Пока Богданов находился в ссылках, в русской социал-демократии происходили поистине исторические события. В 1898 году девять делегатов от различных кружков провели в Минске первый съезд Российской социал-демократической рабочей партии. В 1903 году на II съезде РСДРП в Брюсселе и Лондоне партия разделилась на «большевиков» и «меньшевиков». Богданов в своей автобиографии написал, что он «осенью 1903 года примкнул к большевикам».

В начале 1904 года закончилась его ссылка в Вологде. Вскоре Богданов вместе с женой уехал из России в Швейцарию. В Женеве он познакомился с Лениным. Тот уже слышал о нем, читал его работы и, как вспоминал сам Богданов, «горячо приветствовал» его «Краткий курс экономической науки».

В 4-м номере журнала «Мир Божий» за 1898 год появился его отклик на богдановский «Краткий курс»: Ленин назвал его «замечательным явлением в нашей экономической литературе» и хвалил книгу за «полную выдержанность направления от первой до последней страницы книги». Подразумевалось, естественно, марксистское направление.

Понравилась Ленину и вторая книга Богданова «Основные элементы исторического воззрения на природу», вышедшая в 1899 году. Он даже думал, что под псевдонимом «Богданов» скрывается сам Георгий Плеханов – один из основоположников русской социал-демократии.

При непосредственном знакомстве они подарили друг другу свои очередные работы. Богданов Ленину – первую часть своего главного философского труда «Эмпириомонизм», которая была напечатана в том же, 1904 году (вторая часть появится в 1906 году). В этой работе Богданов пытался обосновать новую теорию познания мира в эпоху научных открытий и «разрушения всяческих фетишей». По Богданову, философские представления о материи и сознании уже устарели, а представление об окружающем мире человечество получает в результате коллективного опыта.

Ленин, подаривший Богданова свою брошюру «Шаг вперед – два шага назад», тогда еще «Эмпириомонизма» не читал. А вот Плеханов, другие марксисты уже успели довольно жестко покритиковать его за отступление от марксистской философии и за «философский идеализм». Позже именно 1904 год Богданов назовет началом его «отлучения от марксизма». Ленин, прочитав «Эмпириомонизм», сказал Богданову, что считает правильными взгляды Плеханова, а не его. Но пока их разногласия оставались чисто теоретическими. Да и появление Богданова в эмиграции стало серьезным подкреплением для большевиков.

После раскола партии на большевиков и меньшевиков в 1903 году Ленин фактически вышел из ее руководства (формально он еще оставался членом ЦК) и из редакции «Искры» – центрального партийного органа. Его положение было сложным. Самые известные русские марксисты и теоретики социал-демократии остались на другой стороне. Ленин пытался начать создание новой революционной партии и новой партийной газеты, но у него не было ни средств, ни достаточного числа соответствующих «кадров».

И вот тут-то появился Богданов. Он активно включился в работу. Вместе с ним в дискуссиях, докладах и собраниях принимала участие и его жена. Эти мероприятия часто заканчивались скандалами, а иногда и драками. Однажды большевики и меньшевики самым натуральным образом подрались из-за мест в президиуме собрания, при этом на жене Богданова порвали одежду.

Вскоре на совещании 22 большевиков в Женеве был создан первый большевистский руководящий орган – Бюро комитетов большинства (БКБ). Он стал своего рода противовесом избранному на II съезде партии ЦК РСДРП, который занимал примиренческую позицию в отношениях между большевиками и меньшевиками. Помимо Ленина и Богданова, в БКБ вошли и другие люди, которые оставили тот или иной след в истории: Алексей Рыков (будущий преемник Ленина на посту Совнаркома и будущий «правый уклонист»), Максим Литвинов (будущий глава Наркомата иностранных дел и советский посол в Лондоне), Розалия Землячка (ставшая потом известной своей жестокостью во время Гражданской войны и первой женщиной, награжденной орденом Красного Знамени в 1921 году). Для Богданова это был первый важный шаг в партийной карьере.

Осенью 1904 года Богданов вернулся в Россию. В стране уже «попахивало» предстоящей революцией. Русско-японская война, начавшаяся в январе 1904 года, шла для России неудачно и, несмотря на правительственную пропаганду, вызывала все большее недовольство среди населения. В июле 1904 года боевик-эсер Егор Созонов убил министра внутренних дел Вячеслава Плеве. Отмечалось брожение на заводах.

В это время Богданов, как он сам отмечал, «с декабря работал в Петербурге, в Б.К.Б. и Петербургском комитете». Тогда же, в декабре 1904 года, большевики приняли решение об издании органа «комитетов большинства» – газеты «Вперед». В числе редакторов газеты были Ленин, Луначарский, Вацлав Воровский, Михаил Ольминский. Любопытно, что в советское время долго не упоминался тот факт, что и Богданов тоже был активным участником издания этого органа. Более того, благодаря связям Богданова с Максимом Горьким большевики получили от писателя деньги, которые были использованы для выпуска «Вперед».

На III съезде РСДРП, проведенном большевиками в Лондоне, Богданов являлся одним главных докладчиков. На первом заседании было избрано бюро Президиума съезда: председатель – Ленин, Богданов – один из вице-председателей. На фотографии делегатов съезда, сделанной тогда же, в 1905 году (она похожа на современные фотографии, которые вручают школьникам при окончании школы), Богданова поместили в самом центре, рядом с Лениным и Красиным. Его избрали и в первый ЦК большевиков.

Съезд утвердил и новый центральный орган партии – газету «Пролетарий».

В это время Богданов, безусловно, мог считаться «человеком номер 2» в партии большевиков. Известный советский и партийный историк Михаил Покровский писал о нем: «А. А. Богданов – это был великий визирь этой большевистской державы».

В октябре 1905 года, после царского Манифеста о даровании подданным прав и свобод, в Петербурге начала издаваться и первая в истории большевистская легальная газета «Новая жизнь». Ее издателем считалась гражданская жена Горького Мария Андреева, главным редактором – поэт Николай Минский. Газета была довольно странной. В отделе литературы преобладали поэты-символисты, а в других отделах – большевики. Участвовали в ее работе Константин Бальмонт, Тэффи.

«Новая жизнь» издавалась в основном на средства Горького и частично на деньги, полученные еще от «миллионщика» Саввы Морозова. Очевидно, что решение дать средства на газету он тоже принял не без участия Богданова.

Восьмого ноября Ленин нелегально возвратился в Петербург. Он активно сотрудничал в «Новой жизни», выступал перед фракцией большевиков в Петербургском Совете рабочих депутатов. Богданов в это время тесно контактировал с Лениным и не только как редактор «Новой жизни». Вместе с Красиным он руководил Боевой технической группой большевиков, которая осуществляла подготовку к вооруженному восстанию. Он был представителем ЦК партии в Совете рабочих депутатов. Однако их совместная с Лениным работа в России тогда продлилась недолго – Богданов оказался в тюрьме. Это произошло 3 декабря 1905 года. «Взяли» не только его одного, а сразу 267 депутатов Совета – прямо на заседании. Причиной ареста стал «Финансовый манифест», опубликованный от имени Совета, партий социал-демократов, эсеров, польских социалистов и крестьянского союза. В нем граждан призывали отказаться от уплаты государству «взносов выкупных и всех других казенных платежей», а при всех сделках требовать «уплаты золотом, при суммах меньше пяти рублей – полновесной звонкой монетой» и «брать вклады из ссудо-сберегательных касс и из Государственного банка, требуя уплаты всей суммы золотом».

Эти призывы к фактическому «финансовому бойкоту» правительство игнорировать уже не могло. Было принято решение взять всех депутатов «скопом».

Богданов больше четырех месяцев просидел в известной питерской тюрьме «Кресты».