Историография второй половины XIX века представлена такими трудами как «Битва и занятие позиций при Шумле 8 июля 1828 года», посвященного событиям русско-турецкой войны 1828–1829 годов с описанием действий в ходе них Дунайской флотилии. Другой работой посвященной данной войне является «Русско-турецкая кампания в Европейской Турции 1828 и 1829 гг». В ней подробно рассказывается о том, как Дунайская флотилия оказывала помощь российским войскам при переправе через Дунай и овладении турецкими крепостями на берегах этой реки.
Особого внимания заслуживают произведения генерал-лейтенанта А.Н. Петрова «Война России с Турцией и польскими конфедератами в 1769–1774 год» и «Война России с Турцией. Дунайская кампания», затрагивающие тему русско-турецкой войны 1768–1774 годов и подробно описывающие действия в ходе нее Дунайской флотилии и повествующие о присоединении к России Крыма и получения выхода в Черное море. В частности в этой работе указано как конкретно помогли Донская и Дунайская флотилии российской армии в боевых действиях на Дону и Дунае, в перевозке грузов, штурме Очакова и Измаила. Генерал-лейтенант Петров помимо указанной работы написал еще труды, посвященные русско-турецкой войне 1787–1791 годов, «Вторая Турецкая война в царствование Екатерины II» и русско-турецкой войне 1806–1812 годов, «Война России с Турцией 1806–1812 гг.» где также рассматриваются действия Дунайской флотилии.
История зарождения регулярного российского Военно-Морского Флота, который, по сути, начался с создания речных флотилий, принявших участие во взятии Азова, описан известным военно-морским историком капитаном 1 ранга С.И. Елагиным в работе «История русского флота. Период Азовский». В этой работе автор подробно описал процесс создания первых российских военных судов в массовом масштабе, в частности создание из них речных военных флотилий для покорения Азова. Им описано как, на каких верфях строились эти суда, как по Днепру и Дону, сражаясь с турецкими гарнизонами, шли они к Азову и, наконец, как была достигнута Азовская победа, после которой был издан указ «Морским судам быть», и началось создание регулярного Военно-Морского Флота.
События Крымской войны и роль в ней Дунайской флотилии основательно описаны в работе генерал-лейтенанта М.И. Богдановича «Восточная война 1853–1856 годов». В ней подробно повествуется о вкладе Дунайской флотилии в кампанию 1854 года, действия ее кораблей при организации переправ через Дунай, их боевое применение в сражениях у Браилова и Галаца, при осаде крепостей Тульчи, Силистрии.
Дореволюционными работами, где анализируется деятельность Дунайской флотилии в ходе русско-турецкой войны 1877–1878 годов, являются «Об участии моряков в войне с Турцией 1877–1878 гг.» и «Русско-турецкая война за свободу славян за Дунаем и за Кавказом». В них повествуется о первой торпедной атаке проведенной кораблями Дунайской флотилии против турецких речных кораблей, а также о содействии армейским силам в ходе боевых действий в придунайских районах.
Отдельно следует отметить написанные в конце XIX века работы известного историка флота Ф.Ф. Веселаго по истории российского Военно-Морского Флота – «Краткая история русского флота» и «Очерк русской морской истории». В «Краткой истории русского флота» полностью раскрыт процесс истории и развития русского флота от Древней Руси до воцарения Николая I. В данной работе также поднимается тема боевого применения военных речных флотилий в ходе русско-турецких войн, начиная от петровского периода и до правления Александра I включительно. В «Очерке русской морской истории» показан процесс создания российского регулярного военно-морского флота при Петре I. Применительно к исследуемой теме в нем рассмотрено создание и боевое применение речных флотилий в ходе Азовского похода 1696 года и Каспийского похода 1722–1723 годов.
Историография изучаемой проблемы начала XX века представлена фундаментальными работами крупных военных и военно-морских исследователей, таких как исследование генерал-лейтенанта А.К. Баиова «Русская армия в царствование императрицы Анны Иоанновны», научные труды И.И. Белавенца «Очаков» и Н. Епанчина «Очерк похода 1829 г. в Европейской Турции».
Отдельного внимания заслуживает исследование Н.Д. Каллистова «Русский флот и двенадцатый год». В нем подробно описан деятельность и вклад в победу российских войск в Прибалтике речных военных флотилий созданных и действовавших на реках Западная Двина и Аа в ходе Отечественной войны 1812 года.
Советская историография изучаемого вопроса довоенного периода представлена работа Е.В. Тарле «Крымская война», в которой детально показаны причины, обстоятельства и ход начального периода Крымской войны, когда успешно проявила себя Дунайская военная флотилия. В этой работе частично показана деятельность Дунайской флотилии в ходе кампании 1853–1854 годов. К научным работам, касающихся темы боевого применения речных флотилий довоенного периода, относятся следующие исследования. Работа генерала от инфантерии А.М. Зайончковского «Мировая война. Маневренный период 1914–1915 годов на русском (европейском) театре», повествует о боевых действиях на приречных флангах в бассейне рек Припять и Днепр, также в ней приведен анализ проблем возникших вследствие отсутствия там российских военных речных флотилий. Аналогичным вопросам посвящены работы Г.К. Королькова «Форсирование реки Вислы армейским корпусом» и «Форсирование рек пехотной дивизией».
В работе Ю.А. Степанова «Минирование реки Западной Двины 1916–1917» изложены последствия отсутствия на этой реке военной речной флотилии и напрямую приходят аналогии с Отечественной войной 1812 года, когда там была и активно действовала речная военная флотилия в отличие от кампании на Западной Двине в годы Первой мировой войны. Надо отметить, что в 1812 году, Двинская военная флотилия выполнила поставленные командованием задачи, в результате чего кампания окончилась удачно, в отличие от периода 1916–1917 годов, когда флотилия в данном районе не была создана, что и привело к возникновению указанных проблемам.
Послевоенная историография изучаемой проблемы включает в себя такой фундаментальный труд как «Боевая летопись русского флота», написанный под редакцией Н.В. Новикова и изданный Институтом истории Академии наук СССР, в котором глубоко изложено становление и развитие российского регулярного Военно-Морского Флота в дореволюционный период. В нем подробно изложена история русского флота от Древней Руси до окончания Первой мировой войны, приведены краткие описания действий речных военных флотилий, начиная от Азовского и Каспийского походов Петровской эпохи, русско-турецких войн от периода правления Анны Иоанновны и Екатерины II, заканчивая русско-турецкими войнами XIX века и Первой мировой войной.
Однако в этой работе ничего не сказано о деятельности Амурской флотилии в ходе русско-японской войны и последующий дореволюционный период.
Фундаментальными исследованиями, касающимися изучаемой темы, являются работы Е.В. Тарле «Экспедиция русского флота в Архипелаг в 1769–1774 гг.» и указанная выше «Крымская война», переизданная в силу своей актуальности в послевоенное время. В исследовании «Экспедиция русского флота в Архипелаг в 1769–1774 гг.» подробно анализируются не только причины указанной первой русско-турецкой войны Екатерининской эпохи, но и действия флота и Дунайской флотилии в ходе нее.
В работе В.П. Лысцова «Персидский поход Петра I 1722–1723» подобно рассказано о создании Каспийской флотилии, ее участие в Каспийском походе Петра для завоевания Дагестана и выхода к Каспийскому морю. В работах А.И. Сорокина «Русско-японская война 1904–1905 гг.» и коллективном труде «Краснознаменная Амурская флотилия», повествуется о создании Амурской флотилии и ее деятельности в период русско-японской войны.
Отдельно надо отметить фундаментальное исследование «Флот в Первой мировой войне», написанное под редакцией Н.Б. Павловича. В нем подробно исследуется деятельность всех соединений Российского Военно-Морского Флота в указанный период, включая Дунайскую флотилию. В частности в этом труде подробно описывается ее боевая деятельность в Первой мировой войне, сложный состав флотилии – из морских и речных кораблей действовавших соответственно на морском и речном театре и ее расформирование после Октябрьской революции.
