При этом монастыри различались между собой по своей зависимости от высших властей, по значению своих настоятелей, по взаимному отношению друг к другу, по внутреннему устройству. Все русские монастыри, по законам Церкви, находились в зависимости от своих епархиальных архиереев. Некоторые монастыри в непосредственной зависимости от князей. Были монастыри, принадлежащие непосредственно русским митрополитам (например Чудов- московский). Управлялись монастыри одни Игуменами, другие Архимандритами. В числе монастырей большая часть была самостоятельные, не зависевшие от других монастырей, и были несамостоятельные, приписные к другим. [15,т 4., c.211-212].
Важное значение в жизни монашествующих имели правила внутренней жизни Обители. Внутренняя жизнь монастырей определялась соборными правилами, наставлениями и правилами древних святых Отцов: Василия Великого, Ефрема Сирина, Иоанна Лествичника, Феодора Студита и других, житиями святых угодников, преданием строителей, наставлениями игуменов, различными поучениями и посланиями, уставными грамотами епископов или митрополитов и, наконец, Уставами. Подробные письменные уставы для монастырей, на основании существовавших отдельных правил и грамот, стали появляться, как отмечает А.П. Доброклонский, только с XVв. [16, c.243].
Главным, как уже было отмечено выше, было разделение обителей на общежительные и необщежительные. «По внутреннему устройству монастыри наши разделялись на общежительные и необщежительные. К последнему классу принадлежала большая часть монастырей, особенно мелких, в области новгородской: в них иноки сходились вместе только на церковные службы и более не имели ничего общего. Каждый сам заботился о себе и своей келье, и о пище и об одежде, особо держал правило в своей келье и в ней же трапезовал». [17,т 4., c.214].
Монастыри, особенно крупные монастыри, на Руси обладали и немалыми правами, которые закреплялись жалованными грамотами. Жалованные грамоты излагали права и привилегии, предоставлявшиеся монастырям. Права эти могли быть следующими: «Право владеть недвижимыми имуществами и, в частности, землями, ненаселенными или населенными; Право приглашать людей на свои земли для заселения их; Право пользование оброками и вообще повинностями от своих поселян и доходами с своих владений; Право тарханное, освобождающее монастырских поселян и владения от оброков и повинностей казенных или княжеских; Право суда над своими монастырскими людьми и неподсудности этих последних судам гражданским. Как правило, «Опроче душегубства» или «Опроче татьбы и разбоя и душегубства». [18, Т. 5. Кн. II. с.44-69].
Строителями монастырей были князья, княгини, митрополиты и епископы, богатые миряне и большей частью сами монахи. Цели и побуждения их при основании монастырей были различны. Одни- особенно князья- воздвигали их как монументы, на память о своем роде; другие- как центры миссионерской деятельности между окрестными инородцами, третьи- как приют для тех, кто под старость хочет под старость принять монашество, или как место, где можно перед смертью принять пострижение, иные- в воспоминание об особенных событиях, как, например, победа, явление чудотворных икон (Тихвинский Успенский- в память явления иконы Тихвинской Божией Матери) и т.п., иные- по обету- в изъявление благодарности Богу за полученную милость, иные- для того, чтобы в своем монастыре ввести по своему желанию то или иное устройство, большинство же- по чувству благочестия, чтобы себе найти и другим дать приют для монашеских подвигов. [19, c.241].
К середине XVI века на Руси было свыше четырехсот обителей, многие из которых были основаны в землях Великого Новгорода. «В погостах, более отдаленных от Новгорода и близких к нынешнему городу Тихвину, равно как в самом Тихвине, существовали монастыри: Спасский на реке Пиможве в Петровском погосте, получавший ругу на восемь человек братии; Стефановский Середокороткий на той же реке в Николаевском погосте, получавший ругу на 22 человека; Троицкий на реке Ругуе в Воскресенском Липецком погосте, съ десятью келиями, из которых пять были пусты; Спасский на озере Оксуе или Оксуйская пустынь; Тихвинский Успенский, основанный, по повелению царя Иоанна Васильевича, в 1560 году на месте явления тихвинской чудотворной иконы Богоматери, и вмещавший в себе в 1582 году сорок человек братии, в том числе трёх иеромонахов и двух иеродиаконов; Тихвинский Введенский- девичий, получавший ругу на игумению и десять стариц; Тихвинский Николаевский, старая пустынь близ Тихвина, получавший ругу на 17 человек; Тихвинский Николаевский, новая пустынь, получавший ругу на 7 человек; наконец Троицкий въ новой пустыни на Тихвинской дороге, получавший ругу на игумена и 10-ть братий. Впрочем этот последний монастырь был едва ли не один и тотъ же с Троицким монастырем на реке Ругуе». [20, Т. 6 Кн.I. с.35]
(РУГА ж. Руга (новогрчс. или от корня ружить, вооружать, снабжать?) церковная земля и угодья, отведенные на содержанье всего причта; годичное содержанье попу и причту от прихода, деньгами, хлебом и припасами, по уговору или по положенью. Ныне руга, ружное ср. именно плата причту, особ. безземельному, в виде жалованья, и помощь хлебом от прихожан; но в вор. ругою зовут и пустошь, леваду, ненаселенную землю в частном владении. Ружная церковь, без земли, на руге. Ружная грамота, стар. жалующая ругою. Ружный приговор, мирской, о наделении причта ругой. Руговые, ружные земли. Ружник м. получающий ругу, состоящий на руге. Ружить кого, стар. оделять ругою. Ружничий прилаг. стар. ружный. Толковый словарь живого великорусского языка Владимира Даля).
Следует отметить, что строгое разделение на мужские и женские обители произошло не сразу. «Много было у нас монастырей мужеских, несравненно менее- женских, но были и монастыри мужеско-женские, а равно и такие женские, которые, по крайней мере, управлялись не игумениями а игуменами». [21, Т. 6 Кн.I. т.36].
Московский собор 1503 года по этому поводу постановил: «впредь чернецам и черницам в одних монастырях не жить; если в каком монастыре начнут жить чернецы, там служить игумену, а черницам в том монастыре не жить; если же в каком монастыре начнут жить черницы, там служить попам- бельцам, а чернецам в том монастыре не жить». [22, Т.IV, c.122-123].
На Стоглавом соборе (1551г.) к этой проблеме пришлось вернуться вновь. Царь Иоанн Васильевич указывал отцам (гл.5 вопр.37) что в иных монастырях чернецы и черницы живут вместе- и собор вновь подтвердил приведенное нами выше правило Собора 1503 года. Во исполнение этого требования Стоглавого Собора в 1560 году, повелением государя Иоанна IV, на месте монашеского поселения у Успенского собора в Тихвине, были основаны отдельные мужской Успенский и женский Введенский монастыри.
Как отмечает митрополит Макарий, в течение XV-XVIвв. для содержания монастырей источниками были: «Доходы с недвижимых имуществ: источник главный и нам уже известный; Денежные вклады и пожертвования за поминовение живых и умерших; Этого рода вклады в монастыри хотя не были так обыкновенны и многочисленны, как вклады землями, селами и вообще недвижимыми имуществами, но в некоторых монастырях достигали значительной величины. Самые большие денежные вклады поступали в монастыри от великих князей или, точнее, от великого князя Ивана Васильевича IV, в продолжительный период его царствования. Вслед за государями великими князьями делали в монастыри денежные вклады «… государыни великие княгини…и их дети…равно и другие князья и княгини, бояре и служилые люди , архиереи, настоятели и простые монахи и вообще люди всех званий и состояний. Пожертвования хлебом и разными другими вещами; Торговля, таможенные и пятенные пошлины. Руга. Приношения христиан, приходивших в Монастыри на богомолье». [23, Т. VIII Кн. III. с. 284].
В 1589 году, в царствование Феодора Иоанновича, произошло важнейшее событие в истории Русской Церкви- «генваря 26-го совершилось в Успенском соборе и постановление Иова в патриарха». [24, Т. X, Кн. I, с.34].
При этом в церковном управлении и суде не произошло существенных перемен- патриарху была передана та же самая власть, какую прежде имел митрополит.