В грамоте было написано, что повелел государь быть Собору, и благословением Газского митрополита Паисия переместили Питирима, митрополита Сарского, в Новгород вопреки правилу, запрещающему перемещать архиереев, и на место Питирима поставили Павла, архимандрита чудовского, и других архиереев в иные епархии. Государь: "Когда Никон был на патриаршестве, в то время перевел он из Твери архиепископа Лаврентия в Казань митрополитом, да и иных многих от места к месту переводил".
Никон: "Я то делал не по правилам, в неведении". Питирим Никону: "Ты и сам в Новгородскую митрополию возведен на место живого митрополита Аффония". Никон Питириму: "Тот Аффоний митрополит был без ума, чтоб и тебе также быть без ума".
Вслед за тем в грамоте было написано: "От сего беззаконнаго Собора преста на Руси соединение с св. Восточною Церковию, и от благословения вашего отлучишася, но от Римских Костелов начаток прияша волями своими. А откеле же прияла Русь св. Крещение от св. Восточной Церкви, не бы у нас ни единаго соединения с Западным Костелом... и Исидора митрополита изгнаша, яко еретика". По прочтении этого царь говорил патриархам: "Никон написал такие великие укоризны и неправды ложно, забыв страх Божий, и тем св. апостольскую Церковь и православную веру в России опорочил, и меня, государя, и весь освященный Собор, и весь царский синклит, и всех православных христиан русских от благочестивой веры и от благословения Восточных патриархов отчел, и к Римскому Костелу и вере причел, и назвал всех еретиками. Если бы только то письмо Никона дошло до Вселенских патриархов, быть бы всем нам, православным христианам, под клятвою. И за то его ложное и затейливое письмо надобно всем стоять и умирать и от того очиститься". И все митрополиты, архиепископы и епископы, и освященный Собор, все бояре, окольничие и думные люди били челом патриархам, чтоб допросили Никона, почему он так написал и их еретиками назвал. Патриархи спросили Никона: "Чем они отлучились от соборной Церкви?"
Никон: "Тем, что Газский митрополит Паисий перевел Питирима из одной митрополии в другую и на его место поставил другого митрополита, да и иных архиереев от места к месту переводил, а ему то делать не подобало, потому что от Иерусалимского патриарха он отлучен и проклят. Да хотя бы он и не еретик был, ему на Москве долго быть не для чего; я его за митрополита не ставлю, у него и ставленой грамоты на свидетельство нет, и мужик наложит на себя мантию и будет такой же митрополит. Я то про него писал, а не о православных христианах". Но царь, и весь Собор, и синклит Никона в том уличали и повторяли пред патриархами: "Он всех нас в грамоте назвал еретиками, а не одного митрополита Газского, учините в том указ по правилам св. апостол и св. отец". Тогда Никон, обратившись к государю, сказал: "Только б ты Бога боялся, ты бы так со мною не делал".
В грамоте было написано, что на все церковные степени ставят по повелению государя и в ставленых грамотах пишут, что тот или другой хиротонисован по повелению государя, и в архиереи избирают, и ставят, и отлучают - все по повелению же государя.
Государь: "На священные степени ставят и ставленые грамоты дают ставленникам так же и ныне, как бывало прежде; в архиереи избирают и поставляют и, кого придется, отлучают власти Собором, а не по моему указу, и то Никон про меня написал неправду".
В грамоте было написано, что государь из патриаршей казны берет на свои проторы и из архиерейских и монастырских имений по его указу берут на службу людей, и деньги, и хлеб немилостиво.
Государь: "Что взято из патриаршей казны, то было взято взаймы, а не даром, и о тех деньгах записано в книгах Патриаршего приказа; многое уже заплачено, а остальное будет заплачено впоследствии. А со властей и с монастырей брались даточные люди, и деньги, и хлеб, как бирались и в прежние времена для государевой службы. Он же, Никон, на строение нового Воскресенского монастыря брал из домовой патриаршей казны многие деньги, которые собраны были со властей и с монастырей вместо даточных людей, да он же брал со властей и монастырей многие подводы самовольством". Никон во всем том заперся, будто он тех денег и подвод не бирал. Но митрополиты, архиепископы и епископы его уличали и говорили, что он и деньги, собиравшиеся с них за даточных людей, употреблял на строение Воскресенского монастыря, и брал от них подводы, и посылал в тот же монастырь самовольно, без государева указа.
Когда прочитано было, что боярин Семен Лукьянович Стрешнев научил собачку сидеть и передними ногами благословлять, назвав ее Никоном, и что хотя за такое бесчиние Никон проклял Стрешнева, но царское величество ни во что вменил ту клятву, государь сказал: "Никон о том мне не писывал, а Семен Лукьянович поклялся предо мною, что того вовсе не бывало". Затем все архиереи говорили, что Никон проклял боярина напрасно и без Собору. Боярин же Петр Михайлович Салтыков прибавил, что Никон Семена Лукьяновича Стрешнева от клятвы разрешил и грамоту ему прощальную прислал.
В грамоте было написано о Мефодии, епископе Мстиславском, что его послали из Москвы митрополитом на Киевскую митрополию, которая изначала была под благословением Константинопольского патриарха.
Государь: "Епископ Мефодий послан в Киев не митрополитом, но блюстителем нужды ради: Киевский митрополит, оставя свою кафедру, ушел в Польшу из Киева, а тамошняя страна без пастыря быть не может: городов и людей в ней много, от Москвы она далеко. И о том поставлении Мефодия я писал к Константинопольскому патриарху. Сам же Никон, как был на патриаршестве, поставил в Полоцк епископа, хотя Полоцкая епархия также исстари под благословением Цареградского патриарха".
Никон: "В Полоцк и прежде, при царе Федоре Ивановиче, ставили епископов Московские патриархи".
В грамоте было написано о Питириме митрополите, что он стоял на патриаршеском месте и сидел на патриаршем седалище, чего и приходившие к нам Восточные патриархи не делывали. Питирим отвечал: "По отшествии Никона патриарха я стоял и сидел в соборной церкви во время служб там, где мне подобало стоять и сидеть, но на патриаршем месте не стаивал и не сиживал, а в неделю ваий я действовал по указу государя, а не собою".
Никон: "Тебе не следовало так действовать, то действо патриаршеское".
Государь: "Когда Никон был в Новгороде митрополитом, он и сам так действовал, и, когда был на патриаршестве, при нем так действовали в Новгороде, и в Казани, и в Ростове".
Никон: "То-де я делал по неведению".
В конце грамоты было написано: "Писася в строении нашем, в Новом Иерусалиме Воскресенского монастыря". Тут патриархи спросили Никона: "Зачем он так написал?" Никон сначала сказал, что то переведено неверно, а потом присовокупил, что хотя у него и написано "в Новом Иерусалиме", только намерение его к горнему Иерусалиму, и назвал себя священником того Иерусалима.
Когда чтение грамоты и все возражения против нее окончились, Никон обратился к государю и сказал: "Бог тебя судит; я еще на избрании своем узнал, что тебе, государю, быть добру ко мне только до шести лет, а потом быть мне возненавиденным и мучимым". "Допросите его, - сказал царь патриархам, - как он то узнал на избрании своем". Но Никон на вопрос патриархов ничего не отвечал. "Сказывал Никон, - заметил Рязанский архиепископ Иларион, - что видел звезду метлою, и от того будет Московскому государству погибель; он бы поведал, от коего духа то узнал".
Никон: "И в древнем законе такие знамения бывали; авось-де на Москве то и сбудется. Господь пророчествовал на горе Елеонской о разорении Иерусалима за четыреста лет". И патриархи велели Никону идти на подворье.
Заседание было слишком продолжительно. Начавшись в третьем часу дня, оно окончилось во втором часу ночи и более всех должно было утомить царя и патриарха Никона, которые одни почти и действовали и все время оставались на ногах. Все заседание посвящено было только допросам Никона. Обвинения, по которым допрашивали его, указывал сам царь, и главных обвинений было два. Первое состояло в том, что Никон самовольно отрекся от престола и оставил Церковь, от чего в ней произошли многие смуты и она девятый уже год оставалась без архипастыря. Второе - в том, что Никон в своих письмах к Восточным патриархам изрек многие бесчестия и укоризны на государя, оклеветал его. Из расспросов по первому обвинению уяснилось, что Никон оставил свою кафедру и Церковь единственно из-за гнева государя к нему лично - причина совершенно недостаточная; если и был на него гнев государя, то ему, Никону, следовало, как справедливо заметили ему патриархи, посоветоваться с архиереями и бить челом государю, просить у него прощения, а не покидать Церкви, и на такое долгое время. Из допросов по второму обвинению, или, что то же, из чтения грамоты Никоновой к патриарху Дионисию, хотя обнаружилось, что не все Никон написал про царя неправду и по некоторым делам объяснения, высказанные на Соборе царем, нельзя признать удовлетворительными, но обнаружилось также, что Никон действительно написал про государя важные укоризны, клеветы, неправды, которые и подтвердить чем-либо отказался, например, будто царь вмешивался в архиерейские дела, будто он из-за Никона многих мучил, посылал в заточение, будто за нападки на Уложение, его, Никона, много раз хотели убить и пр. Обнаружилось еще, что Никон сам собою, без Собора низложил и подверг жестокому наказанию епископа Коломенского Павла и нанес в своей грамоте к Дионисию бесчестие не одному государю, но и всем сынам Русской Церкви, якобы они уклонились от Восточного православия и соединились с Римским Костелом. Патриархи Паисий и Макарий мало говорили в этом заседании, лишь изредка предлагали вопросы и делали замечания. Из русских архиереев и из чинов царского синклита говорили немногие и немного, когда признавали то нужным и уместным, а из греческих архиереев не говорил никто, даже Паисий Лигарид, вероятно, потому, что они не понимали русского языка, на котором происходили все допросы Никону и его ответы, равно как и все объяснения царя.