"Когда однажды граф Пален, как обычно, явился на парад в нарядном экипаже, запряженном шестеркой, вылез из экипажа, то принужден был выслушать от адъютанта государя приказ немедленно оставить столицу и отправиться в свои курляндские имения. Пален повиновался, не проронив ни слова. Издан был рескрипт об увольнении со службы генерала от кавалерии Палена, - пишет Саблуков. - В этой истории известную роль сыграл Панин, который впоследствии писал: "Будучи министром при императоре Александре, я принял сторону вдовствующей императрицы. Когда граф Пален по поводу иконы хотел очернить ее в глазах государя, я, и я один, устранил возникшие между ними недоразумения". Вскоре, однако, и судьба Панина решилась в том же роде, как и судьба Палена, - замечает Саблуков. - ...Удивительна судьба Панина, образ мысли и действия которого были всего более безобидны; он подвергся более тяжелому преследованию, чем кто-либо из других участников происшествия".

Уже 12 марта в Петровско-Разумовское под Москвой, где жил тогда Панин, отправляется императорский курьер. Спустя девять дней Никита Петрович с необыкновенной сердечностью был принят государем. Обняв старинного друга императорской фамилии, Александр со слезами на глазах произнес: "Увы, события повернулись не так, как мы предполагали..." Они горячо верят, что, будь Панин в столице, несчастья бы не случилось...

Верят в это и другие сторонники Панина. Воронцов писал ему из Лондона: "Для России несчастье, что вы были в отсутствии при вступлении на престол Александра. Начало этого царствования носило бы совсем иной характер". И Панин ему отвечает: "Не знаю, было бы мое присутствие здесь в момент вступления на престол императора Александра полезно этому прекрасному государю; но верно то, что я с опасностью для моей собственной жизни сопротивлялся бы позорным делам, совершенным погрязшим в пороках разбойничьей бандой".

В этот же день Панин назначается министром иностранных дел.

23 марта 1801 года печальный траурный кортеж медленно сопровождал забальзамированное изуродованное тело задушенного императора. Процессия направлялась в Петропавловский собор, но для торжественности был сделан восьмиверстовой круг по двум невским мостам. Во главе ее с короной усопшего шел тридцатилетний Никита Петрович Панин, единственный сын Петра Панина и племянник незабвенного Никиты Ивановича, воспитателя великого князя Павла Петровича. День был холодный. Панин пожаловался в письме к жене на недостаточно теплую одежду и прибавил, что "день не был утомительным...".

Мария Федоровна, всегда с участием и доброжелательностью относившаяся к Панину и его семье, в этот раз встретила его настороженно и руки не подала (он представлялся ей по случаю своего назначения). На ее прямой вопрос, был ли он причастен к случившемуся, Панин ответил, что "в момент кончины государя его не было в Петербурге". Удовлетворенная этим ответом, вдовствующая императрица заверила Никиту Петровича в своей неизменной к нему благосклонности, и их дружеские отношения возобновились. А через несколько дней Панин получил ее письмо:

"Граф Никита Петрович!

По содержанию оставшегося после Е. И. В. любезнейшего супруга Моего, в Бозе почившего Государя Императора Павла Петровича завещания, коего в 29 статье изображено:

"В род графов Паниных отдаю я перо бриллиантовое с бантом, что на Андреевской шляпе носил, и портрет мой, который вручит жена моя на память моей любви к покойному воспитателю моему, и еще возлагаю на моего старшего сына и всех моих потомков наблюдение долга моей благодарности противу рода означенного воспитателя моего покойного графа Никиты Ивановича, которого краткость моего века не дозволили мне им доказать".

Препровождаю при сем к Вам вышеозначенные вещи и портрет, остаюсь я в полном удостоверении, что оные тем будут для Вас ценнее, чем живее напоминают они Вам о той неограниченной признательности, каковую покойный Государь сохранил к дяде Вашему, графу Никите Ивановичу, сопровождая ее отменным ко всему роду его благоволением. Впрочем же пребываю всегда Вам благосклонною  М а р и я".

Панин пользуется особой благосклонностью императора и полон надежд на скорые преобразования. "Граф Панин ежедневно работает по несколько часов вместе с императором в его кабинете, вдовствующая императрица в восхищении от графа", - записывает лейб-медик Роджерсон.

"Управление и кредит в делах имеют - по иностранным Панин, человек от природы с дарованиями и с большим характером; по внутренним Трощинский и генерал-прокурор Беклемишев", - сообщает в Лондон Воронцову граф Завадовский.

Панин продолжает проводить свою политику сближения с Англией - в начале июля с ней заключается мирный договор. Александр желает мира и с Францией, но Панин всячески препятствует этому. Он заменяет посла в Париже и весьма холодно обходится с генералом Дюроком, личным представителем Бонапарта, приехавшим в Петербург, чтобы поздравить от его имени Александра I со вступлением на престол. Разразился дипломатический скандал, который удалось уладить, но Дюрок вскоре покинул Россию, не поехав на коронацию в Москву, куда был приглашен Александром I. Только благодаря ему в октябре был подписан и франко-русский договор.

Не изменил Панин себе и в вопросе о введении конституции. Вот что писал по этому поводу Г. Р. Державин: "...Трое ходили тогда с конституциями в кармане - речистый Державин, князь Платон Зубов с своим изобретением и граф Н. П. Панин с конституцией английскою, переделанною на русские нравы и обычаи. Новосильцеву стоило тогда большого труда наблюдать за царем, чтобы не подписать которого-либо из проектов; который же из проектов был глупее, трудно описать: все три были равно бестолковы".

Панин в письме от 16 июля жалуется Воронцову на интриги при дворе и непостоянство Александра в выражениях, которые не могли не повредить ему: "Что он не ожидает от молодого императора ничего хорошего, что он легкомысленен, любит танцы и более заботится о том, чтобы нравиться женщинам, чем вникать в государственные дела..."