На рубеже столетий административная карьера Наливкина очень быстро набирает обороты. В 1899 г. – при генерал-губернаторе С.М. Духовском – 47-летний Наливкин возвращается в очередной раз на военную службу и становится старшим помощником особых поручений при начальнике края, участвует в работе различных комиссий[20], какое-то время исполняет обязанности дипломатического чиновника. В 1901 г. новый генерал-губернатор Н.А. Иванов назначает Наливкина помощником (заместителем) военного губернатора Ферганской области. Тогда же Наливкин получает чин действительного статского советника (чин 4 класса, который соответствовал военному чину генерал-майора)[21]. В этой роли ему не раз приходится оставаться на должности исполняющего делами военного губернатора. В 1904 г. в результате конфликта с ферганским губернатором Г.А. Арендаренко Наливкин отзывается в Ташкент в распоряжение генерал-губернатора Н.Н. Тевяшова и работает в ряде комиссий[22].
В 1890-е и в начале 1900-х гг. исследовательская работа В. П. Наливкина продолжается. Из-под его пера выходит целый ряд статей по исламу: «Очерк благотворительности у оседлых туземцев Туркестанского края», «Ислам и закон Моисея», «Что дает среднеазиатская мусульманская школа в общеобразовательном и воспитательном отношениях?», «Положение вакуфного дела в Туркестанском крае до и после его завоевания» и др[23]. Под его руководством публикуется коллективная статья «Краткий обзор современного состояния и деятельности мусульманского духовенства, разного рода духовных учреждений и учебных заведений туземного населения Самаркандской области с некоторыми указаниями на их историческое прошлое», которая представляла собой первое систематическое обозрение среднеазиатского ислама[24]. В 1898 г. издается «Руководство к практическому изучению сартовского языка», в 1900 г. – «Руководство к практическому изучению персидского языка»[25]. В 1905 г. Наливкин был избран членом правления Ташкентского отделения Императорского Общества востоковедения.
В 1906 г., при генерал-губернаторе Д.И. Субботиче, 54-летний Наливкин по собственному прошению снова уходит в отставку, читает какое-то время лекции по мусульманскому праву на разного рода курсах, ведет уроки сартовского языка, активно сотрудничает с газетой «Русский Туркестан», которая считалась легальным органом местных социал-демократов[26]. В 1907 г., будучи «популярнейшим человеком в крае»[27], он избирается от «нетуземной части» жителей Ташкента депутатом II Государственной Думы, в которой примыкает к социал-демократической фракции[28]. После роспуска Думы летом того же года Наливкин возвращается в Ташкент, где власть в наказание за резкие оппозиционные высказывания лишает его пенсии. Большой отрезок его дальнейшей жизни, с 1907 по 1917 г., изучен мало. Отторгнутый властью и элитой, Наливкин, видимо, стал более тесно общаться с разного рода социалистами и с туземной интеллигенцией[29]. В этот период Наливкин продолжает, хотя и не очень активно, заниматься научной деятельностью[30]: в 1912 г. переиздается «Русско-сартовский и сартовско-русский словарь», в 1912–1913 гг. в газете «Туркестанский курьер» публикуется серия статей под заглавием «Туземцы раньше и теперь», а в 1913 г. выходит в свет книга с тем же названием[31].
После Февральской революции 1917 г. 65-летний Наливкин становится активным участником преобразований в Туркестане. В марте по поручению общественного Исполнительного комитета (вскоре переименованного в Ташкентский исполком Совета рабочих и крестьянских депутатов) он назначется редактором «Туркестанских ведомостей» и руководителем бывшей «Туркестанской туземной газеты», переименованной в «Наджат» (новым редактором, вместо ушедшего в отставку Н.п. Остроумова, стал джадид Мунавваркары Абдурашидханов)[32]. В течение двух первых апрельских недель, после отстранения от должности генерал-губернатора А.Н. Куропаткина и до приезда членов Туркестанского комитета Временного правительства во главе с Н.и. Щепкиным, Наливкин является одним из трех комиссаров по гражданскому управлению, к которым переходит бесхозная власть в крае. 19 июля 1917 г. Наливкин по рекомендации Советов и по решению российского премьера А.Ф. Керенского[33] избирается новым председателем Турккомитета, т. е. становится «первым лицом» в Туркестане. 28 июля он приступает к исполнению своих обязанностей. Фигура Наливкина в тот момент олицетворяет собой удачный, как казалось, компромисс между старой царской элитой, с которой он был хорошо знаком, социалистами и туземными лидерами. Он пытается примирить враждующие группировки и выступает в роли посредника между ними. Наливкин «…видоизменил Туркестанский комитет, сделав его коалицией разных партий и политических организаций…»[34]
12 сентября большевики и их союзники из других радикальных партий заявляют о переходе власти к Советам и создании Революционного комитета. Ими формируется новый состав исполкома Ташкентского совета рабочих и солдатских депутатов, объявляются назначения на ключевые военные должности. Против Ташкентского совета выступают Краевые Советы рабочих и солдатских депутатов, крестьянских депутатов, мусульман и др., которые продолжают сотрудничать с Турккомитетом. Наливкин характеризует действия своих недавних товарищей как мятеж и призывает главу Временного правительства прислать войска для его подавления. Переговоры между враждующими сторонами приводят к заключению 18 сентября соглашения между Турккомитетом и мятежниками, согласно которому взамен на некоторые уступки Наливкин обязуется сообщить Керенскому о мирном решении вопроса. Однако посчитав, что Ревком каким-то образом нарушил свои обещания, Наливкин это соглашение не выполняет и телеграмму об отзыве войск не отправляет, чем вызывает против себя яростное негодование радикалов. 24 сентября в Ташкент прибывает карательная экспедиция. 27 сентября генеральный комиссар Временного правительства и новый командующий туркестанскими войсками генерал П.А. Коровиченко отстраняет председателя Туркестанского комитета от должности.
В результате всех этих событий Наливкиным остаются недовольны и большевики, и противники большевиков. Уже через месяц ситуация меняется и власть в Ташкенте, как и в Санкт-Петербурге, полностью переходит к Советам. Большевики преследуют Наливкина, «он боялся, что его убьют, сбежал, скрывался»[35]. 20 января 1918 г. еще недавно самый популярный человек в Туркестане, которому было неполных 66 лет, рано уходит из своего ташкентского дома и в 9 часов утра выстрелом из револьвера кончает с собой у могилы жены[36]. В предсмертной записке он просит никого не винить в своей смерти и пишет о желании, «чтобы похороны были скромными, пролетарскими и гражданскими»[37]. Есть свидетельство, что в записке были и следующие слова: «…Я не могу согласиться (с тем), что делается, но быть врагом своего народа… я не могу и ухожу из жизни…»[38]
