В Петербурге наряду с «разведочным отделением» Лаврова по японской линии стала действовать и агентура столичного охранного отделения. В конце весны 1904 года, по примеру военных руководство ДП приняло решение об учреждении в структуре  Особого Отдела ДП собственного специального контрразведывательного подразделения -«Совершенно секретного отделения дипломатической агентуры».

Его задачами были «розыск международного шпионства» и постановка  «наблюдения за пребывающими в столице представителями некоторых держав,  сочувствующих Японии». Идея получила поддержку Шефа жандармов – Министра внутренних дел В.К. Плеве.

С 1903 по 1910 годы Лавров в звании полковника возглавлял разведочное (контрразведывательное) отделение Главного управления Генштаба. Под его руководством отделение добилось значительных результатов в борьбе с военным шпионажем против Российской империи. Венцом работы Лаврова на посту начальника разведочного отделения стало разоблачение шпионской деятельности агента австро-венгерской разведки барона Унгерн-Штернберга.

В октябре 1902 года заведующим Особого отдела ДП был назначен Сергей Васильевич  Зубатов. В составе отдела он создал два «стола»: один – для руководства деятельностью охранных отделений, другой – для руководства службой НН. Первый возглавил Л.П. Меньщиков, а второй – Е.П. Медников. В результате реформы в руках С.В. Зубатова сосредоточились все нити политического сыска в России.

Зубатов разработал проект организации в главных городах России специальных оперативно-розыскных органов секретной полиции, так называемых «розыскных отделений». В последующем их переименовали в «охранные отделения», на  манер существовавших еще с 1880-х годов в Петербурге, Москве и  Варшаве «отделений по охранению порядка и общественной безопасности».

Наибольшее количество филёров наблюдается в столицах и городах с рабочим населением и студенчеством. Например, до учреждения в городе Саратове охранного отделения в 1903 году исполнение филёрских обязанностей в ГЖУ возлагалось на 8-10 унтер-офицеров. С появлением Саратовского охранного отделения в него было командировано 7 унтер-офицеров, но к 26 февраля 1903 года трое из них оказались уволены со службы и столько же уволены с 1 марта 1903 года.

14 декабря 1906 года Столыпин утверждает специальное «Положение о Районных охранных отделениях» (далее – РОО). Положением на РОО возлагалась задача объединения всех функционирующих в пределах района (охватывающего несколько губерний) органов политического розыска. В циркуляре № 207 от 8 января 1907 года за подписью Столыпина о создании РОО говорилось:

«В видах усиления деятельности органов власти, ведающих розыском по делам о государственных преступлениях, мною признано необходимым существенно изменить постановку политического расследования и создать в Империи несколько центральных розыскных учреждений, предоставив им сосредоточение в своих руках данных агентурного и наружного наблюдения по крупным административным районам, и руководство работой местных учреждений, причем объединяющим и направляющим центром явится, по-прежнему, Департамент полиции».

Согласно Положению на РОО возлагалось «негласное расследование по делам о государственных преступлениях». Охранные отделения вели борьбу с революционными организациями и их членами путём установления за ними как наружного, так и внутреннего наблюдения.

При разрешении своей задачи по выслеживанию и задержанию революционеров РОО пользовалось разными средствами и методами. Основным методом работы сыскных отделений была работа с использованием НН и негласных сотрудников.

Стоит сказать, что в конце XIX века конкретные мероприятия по подготовке агентов НН, формы их проведения не были как-то систематизированы (до выхода соответствующих нормативных актов Департамента полиции в XX веке) и во многом зависели от профессионализма и личной подготовки начальника охранного отделения, на которого возлагалась обязанность по подбору и подготовке данного вида сотрудников.

В основной массе отделений должность заведующего службой НН РОО занимали чиновники МВД. В общероссийском масштабе просматривается определённая зависимость от состава филёров (вольнонаёмные или унтер-офицеры ОКЖ), ведомственной принадлежности заведующего.

Он не только передавал информацию от руководства охранного отделения своим подчинённым и обратно, но и занимался организаторской деятельностью, а также обучением филёров. Заведующий имел заместителя в лице наиболее опытного филёра. В службу НН отделения входил ряд чиновников, занимающихся обработкой поступающей информации в канцелярию.

Задача их состояла не только в том, чтобы изложить результаты, полученные от использования НН в установленной форме, но и разработать данную информацию: перевести клички наблюдаемых в фамилии, навести необходимые справки по картотекам о попавших в поле функционирования филёров лицах либо о проживающих в определенном месте людях.

Это была крайне кропотливая, трудоемкая и ответственная работа. Одним из подтверждений этого является положение, что картотека была центром информационного обеспечения эффективной деятельности отделения: ряд разновидностей учёта сведений картотек в ней заполнялся этими чиновниками. В этом отчасти и заключается одно из проявлений перехода от беспорядочного наблюдения за участниками революционного движения, результаты которого не систематизировались данным образом, к методу НН.

Службе НН были также подведомственны низшие чины РОО: участковые и вокзальные полицейские надзиратели. Они как бы осуществляли внешнюю полицейскую власть, наводили справки о лицах, интересующих полицию. Присутствовали при отправлении и прибытии поездов, могли в случае необходимости задержать тех или иных лиц.

НН обеспечивали штатные сотрудники – полицейские надзиратели. Внутреннее наблюдение вели секретные сотрудники (негласная агентура), вербовавшиеся из представителей преступного мира, скупщиков краденого и хозяев воровских притонов.

Главное место в отделе занимали филёры – агенты НН. Они имелись при каждом охранном отделении, но наиболее успешно действовали филёры Московского отделения. Именно их опыт убедил ДП в необходимости  расширения наружного наблюдения. Наиболее крупные «летучие» отряды филёров действовали при Московском и Петербургском охранных отделениях (50 и 70 человек соответственно).

Задачи, формы и методы деятельности филёров были подробно изложены в специальной инструкции, а требования, предъявляемые к ним, были очень высокими. Они касались различных сторон личности филёров: человеческих качеств, деловых способностей, политических убеждений.

Из инструкции ясно, что само наблюдение делится на две части: НН при помощи филёров, и когда деятельность революционных организаций «освещается» изнутри её самой при помощи членов партии, являвшимися одновременно секретными агентами – «стукачами» РОО.

Хотя НН и имело широкое распространение, оно, однако, не было основной формой деятельности РОО. В одном из правовых актов МВД прямо говорилось:

«Наружное наблюдение представляется средством большею частью вспомогательным, а потому при отсутствии освещения со стороны внутренней агентуры, оно лишь в исключительных случаях может дать самостоятельный материал для выявления сообществ. Поэтому наибольшую выгоду из наружного наблюдения можно получить только при строгом сообразовании его с указаниями внутренней агентуры».

ДП возлагал на начальников РОО «приобретение и сбережение внутренней и секретной агентуры, как единственного вполне надёжного средства, обеспечивающего осведомлённость». В директивах ДП специально отмечалось, что «секретного сотрудника, находящегося в революционной среде, никто и ничто заменить не может».

В 27 городах империи успешно действовали РОО, вызывавшие ненависть у революционеров. Наиболее мощными были Петербургское, Московское, Киевское и Варшавское. Они ведали розыском, а жандармские управления вели дознание. «Охранка» вела политический сыск революционеров, а ГЖУ осуществляли арест и следствие по материалам, собранным «охранкой».