Доктор Гааз изучил практику отправки на каторгу заключённых. Его, гуманиста и филантропа, возмутило такое отношение к осуждённым людям, и он обратился в Российский императорский тюремный комитет и к министру внутренних дел. Фёдор Петрович предложил заменить прут хотя бы цепью, чтобы люди могли более свободно себя чувствовать, и заявил о необходимости уменьшения веса кандалов. От тяжёлых, а кандалы весили 16 и 6 килограммов, заключённые сильно страдали, часто оковы стирали у людей кожу и мышцы до костей. Один из влиятельных российских вельмож пошутил, что металл при трении лишь согревает заключённых в движении, на что доктор Гааз порекомендовал ему самому несколько дней поносить кандалы и узнать, как они согревают…

Неоднократно Фёдор Петрович выступал в те годы за отмену кандалов. Но власти отказывались пойти на такие шаги. Тогда доктор Гааз сам неделю проносил ножные кандалы, а потом неделю ручные и в результате хотя и не пробил бюрократической стены, но всё же смог настоять, чтобы их вес значительно уменьшили. Кроме того, именно после его ходатайств и обращений кандалы начали изнутри отделывать кожей, чтобы они не наносили ущерба здоровью. Новые облегчённые кандалы каторжан вскоре были названы гаазовскими, и тысячи людей в России с благодарностью вспоминали доктора.

После открытия пересыльной тюрьмы на Воробьёвых горах главному тюремному врачу Москвы удалось создать там и тюремную больницу на 120 коек. Он лично обходил всех находящихся в ней пациентов, назначая им лекарства и процедуры. Доктор Гааз добился, чтобы и в мужском, и женском отделениях регулярно дежурили сиделки, чего до него не было в тюремных медицинских заведениях России.

Фёдор Петрович ежедневно работал по 10–12 часов и вынужден был переехать со временем на Воробьёвы горы, в здание больницы, где занимал две небольшие комнаты.

Он всё больше и больше уделял внимания помощи и благотворительности. Свой богатый дом в центре Москвы, усадьбу и фабрику, коллекцию картин доктор Гааз продал, использовав немало своих средств на поддержку каторжан и заключённых, а также на благотворительные цели по ремонту и строительству тюремных зданий.

Единственным, что он хранил из прежней своей жизни преуспевающего доктора, были копия картины Рафаэля «Мадонна», распятие, коллекция шкатулок и старый телескоп. Когда он возвращался поздно ночью в свою комнату, то, чтобы отвлечься и отдохнуть, мог часами наблюдать за звёздами с Воробьёвых гор.

Высокую сутулую фигуру в сюртуке с орденом на лацкане знала в те годы вся Москва. Одни горожане считали его чудаком, другие (и их было большинство) называли доктора святым и относились к нему с большим почтением.

Особым уважением он пользовался у заключённых и отправленных по этапу. От тюрьмы к тюрьме, от этапа к этапу передавались слухи и легенды о помощи и лечении замечательного доктора.

Однажды зимним вечером Фёдор Петрович спешил к очередному пациенту по одной из московских улиц. Зимой он носил внушительную тёплую шубу Неожиданно перед ним выросли фигуры грабителей, которые потребовали, чтобы он снял и отдал им дорогую шубу Доктор объяснил, что спешит к больному, но, когда освободится, он сможет отдать её, и назвал себя. Услышав имя доктора Гааза, бандиты бросились на колени, прося прощения, и проводили его до места, где жил больной пациент.

Одной из тюрем, которой врач уделял в то время много внимания, был Московский тюремный замок, позже названный Бутырской тюрьмой. Построенный в 70-е годы XVIII века, этот тюремный комплекс требовал ремонта. В нём отсутствовала канализация, зловонье и грязь поражали каждого, кто оказывался внутри и рядом с его стенами. В тюрьме был небольшой православный храм, который вмещал далеко не всех, и заключённые не всегда могли помолиться и исповедаться.

Все эти проблемы доктор Гааз поставил перед тюремным комитетом Москвы. Совместно с митрополитом Филаретом они добились, чтобы рядом с тюремной церковью были построены специальные комнаты, откуда заключённые могли наблюдать и слушать проповеди. По настоянию Фёдора Петровича в Бутырской тюрьме были открыты столярная, сапожная и переплётная мастерские. Во дворах тюремного комплекса были посажены тополя, для очищения воздуха. На всей территории были проведены необходимые дренажные работы, чтобы удалялась вода и грязь, и перед тюрьмой, и в её внутреннем пространстве были выложены мостовые.

Во время одного из своих визитов в Москву в Бутырскую тюрьму заехал император Николай I. Знакомясь с тюремным комплексом, кто-то из «доброжелателей» Гааза сообщил царю, что некоторые заключённые симулируют болезни, а доктор им потворствует. Император начал выговаривать свои замечания. Услышав строгий тон и царское недовольство, доктор Гааз неожиданно упал перед ним на колени. Император, довольный произведённым эффектом от своих слов, покровительственно произнёс: «Ну полно, полно, Фёдор Петрович, я вас прощаю…» На что доктор Гааз, к его изумлению, заявил: «Не за себя прошу, за этих пожилых заключённых. Они слишком стары, чтобы отбывать наказание. Помилуйте этих стариков и отпустите их». Император был растроган этими словами известного врача и приказал помиловать нескольких убелённых сединами узников.

Рядом с Бутырской тюрьмой Фёдор Петрович сумел организовать приют для детей, чьи родители оказались в тюрьме, и смог решить эту проблему с городскими властями, чтобы рядом в доме сдавались дешёвые квартиры для жен заключённых и действовала начальная школа.

Заботился Фёдор Петрович и о том, чтобы группы арестантов, выходящие на этап, проходя по Москве, могли где-то проститься с родственниками, отдохнуть и иметь какую-то еду. Ему удалось договориться с лесопромышленником Рахмановым и известным московским булочником Филипповым, чья булочная на Тверской была известна всей Москве. В районе нынешней площади Рогожской заставы в Таганском районе Москвы был построен дворик для встречи уходящих на этап каторжан и их родственников. Филлипов снабжал заключённых особыми калачами, которые пекли на соломе, из хорошего теста, и они долго не черствели. Сам доктор Гааз часто выходил на этап вместе с каторжанами и сопровождал их по Владимирскому тракту порой до района нынешней Балашихи.

Доктор Гааз говорил, что медицина – царица наук, считая, что её цель – изучение и забота о человеке. Он писал в своих работах, что здоровье человека должно быть главной задачей врача. В то же время знания доктора, положение врача должны вызывать доверие у пациентов и почтительность.

…Однажды в полицейскую больницу на Воробьёвых горах вместе с партией сирот солдатских сыновей и воспитанников приютов из Литвы попал больной мальчик. Фёдор Петрович вылечил его, мальчика крестили и дали ему имя Николай. Доктор Гааз помог ему закончить школу, и он успешно поступил на медицинский факультет Московского императорского университета. Николай Агапиевич Норшин стал хорошим врачом и одним из учеников доктора Гааза. Работая в Рязани, он часто писал Фёдору Петровичу, советуясь и обмениваясь медицинскими знаниями, случаями из практики и методами лечения. В одном из писем ученику доктор Гааз написал: «Самый верный путь к счастью не в желании быть счастливым, а в том, чтобы делать других счастливыми. Для этого нужно внимать нуждам людей, заботиться о них, не бояться труда, помогая им советом и делом, – словом, любить».

Встречаясь с молодыми коллегами, отвечая на их вопросы, Гааз не раз говорил, что основой профессиональной деятельности врача он считает неразрывную связь понятий долга, совести и христианского человеколюбия, и жил под девизом: «Спешите делать добро!»

Доктор Гааз умер 14 августа 1854 года. Когда его хоронили, на траурную процессию для прощания со «святым» доктором вышли 20 тысяч человек, и это из 170 тысяч тогдашних жителей Москвы. Похоронили Фёдора Петровича на Немецком кладбище (ныне Введенское). Там стоит памятник с крестом. Вскоре в ограде вокруг его могилы появились металлические кандалы в знак признательности тюремному врачу, который заботился о том, чтобы облегчить участь каторжан, и так много сделал для этого.