Для рассмотрения заявления М.Д. Рюмина Политбюро ЦК ВКП(б) 4 июля 1951 г. назначило специальную комиссию в составе Г.М. Маленкова, Л.П. Берии, М.Ф. Шкирятова и С.Д. Игнатьева87 (заведующий отделом партийных, профсоюзных и комсомольских органов ЦК ВКП(б). Именно он станет министром госбезопасности, а также непосредственным "куратором" первого этапа следствия по делу Абакумова). В этот же день Абакумов был отстранен от исполнения обязанностей министра.
Обвинения Абакумову были аналогичны обвинениям, предъявлявшимся шестью годами ранее им самим Меркулову.
По итогам "проверки" заявления Рюмина 11 июля Политбюро ЦК ВКП(б) приняло решение «О неблагополучном положении в МГБ», в котором Абакумову инкриминировались «обман партии», затягивание следственных дел, злоупотребления властью. Этим же постановлением исполняющим обязанности министра был назначен С.Д. Игнатьев, 9 августа 1951 г. утвержденный в этой должности.
12 июля Абакумов был арестован. За этим ожидаемо последовал также арест ряда "выдвиженцев" опального министра. Позднее к обвинениям в адрес бывшего министра присоединилось еще и «участие в сионистском заговоре в МГБ», что вызвало новые аресты действующих и бывших сотрудников органов госбезопасности.
Однако данные новости, даже руководящим составом министерства, не обсуждались, и не только по этическим соображениям.
Следует подчеркнуть, что, несмотря на применявшиеся к нему жесткие и изощренные способы "выбивания" нужных показаний – была арестована жена и их трехмесячный сын Игорь, применение недопустимых методов ведения следствия (многодневный холодный карцер, длительное заковывание в кандалы), Виктор Семенович не оговорил на допросах никого из своих арестованных подчиненных – не будет преувеличением сказать, что своим мужественным поведением он сохранил им не только свободу, но и жизнь (почти все из них были освобождены, со снятием обвинений, в марте-апреле 1953 г.).
Несмотря на серьезные изменения политических условий в стране, В.С. Абакумов – находился под следствием 41 месяц, и за это время сменилось 4 министра-"куратора" его дела – С.Д. Игнатьев, Л.П. Берия, С.Н. Круглов, И.А. Серов, что уже само по себе наводит на мысль о его политическом "заказе".
19 декабря 1954 г. в Ленинградском окружном доме офицеров на выездном заседании Военной коллегией Верховного Суда СССР В.С. Абакумов был осужден к высшей мере наказания88.
На наш взгляд, следует подчеркнуть, что в декабре 1997 г. Главной военной прокуратурой Российской Федерации Абакумов был реабилитирован по части инкриминировавшихся ему деяний: измена Родине, участие «в сионистском заговоре», затягивании следственных дел. Но, в тоже время, он не был реабилитирован по обвинениям в нарушениях социалистической законности, в частности – фальсификации так называемых дел "авиаторов" (1946), "Еврейского антифашистского факультета" (1948), "Ленинградского дела" (1949). Однако большинство современных исследователей придерживаются мнения о том, что инициатива появления этих "дел" принадлежала "Инстанции", то есть высшему советскому руководству, в руках которого Абакумов оказался и послушным исполнителем, и заложником своего положения одновременно.
Бывший руководитель Департамента военной контрразведки ФСБ России А.Г. Безверхний, говоря об Абакумове, отмечал, что было бы неправильным писать его портрет только одной краской, белой или черной. Это сложная, противоречивая личность, которую невозможно оценить одномерно.
За годы службы в органах безопасности В.С. Абакумов был награжден тремя орденами Красного Знамени (1940, 1944, 1948), орденом Суворова I степени (1944), орденом Кутузова I степени (1945), орденом Суворова II степени (1944), орденом Красной Звезды (1944), медалями "За оборону Москвы", "За оборону Сталинграда", "За оборону Кавказа", "За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941 – 1945 гг.", нагрудным знаком "Почетный работник ВЧК – ОГПУ (XV)" (1938). Указом Президиума Верховного Совета СССР от 14 ноября 1955 г. он был лишен воинского звания генерал-полковника и указанных правительственных наград.
В постановлении Президиума Верховного Суда Российской Федерации от 17 декабря 1997 г., еще раз рассмотревшего вопрос квалификации инкриминировавшихся Абакумову деяний, отмечалось: " Как видно из материалов уголовного дела, Абакумов, Леонов, Лихачёв, Комаров и Броверман признаны виновными в том, что, будучи ответственными должностными лицами Министерства государственной безопасности СССР, в течение длительного времени систематически злоупотребляли властью, что выразилось в фальсификации уголовных дел и применении незаконных мер физического воздействия при производстве предварительного следствия. Указанные нарушения повлекли за собой особо тяжкие последствия – привлечение к уголовной ответственности многих невиновных граждан. В частности, Абакумов, находясь на руководящей работе в органах государственной безопасности, выискивал малозначительные материалы на отдельных ответственных работников партийного и советского аппарата, арестовывал их, а затем применял недопустимые и строжайше запрещенные действующим законодательством методы следствия, вместе со своими подчиненными добивался от арестованных вымышленных показаний о якобы совершённых ими особо опасных контрреволюционных преступлениях".
Необходимо подчеркнуть, что и от министра Игнатьева "инстанциями" также требовалось добиваться "полного раскаяния" обвиняемых, в связи с чем практика нарушения социалистической законности, применения недопустимых методов ведения следствия не была преодолена полностью. Несмотря на то, что Игнатьев не привлекался к партийной или дисциплинарной ответственности, в официальном некрологе в связи с его кончиной, опубликованном в "Правде", отмечалось "в эти годы в практике деятельности МГБ продолжалась фальсификация уголовных дел, наиболее известным из которых являлось "дело врачей"…
В подготовленной для И.В. Сталина в ноябре 1952 г. заместителем министра госбезопасности С.А. Гоглидзе докладной записке «О положении дел в МГБ» подчеркивалось: «требуемого улучшения работы органов государственной безопасности не произошло», и подчеркивалась необходимость «коренной перестройки агентурно-оперативной работы». При этом Гоглидзе информировал Сталина, что с 1 июля 1951 по 1 июля 1952 г. были освобождены от занимаемых должностей «как не справлявшиеся с работой» 1 583 сотрудника, а также уволены из органов МГБ «за нарушение дисциплины», «советской законности», «злоупотребление служебным положением» и «морально-бытовое разложение» еще свыше 3 тысяч человек, в том числе 500 сотрудников центрального аппарата министерства89.
Вопрос «о положении дел в МГБ СССР» рассматривался на заседании Президиума ЦК Коммунистической партии Советского Союза90 1 декабря 1952 г., и в качестве «важнейшей и неотложной задачи» было сформулировано требование об усилении контроля республиканских, краевых и областных партийных комитетов за работой органов госбезопасности.
В направленном в республиканские, краевые и областные партийные комитеты КПСС совершенно секретном Постановлении ЦК «О положении в МГБ» от 4 декабря 1952 г. подчеркивалось:
«…Считать важнейшей и неотложной задачей партии, руководящих партийных органов, партийных организаций осуществление контроля за работой органов министерства государственной безопасности. Необходимо решительно покончить с бесконтрольностью в деятельности органов МГБ и поставить их работу в центре и на местах под систематический и постоянный контроль партии, ее руководящих партийных органов, партийных организаций…». В нем также подчеркивалось, что «первые секретари обкомов, крайкомов партии и ЦК компартий союзных республик обязаны интересоваться агентурной работой органов МГБ…», а Бюро Президиума ЦК поручалось «провести мероприятия по обеспечению постоянного контроля со стороны ЦК КПСС за работой министерства государственной безопасности СССР и по значительному укреплению [его] центрального аппарата»91.
