В начале 1860-х годов Афанасий Прокопьевич Щапов, родившийся в Иркутской губернии в семье русского и бурятки, выдвинул свой проект децентрализации России. Каждой области следовало предоставить самоуправление посредством земских советов, а главным органом демократической федерации должен был стать земский собор. В эти же годы украинские интеллектуалы тоже разрабатывали идею превращения России в федерацию. Вдохновленные этими идеями Серафим Серафимович Шашков (учившийся у Щапова), Николай Михайлович Ядринцев, Григорий Николаевич Потанин и другие сибиряки, посещавшие Петербургский университет, сформулировали концепцию Сибири как колонии Европейской России, выступив за ее широкую автономию или даже независимость. Нераспространение на Сибирь земского самоуправления, введенного в части Европейской России в 1864 году, способствовало консолидации их взглядов. Подобно украинскому движению, сибирский «сепаратизм» в скором времени подвергся репрессиям: в 1868 году Ядринцев был приговорен к тюремному заключению, а Потанин отправлен на каторгу. Но сибирский регионализм (областничество) выжил, превратившись в подобие политической программы, подразумевавшей введение в Сибири земского самоуправления, создание здесь учреждений высшего образования, прекращение ссылки в Сибирь и предоставление региону экономической и правовой автономии. Кроме того, сибирские областники призывали уделить внимание проблемам коренного населения Сибири, а Владимир Ильич Иохельсон, Владимир Германович Богораз, Лев Яковлевич Штернберг, Бронислав Пилсудский и другие ссыльные встали у истоков сибирской этнографии[26].

Хотя открытие Томского университета в 1878 году можно интерпретировать как уступку сибирским интеллектуалам, высшее образование к востоку от Байкала появилось благодаря экспансионизму Петербурга. Владивостокский Восточный институт, основанный с целью укрепления влияния России в Восточной Азии путем обучения языкам и проведения научных исследований, в скором времени стал важнейшим центром востоковедения, в котором преподавали выдающиеся китаисты (Аполлинарий Васильевич Рудаков), японисты (Евгений Генрихович Спальвин), корееведы (Григорий Владимирович Подставин), а также монголоведы и тибетологи (Алексей Матвеевич Позднеев), в большинстве своем раньше работавшие в Петербургском университете. Многие из этих ученых представляли прогрессивное течение в имперской науке, выступая за погружение в языковые среды и привлекая носителей иностранных языков в качестве учителей, информантов и участников исследований. Бурят Гомбожаб Цыбиков, заведовавший кафедрой монгольской словесности во Владивостокском институте, стал одним из первых инородцев, занявших такую должность. Но существующие иерархии никуда не делись. Цыбен Жамцарано, Базар Барадин и другие выдающиеся бурятские ученые, несмотря на активное участие в полевых исследованиях и преподавании, не могли надеяться на аналогичные посты до 1917 года. Более того, даже ученые-прогрессисты глядели на мир с европоцентричной точки зрения. В 1900 году Спальвин, восхищаясь достижениями Японии, вместе с тем указывал на нехватку творческого начала у японцев, утверждая, что они просто подражают Европе, подобно тому как раньше подражали Китаю[27].

Джон Дж. Стефан, проводя аналогию с сибирскими областниками, видел в образованном слое приамурского общества «заамурцев» или проторегионалистов российского Дальнего Востока. Действительно, многие из них критиковали политику правительства как наносящую вред региону, но единства среди них не было. Тем не менее учреждение местных исследовательских организаций способствовало территориальной концептуализации Забайкалья и Приамурского края. Общество изучения Амурского края (Владивосток, 1884 г.) и Приамурский отдел Императорского Русского географического общества (ИРГО) (Хабаровск, 1894 г.), музеи и библиотеки в городах к востоку от Байкала, финансировавшие экспедиции, публиковавшие исследования и служившие местом для дискуссий, помогли включить регион в научное пространство Российской империи. Многие ученые занимались как естественными, так и социальными науками. Например, доктор Николай Васильевич Кирилов, один из основателей Читинского подотдела Приамурского отдела ИРГО, писал о вопросах здравоохранения среди бурят. Владимир Клавдиевич Арсеньев изучал географию региона и вместе с тем занимался этнографическими исследованиями, критикуя государственную политику в отношении коренного населения и указывая на примеры долгового рабства, разорительной торговли и других способов эксплуатации инородцев, к которым прибегали китайцы в Южно-Уссурийском крае[28].

Впрочем, и социальное положение китайцев было неблагоприятным. Иерархия групп населения в регионе была одновременно следствием внутриимперского неравенства разных этнических, религиозных и социальных категорий, а также межимперского дискурса, связанного с дальневосточным вопросом, выдвигавшим на передний план конкуренцию между «расами». Потенциальная роль «желтого труда» в мировой экономике представлялась очень важной, но вместе с тем, по мнению многих современников, «желтая опасность» европейской цивилизации требовала европеизации Азиатско-Тихоокеанского региона[29]. Тенденция к «национализации» (переходу от династического государственного образования к национальному государству), набиравшая обороты в Российской империи начиная со второй половины XIX века, а также мировой империализм подталкивали правительство к политике русификации и христианизации. Впрочем, несмотря на общую принадлежность китайцев, корейцев и японцев к «желтой расе», российские чиновники относились к ним по-разному. За исключением антикорейски настроенного Павла Федоровича Унтербергера, губернатора Приморской области в 1888–1897 годах и приамурского генерал-губернатора в 1905–1910 годах, большинство чиновников лучше относились к корейцам, чем к китайцам. Местные власти, ссылаясь на лучшую интегрированность корейцев в жизнь империи, позволили им в 1890-е годы массово перейти в российское подданство. В то же время многие корейцы селились вдоль границы, что вызывало тревогу у ряда чиновников. Регулярно звучали предложения ограничить корейскую иммиграцию и переселить корейцев подальше от границы[30].

Китайцев периодически воспринимали как представителей враждебного государства. В соответствии с Айгунским договором китайские жители Приморской области сохранили Цинское подданство, и это сыграло свою роль в так называемой «манзовской войне» 1867–1868 годов, начавшейся с попыток взять под контроль экономическую деятельность китайских старателей и переросшей в китайское восстание против России. После этого конфликта администрация стремилась установить контроль над китайцами, что, в частности, привело к их массовой регистрации в 1880-е годы. В 1900 году, когда Россия принимала участие в подавлении антиимпериалистического Ихэтуаньского восстания (1899–1901 гг.), несколько тысяч китайцев были убиты в Амурской области. После бомбардировки Благовещенска китайскими войсками и российской оккупации правого берега Амура военный губернатор Амурской области Константин Николаевич Грибский приказал выселить всех китайцев на другой берег реки. Русская армия и поселенцы-казаки (в том числе и дети) загнали в Амур порядка 4 тысяч китайцев; тех, кто шел слишком медленно или пытался избежать верной смерти в воде, хлестали нагайками, рубили саблями, в них стреляли; до правого берега добрались не более 100 человек. В следующие дни подобным же образом были убиты еще несколько сотен китайцев. Хотя были люди, осуждавшие власти за подобные действия, широкого общественного резонанса благовещенская резня не вызвала[31].

Дискурс «желтой опасности» присутствовал в российской и международной прессе и во время Русско-японской войны. Параллельно с этим в европейской прессе существовал и мотив принятия Японии как нового современного государства и восхищения тем, с какой скоростью были достигнуты такие успехи, в то время как России порой отказывали в праве считаться частью Европы. Хотя в российской пропаганде Японию принижали, Русско-японская война стала крупнейшим поражением петербургской внешней политики со времен Крымской войны. Дальневосточное наместничество не пережило эту войну. Алексеев, главнокомандующий российской армией в регионе на начало войны, был в 1905 году освобожден от должности. Русско-японская война стала одной из причин Первой русской революции и обозначила начало кризиса империи, в конечном счете приведшего к ее падению. Хотя 1 мая 1904 года по причине войны режим порто-франко был возобновлен, война и революция привели к увеличению государственного присутствия в регионе. В 1904 году в Приморской области было введено военное положение, а в 1905 году за ней последовала и Амурская область. Но, несмотря на это, контроль государственной власти едва ли распространялся за пределы городов и железной дороги[32].