм. Ю.А. Пантелеев
Начальник 1-го (оперативного) отдела капитан 1 ранга Г.Е. Пилиповский
Начальник 2-го отделения ОО капитан 2 ранга Н.Г. Богданов
Командир по оперативной подготовке ОО капитан 3 ранга В.И. Андреев
Начальник 2-го (боевой подготовки) отдела (ОБП) капитан 2 ранга С.В. Кудрявцев
Командир по боевой подготовке 1-го отделения ОБП капитан 3 ранга В.П. Лихолетов (погиб 1942)
Командир по боевой подготовке ОБП капитан 3 ранга М.Н. Батов
Нач. 3-го (организационно-мобилизационного) отдела полк. А.С. Ильин
Начальник 1-го отделения 3-го отдела капитан 1 ранга В.Ф. Черный
Начальник 4-го (разведывательного) отдела капитан 2 ранга А.А. Филипповский (до 6.41)