Дальнейшее развитие Bf.109 сопровождалось преимущественно наращиванием мощности двигателя и вооружения. Установка 1475-сильного мотора DB-605A увеличила скорость истребителя модификации Bf.109G («Густав») до 650 км/ч. Серия Bf.109G-6 получила 30-мм пушку MK 103, кроме того, применялись комбинации вооружения, предусматривающие установку дополнительно пары 20-мм пушек MG 151 или 30-мм MK 103 в подкрыльевых обтекателях. Для кратковременного повышения мощности двигателя дополнительно применялись системы форсажа – MW-50 (впрыск водометаноловой смеси) на малых и средних высотах и GM-1 (впрыск закиси азота) на высотах 8000—10 000 м, позволявших получить кратковременный прирост скорости до 50 км/ч. А облегченная версия «охотника» – Bf.109G-14 – имела вес менее 2.9 т и незначительно уступала в маневренности и предыдущим модификациям «Мессершмитта», и современным ему самолетам союзников.
Последняя серия «109-го» – Bf.109K – появилась уже в сентябре 1944 года. «Курфюрст» отличался новым высоким капотом, удлиненным коком и видоизменнным «фонарем Галланда», унаследовав от Bf.109G-10 увеличенный киль, обтекатели ниш шасси и колеса большего размера для повышения устойчивости при взлете и посадке. Только в 1944 году истребитель наконец-то получил створки, полностью закрывающие убранное шасси. Оснащенный двигателем DB-605ASCM мощностью 2000 л.с. самолет развивал на высоте 8700 м скорость почти 700 км/ч. В комплект вооружения входила 30-мм пушка (MK 103 или МК 108) и либо два 13-мм пулемета, либо пара 15-мм пушек MG 151. При этом вес истребителя машины возрос до 3,4 тонны. Кроме того, для борьбы с «летающими крепостями» союзников была создана – правда в совсем незначительном количестве – субмодификация Bf.109K-6, которая имела пять огневых точек и несла дополнительно еще две 30-мм пушки в подкрыльевых гондолах. Вес самолета при этом достиг 3,6 тонны.
После капитуляции Германии самолет еще оставался в строю в ряде стран – до 1946 года в Болгарии, до 1948 года в Швейцарии и Финляндии. В Испании истребитель выпускался под наименованием НА-1109 «Buchon», сперва небольшой серией с двигателем «Испано-Сюиза», а затем под индексом НА-1112 с британским мотором «Rolls-Royce Merlin» и находился на вооружении испанских ВВС до 1963 года. Символично, что и первый прототип Bf.109 поднялся в сентябре 1935 года в воздух – по причине неготовности «родного» мотора – с двигателем «Роллс-Ройс Кестрел».
С 1947 по 1949 год под названием S.199 истребитель выпускался также в Чехословакии, причем часть машин была продана в 1948 году Израилю, где они стали первыми боевыми самолетами в истории израильских ВВС.
При всем вышесказанном стоит отметить, что хотя Bf.109 считается одним из лучших истребителей Второй мировой войны, он также не являлся безупречным и идеальным боевым самолетом. Вилли Мессершмитт создавал свой самолет, исходя из соображений минимальных размеров, веса и технологичности производства и обслуживания. Одним из следствий такого подхода стало, в частности, легкосъемное однолонжеронное крыло и шасси, крепящееся к центроплану фюзеляжа. Однако по мере ужесточения требований, необходимости установки более мощного двигателя и вооружения масса «пустого» самолета неуклонно возрастала, увеличившись с 1870 кг у «Эмиля» до 2,4–2,6 тонны у «Густава», а взлетный вес и вовсе перевалил за три тонны. Увеличение веса фактически на треть влекло за собой целый ряд последствий, негативно сказывающихся на эксплуатационных и боевых качествах. Так, шасси с узкой колеей, и без того делающее взлет и посадку непростой задачей, оказалось к тому же слишком слабым и служило причиной частых аварий. Однолонжеронное крыло, в котором пришлось дополнительно разместить радиаторы охлаждения, неудовлетворительно «работало на кручение», что делало самолет на высоких скоростях практически неуправляемым – причем этот недостаток отмечали даже советские испытатели еще на самолетах первых модификаций. оказавшихся в СССР. Специфика конструкции фюзеляжа не позволила кардинально изменить форму фонаря кабины, в итоге к концу войны Bf.109 оказался едва ли не единственным истребителем, сохранившим гаргрот и не обеспечивающим летчику удовлетворительный обзор задней полусферы. По тем же причинам – предельной компактности конструкции – не было возможности увеличения объема бензобаков, из чего следовал небольшой радиус действия, а необходимость использования подвесных баков не лучшим образом влияла на боевые качества. Изначально недостаточной была мощность вооружения. С одной стороны, комбинация из одной-двух пушек и пары пулеметов применялась и на других истребителях, в частности на советских истребителях Яковлева, но в отличие от истребителей ВВС РККА летчикам люфтваффе приходилось иметь дело с тяжелыми бомбардировщиками союзников. Эксперименты с вариантами вооружения приводили к появлению бесчисленного количества субмодификаций, а оборудование дополнительных огневых точек отрицательно влияло на нагрузку на крыло и аэродинамику. По мнению ряда немецких пилотов, уже поступивший на вооружение в 1942 году Bf.109G, превосходящий предыдущие модификации в скорости и огневой мощи, в то же время уступал им в управляемости и маневренности
Тем не менее «Мессершмитт» Bf.109 на протяжении всей войны являлся основным истребителем люфтваффе. На Bf.109 летало большинство лучших немецких асов («еxperte» – «экспертов», как их называли в люфтваффе) – Адольф Галанд (113 сбитых самолета противника), Вернер Мелдерс (115), Йоханес Штайнхофф (176), Ганс-Йоахим Марсей (158), Герхард Баркхорн (301), Гюнтер Ралль (275), Вальтер Новотны (258), Вильгельм Мориц (44), Хельмут Лент (113), а также самый результативный из летчиков-истребителей Второй мировой войны – кавалер Рыцарского креста с дубовыми листьями, мечами и бриллиантами Эрик Хартманн, на счету которого официально числится 352 воздушных победы.
Впрочем, определенные попытки создать новый истребитель конструкторы Мессершмитта все же предпринимали. Так, в ноябре 1943 года первый полет совершил опытный прототип Ме.209V5. Согласно замыслу, новый истребитель должен был быть на 65 % унифицирован с Bf.109G, однако в процессе разработки в конструкцию было внесено гораздо большее число изменений. Новый самолет получил киль увеличенного размера, полностью новое крыло и шасси, убираемое теперь «внутрь» к линии симметрии, и увеличенный капот в связи с установкой имеющего большие габариты двигателя (DB-603 или Jumo-213). Предусматривались различные комбинации вооружения – от сочетания 20-мм мотор-пушки MG 151/20 и двух 13-мм пулеметов до установки 30-мм MK 103 и двух MG 151/20. Самолету был присвоен индекс Ме.209А, доставшийся «по наследству» от рекордной машины Ме.209, с которой, впрочем, новый истребитель не имел ничего общего. Самолет развивал скорость до 660 км/ч (с применением системы MW-50 – до 740 км/ч).
Однако несмотря на обнадеживающие испытательные полеты, работа над самолетом – как и над более высотным его вариантом Me.209H – была в середине 1944 года прекращена.
Не дошел до серийного выпуска и созданный в середине 1942 года истребитель Me.309. В конструкции самолета имелся целый ряд новшеств – носовая стойка шасси, гермокабина с новым фонарем, обеспечивающим круговой обзор, радиатор переменной площади сечения, реверсный воздушный винт. Истребитель нес чрезвычайно мощное вооружение – две 30-мм и две 20-мм пушки и четыре 13-мм пулемета. Однако при этом он уступал в маневренности Bf.109G и лишь незначительно превосходил в скорости, при этом будучи существенно сложнее в управлении.
Следующий серийный самолет В. Мессершмитта стал воплощением популярной в Европе 1930-х годов концепции «стратегического истребителя», причем стоит отметить – одним из наиболее удачных. Правда, требованиям, утвержденным лично рейхсмаршалом Г. Герингом к программе «Kampfzerstorer» («Боевой уничтожитель») проект Мессершмитта соответствовал лишь отчасти. Будущий «воздушный крейсер» люфтваффе должен был как выполнять задачи, присущие истребительной авиации – по расчистке воздушного пространства над вражеской территорией и сопровождению своих бомбардировщиков и перехвату бомбардировщиков противника, – так и обладать способностью самостоятельно наносить удары по наземным объектам. При этом требования к машине выдвигались лишь самого общего характера: конструктивно новый самолет должен был представлять собой двухмоторный цельнометаллический трехместный моноплан, имеющий пушечное вооружение и оснащенный бомбоотсеком.
