В это же время пастухи привели к троянскому царю Приаму аргосца Синона, который сдался в плен по собственной воле, желая обмануть жителей Трои. Он рассказал царю о том, как ему удалось бежать от своих соратников, которые якобы предназначили его в жертву богам. На вопрос Приама о деревянном коне Синон ответил, что конь принесен по обету в дар Минерве, а сами данайцы отплыли на родину. Вероломный аргосец посоветовал ввезти коня в город, чтобы тот своей священной силой защитил Трою. После этого на глазах троянцев в страшных муках погиб призывавший уничтожить коня Лаокоонт – на него и его сыновей напали две огромные змеи, появившиеся из моря.
Устрашенные троянцы решили немедленно втащить коня в крепость, для чего разобрали часть городской стены. Их не смутило даже то, что конь трижды останавливался, задевая за порог, и внутри него звенел металл. Ночью данайцы на своих кораблях покинули остров Тенедос и возвратились к Трое. Синон же выпустил из чрева деревянного коня скрывавшихся там воинов, которые перебили стражников и открыли городские ворота для подошедшего греческого войска.
Той же ночью, когда данайцы обманом проникли в Трою, Энею во сне явился призрак погибшего героя Гектора и велел ему немедленно спасаться из захваченного врагами города, взяв с собою семью и изображения богов-хранителей Трои, дабы найти для них новое место и воздвигнуть новый великий город. Эней тут же проснулся и увидел, что город горит, а на улицах идет жестокий бой. Он не решился выполнить наказ Гектора и, созвав своих соратников, вступил в бой с данайцами. Но его усилия были напрасны! Многих друзей Энея убили в кровавой схватке, а сам он с несколькими уцелевшими соратниками отступил к дворцу Приама. Однако несмотря на отчаянное сопротивление троянцев, Пирр (Неоптолем), сын Ахилла, со своим отрядом все же ворвался во дворец. Он погнался за царским сыном Политом, который упал и скончался на глазах отца и матери, искавших спасения у священного алтаря. Когда же несчастный царь Приам, призывая богов, стал обвинять Пирра в этом злодеянии и бессильной рукой метнул в него копье, тот зарубил его прямо на алтаре.
Увидев, как безжалостно был убит престарелый царь, Эней пришел в ужас. Он понял, что Троя окончательно погибла, и испугался за судьбу своей семьи. Случайно обнаружив спартанку Елену, скрывающуюся в храме Весты, Эней решил ее убить, чтобы таким образом отомстить за все страдания троянцев. Ведь именно из-за нее началась Троянская война! Но тут перед ним предстала его мать богиня Венера, напомнила ему о семье и велела немедленно бежать из города.
Эней с трудом добрался до отчего дома и велел всему семейству немедленно собираться. Однако ему воспротивился его отец Анхиз, который заявил, что уже очень стар и должен погибнуть вместе с Троей, а не отправляться в изгнание в чужие края. Эней попытался уговорить отца, но безуспешно. Тогда он вновь облачился в доспехи и приготовился погибнуть, защищая родной дом и семью. Внезапно у Аскания (Юла), сына Энея, вспыхнуло на голове священное пламя. Анхиз, пораженный этим чудом, обратился к всемогущему Юпитеру и попросил явить новое божественное знамение. И в тот же миг раздался удар грома и с неба упал огненный метеорит. Узрев это знамение, Анхиз согласился, наконец, покинуть Трою, поскольку такова была воля богов.
Эней посадил отца к себе на плечи и вручил ему священные изображения богов-пенатов, затем взял Аскания за руку и в сопровождении своей жены Креусы, дочери Приама, направился к давно заброшенному храму Цереры, который находился за городскими стенами. Здесь он вместе с верными друзьями рассчитывал найти убежище и спастись от мечей разъяренных данайцев.
По дороге Энею пришлось спасаться от преследования врагов, которых заметил близ городских ворот Анхиз, и поэтому Креуса отстала или потерялась. Поскольку дело было ночью, Эней обнаружил, что она пропала, только когда подошел к храму. Герой вернулся в город и безуспешно пытался отыскать жену. Внезапно он узрел ее призрак, который велел ему не горевать понапрасну, поскольку все свершилось по воле богов, а затем предрек далекое странствие. Убитый горем Эней вернулся в храм Цереры, где его ждали отец и сын, а также многие другие троянцы, спасшиеся из охваченного пламенем города. На рассвете следующего дня он собрал всех, кто укрылся в храме, взвалил на свои плечи отца и двинулся в горы. Все эти события произошли примерно в 1184 году до н. э.
В лесах у подножия горы Иды Фригийской Эней построил флот и весной отплыл вместе с уцелевшими троянцами в поисках новой родины. Первую остановку он сделал у берегов Фракии, где решил основать город Энеаду. Во время жертвоприношения богам в честь закладки города Эней попытался сорвать несколько ветвей с двух деревьев, росших на близлежащем пригорке, чтобы покрыть листвой священные алтари. Внезапно из-под поврежденной коры потекла черная кровь, а из-под земли послышался голос Полидора, сына Приама. Он поведал, что его предательски убили на этом самом месте по велению местного фракийского царя, а из дротиков, которыми его пронзили, выросли деревья. Узнав об этом, троянцы оцепенели от ужаса и решили, что на оскверненной убийством земле нельзя оставаться. Они совершили необходимые погребальные обряды, насыпали большой холм над могилой Полидора и отплыли восвояси.
Вторую остановку троянцы сделали в гавани острова Делос. В местном храме Аполлона-Феба Эней и его товарищи получили божественное знамение: голос бога велел им искать ту древнюю землю, где некогда возник их род. Старец Анхиз решил, что речь идет о Крите, где когда-то жил предок троянцев Тевкр, и троянский флот направился к берегам этого острова. Здесь Эней основал город Пергамею, и троянцы поверили, наконец, что обрели новый дом. Внезапно начался мор, в результате которого погибли не только все всходы на полях, но и множество людей. Анхиз велел сыну вновь плыть на Делос и вторично вопросить божество. Но тут, по воле Аполлона, Энею во сне явились боги-пенаты Трои. Они приказали герою немедленно покинуть Крит, который не предназначен для троянцев, и плыть на запад, в Гесперию (Италию), где некогда родился предок троянцев Дардан. Наутро Эней сообщил об этом Анхизу, и троянцы вновь сели на корабли и оставили обжитую было землю.
В море флот Энея попал в жестокий шторм, и троянцы были вынуждены пристать у Строфадских островов, пользовавшихся дурной славой. Здесь обитали гарпии – ужасные злобные птицы с девичьими лицами. Когда троянцы высадились на один из островов, то увидели стадо коров и решили устроить пир. Внезапно на приготовленное мясо набросилась стая гарпий и начался жестокий бой. В это же время предводительница гарпий Келено, усевшись на скале, предрекла троянцам, что хотя они и достигнут Италии, но заложат там город только тогда, когда от голода съедят свои столы. Услышав эти мрачные слова, Анхиз повелел принести жертвы богам, а затем садиться на корабли и отплывать. Следующую остановку троянцы сделали у мыса Акций, где устроили пышные жертвоприношения у храма Аполлона-Феба и провели Илионские игры, а затем отправились к берегам Эпира.
Здесь Эней узнал, что Эпиром правит прорицатель Гелен, сын Приама, отобравший власть у Пирра (Неоптолема) и освободивший из плена Андромаху, жену Гектора. Сойдя на берег, герой встретил Андромаху, которая приносила жертвы в честь покойного мужа на пустом кургане близ двух алтарей. Увидев Энея, она не поверила своим глазам и упала в обморок. Придя в себя, Андромаха залилась слезами и стала расспрашивать предводителя троянцев о его судьбе. Он, в свою очередь, услышал от нее, что частью Эпира (Хаонией) теперь действительно правит Гелен.
После этого Эней встретился с Геленом, который радушно принял его во дворце и устроил пир. Через несколько дней, уже собираясь отплывать, он попросил Гелена совершить предсказание. Тот охотно согласился и предрек, что троянцам суждено еще долго плавать по морям, прежде чем они достигнут желанных берегов Италии и высадятся близ города Кумы. Там Эней должен встретить знаменитую пророчицу Сивиллу и добиться у нее предсказания. Город же он заложит в том месте, где увидит лежащую у реки огромную белую свинью с тридцатью поросятами. Поблагодарив Гелена, который снабдил флот троянцев всем необходимым, и сердечно простившись с ним и Андромахой, Эней вновь отправился в путь.