Свою лепту в изучение и охрану дальневосточных рубежей России внесли и моряки флотилии Балтийского флота, направленные на Дальний Восток для содействия Российско-американской компании в 1806–1814 гг.

Для защиты дальневосточных территорий Российской империи, морских торговых путей и промыслов 10 мая 1731 года была создана русская военная флотилия на Дальнем Востоке с главной базой в Охотске, позже получившая название Сибирской.

Так как Охотское море зимой замерзает, и судоходство на нем прекращается, в 1849 году для более надежной охраны побережья и Курильских островов главная база Сибирской флотилии была перенесена в Петропавловский порт (ныне – Петропавловск-Камчатский. В 1855 году главная база Сибирской военной флотилии была перенесена в более защищенный порт – Николаевск.

В 1853–1854 годах на Дальний Восток прибыла дипломатическая миссия графа Е.В. Путятина с внушительным отрядом военных кораблей Балтийского флота. А 18 июня 1859 года в бухту, известную в те времена под названием «Порт Мэй», вошел корвет «Америка» с генерал-губернатором Восточной Сибири Н.Н. Муравьевым-Амурским на борту. Он приказал основать здесь порт, который затем получил название Владивосток.

К тому времени по решению императора Александра II на Дальний Восток начали прибывать корабли с Балтийского флота в составе так называемых «Амурских отрядов», которые в 1860 году были объедены в самостоятельное соединение – Отряд судов Балтийского флота в Китайском море. В 1862 году этот отряд стал называться – Эскадра Балтийского флота в Тихом океане. Ее основу составляли парусно-винтовые фрегаты, корветы и клипера, которые постоянно несли службу в портах Японии, Цинской империи.

Так было проложено начало русскому военно-морскому присутствию на Дальнем Востоке.

Но это составляло только часть сложной и многогранной проблемы, связанной с утверждением российской государственности в этом далеком и недостаточно освоенном людьми крае, на который имели свои виды и другие государства. И уже с самого начала Амурских экспедиций возникла необходимость решения дипломатических вопросов с Цинской империей и Японией.

Цинская империя возникла в результате завоевания маньчжурами в союзе с монголами южных районов Китая еще в середине XVII века, и вскоре стала ареной экономических интересов ряда ведущих стран мира. Повышенный спрос на китайские товары (шелк, чай, керамика и др.) привлек к Цинской империи, прежде всего, английских купцов, а затем и других европейцев. Однако, ослабленная рядом опиумных войн, империя постепенно теряла контроль над периферийными территориями, в том числе и над Маньчжурией.

К середине XIX века сухопутная граница между Российской и Цинской империями была самой протяженной, и составляла примерно 10 тысяч верст. На западе она начиналась от пика Повало-Швейковского на Памире и продолжалась до реки Тумынцзянь в Приморье. Неразграниченными оставались земли по Амуру, острова по Аргуни и вся территория к юго-западу от Саянских гор. Но при этом левый берег Амура Китай практически не осваивал. Маньчжурские деревни находились только на юге Зейско-Буреинской равнины.

В 50-х гг. XIX века в связи с политической нестабильностью в Китае (восстание тайпинов в 1850–1864 гг., англо-франко-китайская война 1856–1860 гг.) возникла угроза проникновения в бассейн Амура Великобритании, Франции и США.

Но это не соответствовало интересам Российской империи. Экспедиции Г.И. Невельского в 1848–1853 гг., исследовавшие низовья Амура и открывшие пролив между Сахалином и материком, показали, что Амур может стать основной транспортной магистралью, связывающей дальневосточные и тихоокеанские владения России с остальной частью империи. И уже ранней весной 1854 года по приказу генерал-адъютанта Н.Н. Муравьева военная экспедиция из 29 офицеров и 862 нижних чинов на пароходе «Аргунь», на больших лодках и плотах прошла от Шилкинского завода до поста Мариинск и соединилась с отрядом Г.И. Невельского, а затем проплыла по Амуру, выйдя к «Великому океану».

В середине 1850-х гг. власти Восточной Сибири начали создание военных постов в низовьях Амура и переселение на Амур забайкальских казаков. Одновременно в Китай было направлено специальное посольство, которое, помимо прочего, должно было поставить перед китайским правительством вопрос о пограничных проблемах. В договоре об общих принципах взаимоотношений между двумя странами, подписанном в Тяньцзине 1 (13) июня 1858 года, стороны условились немедленно исследовать неопределенные участки границы и зафиксировать итоги разграничения в специальном документе.

В соответствии с этим документом весь левый берег Амура, от слияния рек Шилка и Аргунь до устья, переходил к России. Территория от реки Уссури, правого притока Амура, до моря объявлялась в «общем владении» России и Китая впредь до «определения по сим местам границы» между ними. Плавание по Амуру, Сунгари и Уссури разрешалось только русским и китайским судам.

Айгунский договор 1858 года был утвержден китайским и российским императорами. Тем не менее вскоре китайские власти стали ставить под сомнение его законность. Поэтому вопрос об Амуре, так же как и о других неопределенных участках русско-китайской границы, обсуждала в 1860 году в Пекине новая специальная российская миссия во главе с Н.П. Игнатьевым.

Новый (Пекинский) русско-китайский договор был подписан 2 ноября 1860 года. Он подтверждал условия Айгунского договора 1858 года. Западный участок границы по договору был определен только как самое общее направление пограничной линии, «следуя направлению гор, течению больших рек и линии ныне существующих китайских пикетов». Это объяснялось тем, что местность, по которой устанавливалась граница, была труднодоступной, практически неизученной, с населением, подданство которого сложно определялось из-за кочевого образа жизни. Но при этом китайское и корейское население, оказавшееся на отошедшей к России территории, получило право остаться на прежних местах проживания и продолжать привычную хозяйственную деятельность.

Заключением договоров с Цинской империей правительство России стремилось не только закрепить за собой уже освоенные территории на Дальнем Востоке, но и создать перспективы для будущих проектов в этом регионе.

Вторым важнейшим «игроком» на Дальнем Востоке была Япония, процесс установления границы с которой Россия начала в середине XIX века. В 1852 году туда было направлено российское посольство, которое получило задачу установить границу между островами Уруп и Итуруп на Курильских островах и по проливу Лаперуза. Таким образом, правительство Николая I было готово признать владением Японии Южные Курилы, но намеревалось закрепить за Российской империей весь Сахалин.

Но сложившаяся международная обстановка не благоприятствовала русско-японским переговорам. Начавшаяся Крымская война отвлекла силы России с Дальнего Востока. Это позволило англо-французскому флоту повысить свою активность на Тихом океане. В 1854 году этот флот даже пытался захватить Петропавловск-Камчатский.

Данные обстоятельства потребовали скорейшего урегулирования отношений России с Японией даже ценой уступок. Согласно трактату, подписанному в Симоде 26 января 1855 года, русско-японская граница на Курилах устанавливалась между Урупом и Итурупом, как того и хотели в Санкт-Петербурге, а сам остров Сахалин российская сторона согласилась признать «неразделенным между Россией и Японией». И на протяжении 60-х – первой половины 70-х гг. XIX века Сахалин, находившийся в совместном управлении российской и японской администрации, свободно заселялся русскими и японцами.

Между тем Япония всячески стремилась расширять и укреплять свое влияние на Дальнем Востоке. В середине 70-х годов XIX века для этого оно использовало события, которые происходили на Балканах. В 1875 году российское правительство, полностью отвлеченное событиями на Балканах, пошло навстречу японским просьбам уступить все Курильские острова в обмен на отказ Японии от ее прав на Сахалин. Этот обмен официально был оформлен Петербургским договором 25 апреля 1875 года.