Макаров, сотрудничая с вице-адмиралом А.А. Поповым, проектировал новые типы судов, ввёл в научный обиход понятия "живучесть и непотопляемость", написал множество работ по судостроению и гидрографии. Он изобрёл "пластырь Макарова" для экстренной заделки пробоин, "колпаки Макарова" для бронебойных снарядов, изобрёл "макаровскую восьмёрку"– эскадренный манёвр, когда стрельба по противнику ведётся то одним, то другим бортом.
Главной его работой стала "Рассуждения по вопросам морской тактики", написанная в 1897 году и мгновенно изданная везде, даже в Аргентине. Эта работа Макарова с многочисленными пометками сделалась настольной книгой многих японских адмиралов, включая Х. Того. Единственной страной, где "Рассуждения…" остались известны морским офицерам в журнальном варианте, была Россия. (После Русско-японской войны было шесть её отечественных изданий, последнее в 1943 году).
Выдающиеся способности Макарова сопровождались скверным характером, что приводило к ряду конфликтов даже с такими людьми, как адмирал Попов. К Степану Осиповичу приклеилась кличка "беспокойный адмирал", и спокойные адмиралы, то есть все адмиралы Русского флота, старались его избегать и никогда не советоваться.
События на Дальнем Востоке буквально гальванизировали Макарова, получившего в 1890 году производство в контр-адмиралы. Он был уверен, что его дальнейшая служба пойдёт там, и что в бой с японским флотом броненосцы поведёт именно он. 24 января 1895 года Средиземноморская эскадра, которой он командовал, перешла на Дальний Восток (другой, Тихоокеанской эскадрой, командовал Алексеев) и вошла в подчинение адм. С. П. Тыртова, образовав Тихоокеанский флот. Время было тревожное, полным ходом шла Японо-Китайская война с участием броненосных флотов, вмешательство России было не исключено. Наконец-то настоящее дело! Макаров был оставлен в должности командующего эскадрой и разработал подробную боевую инструкцию, но поучаствовать в войне ему не довелось, ибо в апреле Китай и Япония заключили мир.
Несколько месяцев адмирал провёл в Японии на лечении, затем снова плавал со Средиземноморской эскадрой в дальневосточных водах, но в начале 1896 года был произведён в вице-адмиралы, отозван на Балтику и назначен старшим флагманом Практической эскадры. В это время его увлекла идея освоения Северного морского пути, для чего Макаров при поддержке Д.И. Менделеева и С.Ю. Витте заказал в Англии первый в мире ледокол "Ермак", на котором совершил несколько полярных плаваний и написал книгу "Ермак во льдах". В мире это принесло ему новую славу, но в Отечестве лишь умножило число врагов: он насмерть разругался с Менделеевым, Витте и поссорился с адмиралом Бирилёвым, дававшим отзывы о первом в мире ледоколе.
Алексеев был произведён в вице-адмиралы в 1897 году и переведён на Черное море, где тоже командовал Практической эскадрой. Принял активное участие в 1-й всероссийской переписи населения.
В 1899 году Степана Осиповича назначили главным командиром Кронштадтского порта. Это был очень высокий пост, пятый по значению в русской военно-морской иерархии. Любой другой моряк был бы доволен таким милосердным оборотом карьеры, но только не Макаров. Этот полный сил и здоровья 50-летний морской волк видел себя только на Дальнем Востоке, в строящемся Порт-Артуре. Но вместо него туда отправили Алексеева! Макаров по опыту совместной службы хорошо знал, что за это за характер, и ни минуты не сомневался, что конкурент погубит всё дело. В мирное время Алексеев ещё кое-как годится с грехом пополам, но если завтра- война? Абслютно не его это стихия!
Odium figulinum- профессиональная, гильдийская ненависть, что может быть сильнее?
Продолжающееся уже шестой год соперничество двух флотоводцев перешло в новое качество.Конечно, выбор Макарова в качестве главного начальника главной русской ВМБ оказался неудачен. Обязанностей у него было немного, зато много свободного времени и творческого начала. Когда в 1900 году на Балтийском заводе стали закладывать пятёрку новейших броненосцев типа "Бородино", с Макаровым, натурально, не посоветовались. В Кронштадте был Опытовый бассейн, которым руководил сторонник Макарова А.Н. Крылов. Оба аутсайдера на свой страх и риск провели испытания, которые убедительно доказали малую остойчивость строящихся судов. О результатах испытаний Макаров немедленно написал бумагу и отправил "куда следует". Инициатива Степана Осиповича весьма не понравилась "кому следует" и правота его подтвердилась только в Цусимском боюОчень много времени начальник Кронштадтского порта уделял строительству Порт-Артура, в котором всё, по его мнению, делалось неправильно. Он высказывал это и как член крепостной комиссии, и в конфиденциальном порядке.
"Как обычно, он и не подумал примиряться с решением, казавшимся ему неправильным. Через несколько дней после заседания комиссии Макаров 22 февраля 1900 года подал в Главный морской штаб конфиденциальную записку со своими предложениями об организации обороны Порт-Артура. Он отмечал, что в крепости намечено построить явно недостаточное количество сухопутќных укреплений и эти укрепления оснащены малым числом орудий, что орудия эти слабы и не в силах сопротивляться тяжелой артиллерии противника, что наши морские батареи не приспособлены для стрельбы по наземным целям. Наконец, Макаров предлагал исходить из вероятности того, что Порт-Артур может оказаться осажденным с суши и поэтому крепость должна быть готова к длительной блокаде, то есть иметь достаточное количество продовольствия, боеприпасов и проч.
Макаров решительно оспаривал тех, кто пренебрежительно относился к боевым возможностям японцев и китайцев как наций "нецивилизованных". "Каждый японец и каждый китаец, – писал он, – получает солидное образование по-своему; в Японии уже пять столетий нет ни одного неграмотного. О таком народе нельзя сказать, что он не просвещен. Из поколения в поколение японцы и китайцы привыкли учиться, вот почему японцы так быстро научились всему европейскому в такой короткий срок".( писал историк-маринист С.Н. Семанов)
Макаров с уважением отзывался о военных качествах азиатских народов – это было редкостью в то время. Далее в своей записке Макаров предсказывал возможные действия противников:
"Заняв Корею, японцы могут двинуться к Квантунскому полуострову и сосредоточить там более сил, чем у нас. Вся война может быть ими сосредоточена на этом пункте. Это будет война из-за обладания Порт-Артуром, к которому они подступят с потребной для сего силой, и мы должны быть готовы к должному отпору с сухого пути".
Адмирал настаивал, чтобы крепость загодя была снабжена "провизией, порохом и углем в таком количестве, чтобы выдержать продолжительную осаду, пока не прибудет подкрепление". И в заключение с ответственностью истинного патриота Макаров сурово предрекал: "Падение Порт-Артура будет страшным ударом для нашего положения на Дальнем Востоке". (С.Н. Семанов "Макаров", "Молодая гвардия", 1972 г.)
* * *
Управляющий Морским министерством П.П. Тыртов даже не стал тогда вызывать упрямца для серьёзного разговора. Во-первых, суть интриги (в любом флоте мира такая "принципиальность" была бы названа интригой), затеваемой вице-адмиралом Макаровым против вице-адмирала Алексеева, была слишком ясна и… грязна. Во-вторых, Евгений Иванович- бывалый моряк! Золотые орлы на погоны зарабатывал не на петербургских паркетах, а в море, и знает, что делает. На строительство порт-артурских укреплений задействованы лучшие армейские фортификаторы. Работы затормозило боксёрское восстание, парализовавшее железнодорожное движение, и скупость всесильного Витте, убеждённого противника Порт-Артура, но сейчас положение поправляется. Потом, ещё есть Тихоокеќанская эскадра, которой Евгений Иванович сумеет распорядиться, будьте уверены. Семь, а то и все восемь эскадренных броненосцев, включая строящиеся в САСШ и Франции! 20 двенадцатидюймовок и 12 десятидюймовок! Плюс пятёрка новейших, типа "Бородино"– это ещё 20 двенадцатидюймовок. Плюс крейсера, минные крейсера, минные транспорты, миноноски…
