При Иоанне III функции Вселенской Православной Церкви перешли к Москве как III-му Риму, а русский народ вступил в служение «народа-богоносца». Это служение было закреплено коронацией на царство первого русского царя Ивана IV (Грозного), который с раннего детства рассматривал Русь как Дом Пресвятой Богородицы. «Чин венчания Иоанна IV на царство не сильно отличался от того, как венчались его предшественники. И все же воцарение Г розного стало переломным моментом в становлении русского народа – как народа-богоносца, русской государственности – как религиозно осмысленной верозащитной структуры, русского самознания – как осознания богослужебного долга, русского воцерковленного Мироощущения – как молитвенного чувства промыслительности всего происходящего. Соборность народа и его державность слились воедино, воплотившись в личности Русского Православного Царя», – именно так трактовал акт венчания на царство первого русского царя Иоанна Грозного великий митрополит Иоанн. Иоанн IV сильно укрепил и расширил Россию. В 1552 году было разбито и присоединено к России Казанское ханство. В 1556 году – присоединено Астраханское ханство. В 1579–1584 г. г. присоединена Сибирь. В Новгороде и Пскове были искоренены остатки ереси жидовствующих. Воцерковленный русский народ окончательно принял службу народа – богоносца. Богоугодный царь постригся в монахи в 1584 году и мирно предал душу Господу Богу.
С 1584 по 1598 г. царствовал кроткий и глубокорелигиозный царь Федор Иоанович. Во время его правления возвысился Борис Годунов, бывший опричник Ивана Грозного, которого избрал царем Земский Собор в 1598 году.
Нераскрытое до сих пор убийство царевича Дмитрия в Угличе в 1581 г. пресекло 700-летнюю династию Рюриковичей. Ввиду отсутствия заинтересованных в убийстве сторон (боярские кланы, Годунов) наиболее вероятной гипотезой является ритуальный характер убийства, провоцирующего смуту или гражданскую войну. Промысел Божий в России привел к внезапной смерти царя Бориса в 1605 году и семилетней смуте как наказанию Господнему за грех гордыни, этим посланным сатаной искушением самовластья, обольстившего соборную душу России. Народ, настойчиво звавший Бориса на царство и давший ему присягу верности, в итоге оказался клятвопреступником, перебежав вместе с московским войском на сторону войска Лжедмитрия, которого венчал на царство лжепатриарх грек Игнатий. Вот это клятвопреступление перед Богом и есть главная причина последующих лет смуты и разора русских земель. Летопись свидетельствует: «Умысли окаянный сотворити и наполнити Московское государство поганых иноверцев Литвы, и жидов, и поляков, и иных скверных, яко и русских людей в них мало зрети».
Великое семилетнее разорение закончилось по Воле Всевышнего избранием на Великом Земском соборе 21 февраля 1613 года нового русского царя Михаила Федоровича Романова и новой династии Романовых. Однако Михаил долго отказывался. И только главный аргумент убедил его: «То ли угодно Вам, чтобы наши недруги торжествовали, попирая нашу Православную веру, чтобы православные христиане были в расхищении и пленении? Все это: и поругание веры, и осквернение церквей, и гибель бесчисленного безгосударственного народа, и междоусобные брани, и неповинную кровь взыщет Бог на вас в день страшного и праведного Своего суда?» Таинство Венчания на царство и Миропомазание состоялось 1 июля 1613 г. в Москве. Отрок Михаил Романов – Юрьев вместе со своей матерью инокинией Марфой находился в плену у поляков. Его освободил князь Пожарский 27 октября 1612 года, когда в Кремле капитулировал последний польский гарнизон. Опасаясь нового нашествия поляков и новых боярских мятежников, юный Михаил с матерью сразу же уехал из Москвы в костромскую вотчину. Они не принимали участия в подготовке и проведении Великого Земского Собора. Однако по Воле Всевышнего при обсуждении кандидатур на Русского царя, в итоге выбор пал на Михаила Романова. Это было и для него, и для его матери полной неожиданностью. Русский народ его выбрал и дал клятву на совете Всея Земли:»Если же кто не похощет послушати сего соборного уложения, которое Бог благословил, и станет иное говорить, таковой, будь он священного чину, от бояр ли, воинов или простых людей – по священным правилам Святых Апостолов и Седьми Вселенских Соборов… да будет извержен из чину своего и от Церкви Божией отлучен, и лишен приобщение Святых Христовых Тайн, как раскольник Церкви Божией и всего православного христианства мятежник… и да не будет на нем благословения отныне и до века, ибо, нарушив соборное уложение, сам попал под проклятие». Вторая-третья четверти 17-го века ассоциируют, прежде всего, с Тишайшим государем Алексеем Михайловичем и Святым патриархом Никоном. Царь Алексей Михайлович получил в наследство разоренную смутой страну и начал эпоху продуманных неторопливых реформ в религиозной, военной, экономической и юридических областях. Он дал задание и организовал принятие в 1649 году «Уложение» или «Свод законов» Русского государства. Было проведено исправление богослужебных книг, издана Кормчая книга, принят Новоторговый устав. Он одерживает блестящую победу над Польшей, ставит на место Литву, возвращает России земли Малороссии! Десятилетия его царствования – самые удачные для России, – отмеченные душевным покоем и миром. И связано это, прежде всего, с личностью государя: «Царь одарен необыкновенными талантами, имеет прекрасные качества и украшен редкими добродетелями…, он покорил сердца всех своих подданных, которые столько же его любят, сколько и благоговеют перед ним», – свидетельствует источник. Имея сам глубоко религиозное чувство, государь являл народу «пример благочестия и чинности, трудолюбия и сердечной набожности. Вера, являемая жизнью, вера опытная, неложная, глубокая – такова первооснова бытия. Так жила Россия, так жил и Русский царь, соединяясь со своим народом связью самой глубинной и прочной из всех возможных». Царь много времени проводил в молитвах, сотворяя ежедневно до 1200 земных поклонов. Именно эта глубокая вера и благочестие даровали через Бога Государю Алексею Михайловичу государственный ум и мужество в возвеличивании Святой Руси.
Второе имя – Святой Никон. Он стал шестым патриархом Московским и всея Руси. Родился в 1606 г. Происходил он из крестьян села Вальдеманово Княгининского уезда Нижегородской губернии. Сбежал в раннем детстве от злой мачехи в Макариев Желтоводский монастырь. Монашество принял в ските Анзерском на Белом море. В 1643 году был избран игуменом Кожеозерского монастыря. В 1646 году был представлен Алексею Михайловичу, которому очень понравился своей мудростью и стал близким другом вплоть до лета 1658 года. В 1648 году Святой Никон был посвящен в сан новгородского митрополита. Ввел ряд новшеств в церковной жизни и управлении:
а) произнесение проповедей,
б) запрещение многогласий,
в) запрещение раздельноречного пения,
г) введение на богослужении пения на греческом, кроме славянского языка,
д) устранение Богослужения по Киевскому и Греческому обряду.
В 1652 году был избран Патриархом Московским и всея Руси. Устроил церковные типографии в Хутынском и Иверском монастырях. Предпринял исправление богослужебных книг, которое стало причиной церковного раскола. Св. Никон основал много новых монастырей, возвысил значение церквей и монастырей, сильно увеличил площадь земельных угодий, принадлежавших монастырям, сделал Православную Церковь в России самым богатым учреждением. В церковно – административных делах Св. Никон был очень строг и неумолим. Число запрещенных попов при нем было настолько велико, что в ряде приходов службу некому было вести. Он публично высмеивал образа латинского письма, прямо отбирал или хитростью получал от бояр их польские костюмы и сжигал. Царь всецело доверял Св. Никону и во время войны со шведами в 1656–1657 годах оставил ему в управление все великое государство. Бояре очень опасались такого усиления влияния Патриарха и в результате длительных интриг и клеветы царь охладел к Св. Никону и вынудил его оставить патриарший пост и уехать в монастырь. А в 1666 году Собор лишил Св. Никона патриаршего сана и сослал в Белозерский Ферапонтов монастырь, однако подтвердил правильность исправления книг и трехперстие. 17 августа 1681 года Св. Никон скончался по пути в Ярославль.