Изучение внутреннего предполагает известное отвлечение от специфики тех или иных наук, в которых это внутреннее, сущностное проявляется. Это отвлечение и дает возможность философскому анализу выявить такие необходимые свойства, компоненты системы научного познания, которые обязательны для любой науки. В ряду вопросов, раскрывающих сущностную сторону когнитивной структуры науки, важнейшее место ' принадлежит проблеме эмпирического и теоретического. Взаимодействие эмпирического и теоретического обеспечивает правильное и эффективное развитие научного познания. «Сбалансированное» движение познания на этих уровнях отличает познавательную систему науки от других видов познания, например, философского, обыденного. Иными словами, научное познание характеризуется специфическим познавательным циклом, включающим основные относительно самостоятельные и вместе с тем взаимосвязанные, взаимно обусловливающие друг друга ступени исследования – эмпирическую и теоретическую. Это утверждение, разумеется, справедливо по отношению к научному познанию как таковому, к науке в ее «усредненном», идеализированном виде, поскольку единичные, индивидуальные исследования в науке могут существенно отличаться от данной схемы.
Однако очевидно, что именно таким образом организованный познавательный цикл, т.е. определенное взаимодействие эмпирического и теоретического, выражает сущностную природу системы научного познания, ее качественную определенность. Установление в XVII столетии специфического познавательного цикла (об этом уже шла речь в соответствующем разделе) с характерным единством эмпирического и теоретического знаменует собой историческое формирование науки в полном смысле этого слова, или так называемой зрелой, классической науки.
Этому не противоречит существование так называемых эмпирических, описательных наук, или так" называемой эмпирической описательной стадии в развитии той или иной науки. Дело в том, что не существует абсолютно чистого, свободного от теоретических предпосылок эксперимента или наблюдения в современной науке, аналогично исторически не было абсолютно чистой по отношению к теории науки или чисто эмпирической, описательной стадии в развитии тех или иных наук. Поскольку любая даже сугубо эмпирическая стадия в науке или исследовательская программа нуждается в своем теоретическом обосновании (любая эмпирия «нагружена» явно или неявно теоретическими положениями), постольку в отсутствие собственных теорий эмпирические описательные науки в качестве теоретического базиса используют философское знание. Именно философия выступает в истории познания «заместителем» специально-научных теорий, обеспечивая «сохранность», целостность специфического для науки познавательного цикла, соединение в этом цикле теоретических и эмпирических познавательных процедур.
Сущностная сторона когнитивной структуры науки раскрывается также в соотношении предметного и рефлексивного уровней научного познания. Предметный уровень направлен на изучение объективной реальности, раскрытие ее законов, свойств и отношений. В нем находит свое выражение специфическая в сравнении с другими видами познавательной деятельности реализация субъект-объектного отношения. В то же время познание объектов реальности в научной, как и в любой другой деятельности, предполагает не только взаимодействие субъекта с объектом, но и постановку целей, выработку соответствующих средств и форм исследования, установление определенной корреляции между поставленными целями и необходимыми для их реализации средствами, и соответственно корректировки, управления самим процессом познания. Иными словами, научная деятельность осуществляется как осознанный целенаправленный процесс, требующий совершенствования и оптимизации, повышения уровня своей эффективности, а значит, своего собственного осмысления.
Научная деятельность без тех или иных форм самосознания попросту невозможна. Причем в рамках самосознания науки (в этом наука похожа на любую социокультурную систему) складывается научная рефлексия как критика науки, совершенствующая научное исследование, и одновременно рефлексия в форме консерватизма научного сознания, его парадигмальности, и даже как совокупность научных мифов. Однако научная рефлексия в узком методологическом смысле слова представляет собой в отличие от научных мифов и научного консерватизма высокоспециализированную форму научной деятельности, научного самосознания, которая образует необходимое условие развития науки. Именно в научной рефлексии достигается осмысление предпосылок исследования, выявление неявного знания и превращения его в явное. Это предполагает анализ знания и деятельности, его уточнение, отказ от ошибочных предпосылок, положений, так что рефлексивные акты осуществляются в единстве явного и неявного, рефлектируемого и нерефлектируемого, что приводит к порождению нового знания, к выходу за пределы наличной системы научного познания.
Рефлексия связана с пониманием, которое трактуется как особая форма, специфическая познавательная процедура в науке, наряду с описанием, объяснением и пр. Хотя рефлексия предполагает в качестве своего итога понимание, осмысление объекта рефлексивного отношения, в нашем случае - научного познания, рефлексия не тождественна пониманию. И в то же время рефлексия невозможна без понимания. Рефлексия, как самосознание, самопознание позволяет сохранить целостность научной деятельности, предохраняет ее от распада на отдельные изолированные системы, особенно в переломные эпохи, связанные с революциями в мышлении, переходами от парадигмы к парадигме, от одной картины мира, концептуальной системы к другой.
Связь рефлексии и понимания видится в том, что сама рефлексия в историческом плане, в историческом развитии проходит ряд стадий, например, описательный этап, объяснительный, классификационный и этап понимания. Да и само возникновение науки как особого вида познания становится возможным на той стадии, когда сформировалась специализированная деятельность по критическому осмыслению результатов, процесса, средств исследования и управления, т.е. когда сложилась достаточно развитая рефлексивная система. Поскольку понимание, в свою очередь, предполагает диалог субъектов научной деятельности, постольку рефлексия включает также понимание, осмысление процессов коммуникации как внутринаучной, так и коммуникации между наукой и культурой.
Среди необходимых структурных элементов, условий эффективного осуществления процессов коммуникативного взаимодействия субъектов деятельности выделяются знаковый контекст, ценностные структуры социокультурного бытия, психологические характеристики процесса общения и, разумеется, состояние понимания, которое возникает или не возникает в ходе коммуникации. Но такое понимание и соответственно коммуникация невозможны без рефлексии, осмысления как своей собственной научной деятельности, так и сущностных черт научного познания вообще, а также конкретной ситуации общения. Тем самым рефлексия осуществляется в контексте взаимодействия личностных, индивидуальных смыслов и социальных значений, в ситуации «погруженности» в культуру, происходит как взаимодействие форм индивидуальной и надындивидуальной рефлексии.
Кроме рассмотрения общих характеристик рефлексии в их соотношении с широким социокультурным фоном научной деятельности, совокупностью разного рода условий и предпосылок научного познания необходим анализ конкретных форм рефлексии, непосредственно участвующих в процессе функционирования и развития научного исследования, науки. Так, выделение внешних и внутренних форм рефлексии позволяет, с одной стороны, детально исследовать предметный уровень познания, непосредственно связанный с исследованием объекта, решением познавательных задач, с другой стороны, на основе анализа метапредметных форм рефлексии (метатеоретической, метаэмпирической, метанаучной) понять общие закономерности функционирования и развития научного познания, а также возможности соотнесения, связи познавательного процесса в науке с широкими мировоззренческими, философскими и социокультурными условиями научной деятельности.