Вскоре проявилась чудотворная сила мощей митрополита-мученика: они давали больным исцеление от болезней. В 1648 году митрополит Филипп был причислен к лику святых.

В 1652 году по представлению митрополита Новгородского (будущего патриарха Никона) царь Алексей Михайлович распорядился перевезти святые мощи митрополита Филиппа в Москву, полагая, что поскольку Филипп не был отрешен от Московской митрополичьей кафедры, то и должен быть там, где его паства.

Подобно тому как византийский император Феодосий, в V в., посылая за мощами Иоанна Златоуста, изгнанного из Константинополя и умершего на чужбине, чтобы перевезти их в Константинополь, написал молитвенное послание к святому, царь Алексей Михайлович так же вручил Никону, назначенному сопровождать мощи, свое послание, обращенное к Филиппу.

"Молю тебя и желаю пришествия твоего сюда... - говорилось в послании, - ибо вследствии того изгнания и до сего времени царствующий град лишается твоей святительской паствы... Оправдался Евангельский глагол, за который ты пострадал: "Всяко царство, раздельшееся на ся, не станет" и нет более теперь у нас прекословящего твоим глаголам".

Встречу мощей 3 июля 1652 года за Москвой на Троицкой дороге возле села Напрудного царь Алексей Михайлович описал в письме к боярину Оболенскому: "Бог даровал нам, великому Государю, великое солнце. Как древле царю Феодосию возвратил Он мощи пресветлого Иоанна Златоуста, так и нам благоволил возвратить мощи целителя... Филиппа митрополита Московского. Мы, великий Государь, с богомольцем нашим Никоном митрополитом Новгородским, со всем священным Собором, с боярами и во всеми православными, даже до грудного младенца, встретили его у Напрудного и приняли на свои главы с великой честью. Лишь только приняли его, подал он исцеление бесноватой немой: она стала говорить и выздоровела".

Мощи митрополита Филиппа были пронесены по Москве до Кремля и поставлены в Успенском соборе. Там продолжались чудеса исцеления, о чем пишет Алексей Михайлович в том же письме: "Когда принесли на пожарище к Лобному месту, там исцелил девицу при посланниках Литвы... На площади у Грановитой палаты исцелен слепой. В соборе на самой средине стоял он десять дней, и во все дни с утра до вечера был звон, как в Пасхальную неделю. Не менее как два, три человека в сутки, а то пять, шесть, семь человек получали исцеления".

На Троицкой дороге, на месте встречи святых мощей царем, был установлен памятный знак - большой, выше человеческого роста, дубовый восьмиконечный крест с надписью, рассказывающей о событии, в память которого он установлен. Приметный, возвышавшийся у дороги, видный издалека крест и дал новое название окружающей местности - "У Креста". Когда появилась Мещанская слобода, местные жители определяли свой адрес: "в Мещанской у Креста", в ХVIII веке вернулись к прежнему, дослободскому, названию.

Крест стоял за нынешним Капельским переулком, где теперь находится дом 71.

В ХVIII веке над Крестом была сооружена часовня, в XIX веке перестроена в ампирном стиле, и в таком виде существовала до сноса в 1936 году. Сам крест перенесен в церковь Знамения в Переяславской слободе.

В царствование Алексея Михайловича в память перенесения в Москву мощей митрополита Филиппа был построен однопрестольный деревянный храм также на Троицкой дороге, но ближе к городу. В 1686 году обветшавшая деревянная церковь была заменена каменной, и в ней появился придел Алексия человека Божия - небесного покровителя царя Алексея Михайловича.

В середине ХVIII века по желанию и на средства прихожан началась перестройка храма, которая затянулась на тридцать лет. В 1777 году был принят проект крупнейшего тогдашнего московского архитектора Матвея Федоровича Казакова, строительство закончено в 1788 году. Новая церковь Филиппа митрополита Московского, поднявшись своим куполом в виде классической беседки, сквозь колонны которой просвечивало небо, над одно- и двухэтажными домиками Мещанских улиц, стала украшением района, который приобрел в ней одну из главных своих достопримечательностей.

В настоящее время храм поставлен на государственную охрану как выдающийся памятник архитектуры.

"Здание церкви Филиппа митрополита, - пишет современный историк архитектуры, - является одной из вершин русской архитектуры второй половины XVIII века. В нем отражены принципы раннего московского классицизма, для которого характерна прежде всего монументальность пропорций и строгая ордерность, выраженная не только в комбинациях форм, но и в самой структуре здания".

После революции служба в храме продолжалась до 1939 года, потом его заняли несколько учреждений: архив, лаборатория и мастерская.

В 1991 году церковь возвращена верующим. Хотя внутри частично сохранилось убранство, иконостас, лепнина, потребовался основательный ремонт. В храме среди сохранившейся старой росписи - две большие картины XIX века хорошей живописи: на одной митрополит Филипп изображен в келье на молитве, на другой - беседующим с царем Иваном Грозным. Храм был освящен патриархом Алексием II 24 марта 1993 года.

При создании и всю свою более чем трехсотлетнюю историю храм Филиппа митрополита Московского был приходским храмом. Теперь же он стал Сибирским подворьем, где приезжающие в Москву священнослужители Сибири и Дальнего Востока могут остановиться, москвичи же имеют возможность приобрести литературу о сибирских святынях. Велико символическое значение Сибирского подворья: оно знаменует духовное единство сибирских земель с Москвой.

На Сибирском подворье построена часовня в честь святых просветителей земли Сибирской, два корпуса - паломнический и представительский, в которых размещаются библиотека, зал-столовая, гостиничные номера. В будущем на территории подворья будет установлен бронзовый памятник воинам-сибирякам, сражавшимся под Москвой зимой 1941-1942 года. Имеется его проект: воин с винтовкой, осеняющий себя крестным знамением, и ангел над ним... Из Тюменской области уже доставлена 25-тонная гранитная глыба для основания памятника.

Дома №№ 39-41 на правом углу бывшего Серединского переулка были построены в конце XIX - начале XX века и принадлежали купцу П.П.Золотареву.