Через несколько дней после предоставления «томоса об автокефалии», 8 января 2019 года, состоялось заседание Священного Синода Элладской Православной Церкви, который решил направить украинский церковный вопрос на рассмотрение предстоящего Архиерейского Собора, однако в дальнейшем обсуждение украинской темы неоднократно откладывалось. В марте Синод передал «вопрос признания новой автокефальной Церкви Украины со стороны Элладской Церкви» двум синодальным комиссиям – по догматическим и номоканоническим вопросам и по межправославным и межхристианским связям, которым было поручено подготовить доклад к предстоящему Архиерейскому Собору. Внеочередной Собор был назначен на 19–21 марта, однако в его повестку украинский вопрос не вошел и потому не обсуждался.
Наконец, 27–28 августа 2019 года доклады синодальных комиссий по Украине были представлены вниманию членов Синода. В заявлении для прессы отмечалось, что, ознакомившись с докладами комиссий, «Священный Синод признает каноническое право Вселенского Патриарха предоставлять автокефалию, а также привилегию Предстоятеля Элладской Церкви заниматься далее вопросом признания Церкви Украины». Тексты этих докладов официально так и не были опубликованы, однако, по информации греческих СМИ, они предлагали признать раскольническую структуру. В связи с этим митрополит Серафим опубликовал статью «Украинский вопрос. Подлинный канонический взгляд. Констатация фактов. Решение», в которой вновь обратил внимание сторонников признания раскола на многочисленные факты, подтверждающие, что у Константинопольского Патриархата нет канонических прав для вмешательства в дела Украины. Владыка подчеркнул, что создание новой «автокефальной церкви» в этой стране привело в фактическому расколу в Православии, а потому оно никак не может считаться «исцелением» раскола: «В случае с украинской “автокефалией” совершенно безосновательно утверждать, что единство Церкви достигается через “восстановление” и вхождение в Церковь нераскаянных, изверженных из сана, анафематствованных, нерукоположенных, отщепенцев и раскольников путем созыва так называемых приходских собраний, когда в тот же самый момент то же самое событие приводит к разрыву церковного общения с двенадцатью с половиной тысячами канонических церковных общин-приходов и сотней канонических митрополитов на Украине и с Патриархатом, состоящим из двухсот семидесяти митрополитов и епископов и более двухсот пятидесяти миллионов верующих».
Между тем вопрос признания раскольнической структуры вновь был отложен: Архиепископ Афинский Иероним сообщил, что он будет рассмотрен на очередном Архиерейском Соборе. Через некоторое время была назначена его дата – 8-11 октября 2019 года. В повестке дня Собора, утвержденной заранее, украинский вопрос по-прежнему не значился. Однако накануне его открытия, утром 7 октября, архиепископ Иероним, воспользовавшись предусмотренным Уставом своим исключительным правом, объявил, что по завершении очередного Архиерейского Собора он созывает на следующий день, 12 октября, внеочередной Собор исключительно для рассмотрения украинского вопроса.
Архиепископ Афинский Иероним открыл заседание Собора, представив доклад «Автокефалия Церкви Украины», в котором на основании выводов двух упоминавшихся выше синодальных комиссий, а также поданной в Генеральный секретариат Синода записки «Вопрос о канонической юрисдикции Киевской митрополии» выступил с предложением о признании Элладской Церковью «автокефалии Православной Церкви независимой Украинской Республики». За выступлением архиепископа последовала дискуссия. Митрополит Серафим активно выступал против признания раскольнической структуры и представил вниманию членов Собора многостраничный доклад, опубликованный за месяц до этого. Из сообщений участников Собора и публикаций в греческой прессе известно, что около трети присутствовавших на заседании иерархов взяли слово, чтобы заявить о своей позиции. При этом две трети выступавших высказывались за признание раскольников, а остальные – против. Однако по итогам дискуссии голосования по вопросу признания или непризнания так называемой Православной церкви Украины так и не было. А по завершении заседания от имени Комиссии по прессе Архиерейского Собора было опубликовано коммюнике, в заключительной части которого говорилось: «Последовал конструктивный диалог, многие преосвященные иерархи высказали свою позицию, и Архиерейский Собор постановил согласиться с решением ушедшего состава Постоянного Священного Синода и предложением Блаженнейшего Архиепископа Афинского и всей Эллады Иеронима, то есть признать “за Вселенским Патриархатом каноническое право предоставлять автокефалию, а за Предстоятелем Элладской Церкви привилегию далее заниматься вопросом признания Церкви Украины”. При этом семь митрополитов попросили отложить принятие решения».
Впоследствии некоторые участники Собора отмечали, что и коммюнике не выносилось на голосование. Это важное обстоятельство, а также тот факт, что использованная в тексте документа формулировка хотя и открывает возможности для признания украинского раскола в будущем, но еще не является самим признанием, стали основанием для принятия ответных мер Русской Православной Церковью. 17 октября Священный Синод принял решение прекратить молитвенное и евхаристическое общение не со всеми архиереями Элладской Церкви, но лишь с теми, «которые вступили или вступят в таковое общение с представителями украинских неканонических раскольнических сообществ».
По завершении внеочередного Архиерейского собора в некоторых СМИ появились публикации, в которых утверждалось, что митрополит Серафим не выступал против признания раскольников и вообще досрочно покинул заседание. В специальном заявлении («Митрополит Пирейский отвечает на замалчивание и искажение его позиции на Архиерейском соборе Элладской Церкви (12.10.2019)») владыка опроверг эти заявления, подчеркнув, что он был против предложения Архиепископа Афинского Иеронима о «признании автокефалии недействительной и несуществующий “Церкви”, которая образовалась на Украине». По замечанию владыки, он не только просил отложить принятие решения, но и был единственным, кто попросил немедленного созыва Всеправославного Собора с непременным участием канонической Украинской Православной Церкви, а заседание он покинул по ошибке, считая, что оно завершилось. Важно также отметить, что несмотря на принципиальное несогласие с позицией Архиепископа Афинского Иеронима в украинском вопросе, митрополит Серафим не прекратил каноническое общение с Предстоятелем Элладской Православной Церкви, который признал раскольников личным решением. 6 января 2020 года архиепископ Иероним в сослужении митрополита Серафима совершил литургию в кафедральном соборе Пирейской митрополии. За богослужением во время великого входа архиепископ помянул в числе Предстоятелей автокефальных Церквей главу раскольнической украинской структуры, в связи с чем близкие к Константинопольскому Патриархату СМИ поспешили заявить, что владыка тем самым признал так называемую Православную церковь Украины. В ответ на эти утверждения митрополит Серафим в заявлении «Пирейская митрополия отвечает на упреки» посчитал важным разъяснить, что его участие в подобных богослужениях не означает его согласия с действиями Предстоятеля его Церкви, и подчеркнуть, что «никто из сослужащих с теми, кто признают явно ошибочные, недействительные, согласно священным канонам, действия Священного Синода, не оскверняется».
Неопределенность и двусмысленность коммюнике Архиерейского Собора от 12 октября обнажили разномыслие по украинскому вопросу в среде епископата Элладской Православной Церкви. Среди выступлений в поддержку канонической Церкви на Украине важным событием стало совместное письмо четырех греческих иерархов Предстоятелям Поместных Православных Церквей. Письмо подписали митрополит Дриинопольский Андрей, митрополит Пирейский Серафим, митрополит Кифирский Серафим и митрополит Этолийский Косьма. В основу этого пространного послания легли более ранние публикации по украинскому вопросу, в том числе статьи митрополита Серафима. Авторы письма затрагивают важнейшие темы, связанные с украинской автокефалией, и обращаются к Предстоятелям с просьбой собраться на Всеправославный Собор с тем, чтобы украинский вопрос рассмотрела вся полнота Православной Церкви.
