Княжеской лютеровской реформации Цвингли противопоставил республиканское устройство своей церкви. В отличии от М. Лютера, разграничившего духовную и светскую сферы (учение о духовном и светском порядках), Цвингли признавал роль "божественной справедливости" и в мирской жизни, а также возможность, а при определенных условиях и необходимость политических и социальных перемен. Обязанность их осуществлять он возлагал на светскую власть. Проповедники - светские лица, руководители общин выбираются прихожанами, а церковь в целом подчиняется выборным властям магистрату г. Цюриха. Жизнь общины и нравы ее членов строго регламентировались, нередко в соответствии с суровыми ветхозаветными предписаниями. Нерабочими днями объявлялись лишь воскресенья и предназначались не для безделья, а для молитвы и воспитания детей в духе благонравия и истинной веры. Необходимость государства и законов Цвингли выводил из догмата о первородном грехе. Светские власти и законы созданы по Божьей воле для пресечения пороков и преступлений. Следуя политическим взглядам Аристотеля, он лучшей формой государства считал аристократическую. Политический строй в Цюрихе обретал теократический характер. Отсюда более радикальными оказались и его социально-политические воззрения, отражавшие специфические швейцарские черты реформации. Исходным тезисом его социально-экономического и этического учения был такой тезис: все, чем владеют люди, в том числе и богатство, есть милость Божья, и надо уметь этим благочестиво распоряжаться. Цюрихский реформатор отстаивал мелкую собственность, резко отрицательно относился к военному наемничеству, ростовщичеству и крепостничеству. Идеалом его был скорее патриархальный социально-экономический уклад, хотя будущее Швейцарии он видел в централизованном государстве, находящемся под гегемонией Цюриха. Цвингли проявил себя как убежденный и решительный республиканец. Заявляя о том, что светская власть должна опираться на "божественные законы", он оставлял за народом право не повиноваться власти, если она попирала эти законы и становилась тиранической. Евангелие Христа не направлено против власти, а, наоборот, служит ее укреплению, наставляет на путь истинный и объединяет с народом "до тех пор, пока власть действует по-христиански", т. е. не вступает в противоречия с принципами евангелизма. Тираны могут быть смещены, но не путем восстания, а на основе единодушного согласия всего народа. Покорность тиранам есть грех перед Богом. Цвингли призывал возвратиться к чистоте нравов и простоте жизни "доброго старого времени", к обособленности цюрихской общины. В 1522г. он отказывается от сана священника, вступает в брак и вскоре открыто порывает с католицизмом. На диспуте 1523г. он наносит сокрушительное поражение своим оппонентам-католикам и, опираясь на свои "67тезисов" (1522), начинает осуществлять реформу церковного и политического устройства в Цюрихе. Были закрыты монастыри и секуляризовано церковно-монастырское имущество в пределах кантона. Повинности бывших монастырских крестьян сохранились, но использовались для нужд городской благотворительности и образования, переданных в руки светских властей. В 1524г. из церквей были удалены иконы и мощи святых. Прекратилось служение мессы, введено причащение под обоими видами для мирян. Решительно были запрещены ростовщичество, военное наемничество и получение пенсий от иностранных монархов. Новая церковная организация стала подчиняться городскому магистрату, а патрициат и дворянство вытеснялись из городского управления (вместо олигархического Малого Совета стал править Большой Совет, где доминировали цехи). Было также введено богослужение на немецком языке и проведена секуляризация церковного имущества. Евангелические реформаторы организовали культ еще более просто, чем Лютер. Тот сохранял орган и пение, статуи, а цвинглианцы упраздняли все. Церковь сводилась к кафедре, с которой говорит проповедник, церковное богослужение - к проповеди и совместной молитве. Вокруг секуляризации церковного имущества разгорелась настолько безобразная спекуляция, что городской совет Цюриха в 1528г. издал даже особое постановление с целью унять горожан, занявшихся бойкой перепродажей церковной утвари и предметов культа.
Реформация в Цюрихе была завершена в основном в 1524-25гг., а вскоре цвинглианство распространилось и победило в Берне, Базеле, Шафгаузене, Гларусе, Золотурне, Биле и Санкт-Галлене, которые объединились с Цюрихом в союз евангелических кантонов(1527).
В 1529г. ландграф Филипп Гессенский и некоторые другие немецкие князья подняли вопрос о примирении цвинглианства и лютеранства с целью заключения союза против императора Карла V. Была устроена встреча Лютера и Цвингли в Марбурге. Переговоры шли тяжело и во время них Лютер прямо заявил: "Ваш дух и наш дух несогласны между собой".
Одним из естественных следствий цвинглианской реформации стало и крестьянское движение в кантоне. Еще в заключительном тезисе "67 тезисов" Цвингли заявил, что "готов вести свободное обсуждение с теми лицами, которые выдвигают вопросы относительно обоснованности чиншей, десятин, крещения детей и причащения", т. е. дал понять, что готов к диалогу с различными социальными силами и уступкам крестьянским антифеодальным требованиям. Но магистрат действовал осторожнее и потому порученную ему евангелическую реформу Цвингли выполнял частично и постепенно. Повинности бывших монастырских крестьян, как уже говорилось, сохранились, но использовались для нужд городской благотворительности и образования, переданных в руки светских властей, чем вбивался клин между крестьянством и городским плебсом. Особенностью реформации Цвингли было то, что вся реформа проходила под надзором и при деятельном участии городских властей, которым подчинялась церковная организация. Это приводило к единообразию культа и его принудительности для всех граждан. Церковь и государство сливались здесь воедино. Административные распоряжения городских властей носили религиозную окраску. Суровость и решительность действий городского совета в отношении военного наемничества привели к тому, что позиции городского патрициата и дворянства оказались сильно подорваны. Цвинглианцам решительную поддержку оказали ремесленные гильдии. Был реформирован городской магистрат. В 1524г. произошло два религиозных диспута, в которых победил Цвингли. Но выявились постепенно новые его противники. Это прежде всего анабаптисты ("перекрещенцы"), отвергавшие в знак протеста против церковных и государственных устоев установленное Римом крещение. Идейные истоки этого течения коренятся во взглядах У. Цвингли. Он, основываясь на том, что Священное Писание не дает основания для католических ритуалов и месс, предложил Городскому Совету Цюриха вместо месс соблюдать Вечерю Господню. Городской Совет выступил резко против и Цвингли отступил. Тем не менее некоторые его последователи протестовали против компромисса, поскольку, по их мнению, учение Священного Писания должно выполняться в жизни христианина независимо от одобрения светских властей и городского совета. Во главе этой группы встали Конрад Гребел (1495 - 1526) и Феликс Манц (1498 - 1527). Они вначале безуспешно пытались убедить Цвингли в непоследовательности, затем отошли от него. К. Гребел упрекал Цвингли в том, что тот ориентируется на имущие классы. Занявшись совместным глубоким исследованием Священного Писания, они пришли к выводу, что церковь, организованная по новозаветному образцу, может состоять только из возрожденных верующих и призывали давать крещение только в случае сознательного исповедания веры. Цвингли критиковал своего бывшего друга Ф. Манца и закончилось все тем, что последнего утопили в реке в Цюрихе. Обвинение в адрес Манца звучало так: "Потому что он, вопреки христианским обычаям и традициям, практиковал перекрещивание... и признался в желании собрать вместе тех, кто хотел принять Христа и следовать за ним, присоединив их к себе через крещение... Таким образом, и он сам и его последователи отделились от христианской церкви и основали свою собственную секту... Это учение приносит вред всему христианству, а также грозит восстанием и подстрекательством к мятежу против государства". () Цвингли резко осуждал покушения анабаптистов на собственность и утверждал, что обобществление имуществ есть нарушение заповеди "не укради".