Вина архимандрита Феофана состояла не в том одном, что он самовольно ездил к Никону, но еще в том, что предварительно не заявил в Посольском приказе грамоту, которую привез с Афона и отдал Никону; по возвращении от Никона в Москву самовольно, без дозволения государева, служил здесь литургию в приходских и домовых церквах и в мирских домах говорил непригодные речи, а спустя немного времени начал часто ходить в Посольский приказ и докучать, чтобы государь пожаловал ему милостыню и отпустил из Москвы на Афонскую гору. Когда же Феофану объявили, что отпустить его теперь невозможно, так как вокруг Киева и во всей Малороссии находится неприятельское войско, польское и татарское, он отвечал, что поляки и татары ему нестрашны, и продолжал упорно настаивать на своем отпуске. Между тем было дознано, что Феофан собирал в Москве тайным образом вести о государевых ратных людях и всякие другие, а некоторые из греков, бывших в Москве, сообщили, что он до приезда в Россию был у польского короля и гетмана Потоцкого, у жены которого состоял прежде отцом духовным, и что Потоцкий отпустил его в Москву как своего лазутчика, чтобы он собрал там нужные сведения и про все разведал. Сделалось понятным, отчего так настойчиво хлопотал Феофан о своем отпуске именно теперь, когда гетман Потоцкий вступил с своим войском в черкасские украинские города. И потому по указу государя от 11 декабря 1663 г. Феофан за все его вины сослан был под строгий надзор в Кириллов монастырь. Оттуда он писал письма к патриарху Никону с просьбою походатайствовать об освобождении его чрез государева духовника и Федора Михайловича (Ртищева); писал о том же к самому Ртищеву и к думному дьяку Алмазу Иванову; писал к находившемуся в Москве какому-то "пану Ериповичови, педагогу детей епископовых", чтоб о заточении его известил епископа, а епископ письменно попросил бы о нем Ртищева и самого государя; писал еще к какому-то дьякону Арсению в Москве, чтобы уведомил о нем чрез писание не только епископа, но и "пана гетмана" через запорожских казаков, какие находятся в Москве. Но, не видя никакого успеха от всех своих писем, Феофан решился бежать и действительно бежал из Кириллова монастыря ночью под 7 октября 1665 г. Как только государь получил известие об этом, тотчас приказал разослать указы в Псков, Киев и другие места с описанием примет бежавшего Феофана (указано было и на то, что он "речью словесен и языком греческим, турским, и волоским, и польским навычен"), чтобы его, где бы он ни появился, в монашеской или в мирской одежде, не пропускали за границу, а схватили и в оковах представили в Москву. Послал государь дьяка Димитрия Шубина и к патриарху Никону, чтобы он дал такой же приказ в монастыри своего строения относительно бежавшего Феофана, и Никон обещался исполнить, но сказал: "Я знаю Феофана и не чаял от него ничего худого; недавно он писал мне из Кириллова, но в письме нет ничего дурного", причем вручил письмо дьяку и присовокупил: "Есть и похуже его, архимандрита, митрополит Газский; он всякой ереси научен, и мясо ест, и на землю молдавского князя навел турского царя, который и овладел ею". Впрочем, все эти хлопоты о поимке Феофана скоро прекратились: 18 октября он был схвачен в Вологодском уезде на устье реки Кубены, в восьмидесяти верстах от Кириллова монастыря, и, будучи приведен в монастырь, пред всем монастырским Собором объявил за собою государево слово в надежде, что будет вызван в Москву для допроса. Но государь приказал (от 13 ноября), чтобы допросили Феофана в монастыре про то слово и отписали в Посольский приказ, а самого Феофана сослали в Соловецкий монастырь. Феофан государева слова не объявил, а дал только за своею рукою письмо к государю и в декабре был сослан в Соловецкий монастырь.
Судя по тому, что Никон мог угощать своею трапезою разом по двести человек мирян и жаловать по двадцати рублей милостыни, как видели мы из рассказа архимандрита Феофана, нельзя, конечно, предположить, чтобы он, Никон, находился тогда в крайней бедности. А после таких резких, хульных, непростительных отзывов о царе государе, какие позволил себе Никон в своих разговорах с царскими посланцами и особенно в своей книге "Возражений", трудно было подумать, чтобы вскоре за тем не устыдился Никон обратиться к тому же оскорбляемому и унижаемому им государю и говорить ему о своей крайней нужде, просить у него пособия, уверять его, что невинен пред ним, что на него, бедного патриарха, все клевещут и лгут. Между тем Никон так именно поступил. В начале ноября 1663 г. он написал к государю следующее письмо: "Пришли вести, что польские и литовские люди идут в твои государевы города и стоят недалеко от Вязьмы, пойдут и дальше. А мы живем в пустом месте, прискудали до конца, хлеба и денег нет. Милосердый великий государь! Выдай милостивый твой указ, чем нам пропитаться и защититься на пустом месте. Помяни святое свое слово, как присылал я сельничего своего Афанасия Ивановича Матюшкина, и он говорил пред Христовым св. образом много раз: "Великий государь тебе велел сказать, что не покину тебя вовеки". А когда в прошлых годах объявили о татарском нашествии и я приходил в Москву, то думный дьяк Алмаз Иванов сказывал мне твоим государевым словом: "Ступай, живи в своих монастырях, и великий государь тебя не покинет, велит уберечь". Когда ты, великий государь, был на освящении церкви в Воскресенском монастыре и я тебе говорил, что место хорошо, да строить нечем, то ты дал слово свое: строй, а мы не покинем. Вспомнив все это, обратись на милость. А что тебе лихие люди клевещут на меня, ей, лгут. А я ныне за твоим государевым словом хотя и умереть рад здесь. Если не попомнишь слова и обещания твоего, то на тебе Бог взыщет, а мне смерть покой по писаному". Это послание передать государю Никон просил Федора Ртищева, к которому, между прочим, писал: "Пишем, надеясь на твое незлобие и вспомнив, как ты был здесь после отъезда нашего из Москвы и слово свое дал быть нашим братом и строительствовать о всяких монастырских нуждах. Да и в прошлом 1662 г. как ты присылал брата своего Федора Соковнина, а в другой раз Порфирия, то приказывал, чтоб нам тебя иметь в любви своей, как прежде". Какие были последствия этого послания Никонова к государю, неизвестно.
Пора нам вспомнить об иеродиаконе Мелетии, отправившемся на Восток еще 1 генваря 1663 г. Прибыв в Константинополь, Мелетий вручил царские грамоты патриарху Дионисию. Случайно там находился и патриарх Иерусалимский Нектарий. Дионисий сначала принял одну царскую грамоту, адресованную на его имя, но потом по соглашению с Нектарием и по его совету вскрыл и остальные грамоты, а подателю их велел жить скрытно в особой келье. Грамоты оказались краткими; в них говорилось только, что патриарх Никон самовольно оставил свою кафедру, и она уже пять лет пребывает праздною, и все четыре патриарха приглашались в Москву для исследований и распоряжений по этому случаю. Подробно же передать патриархам о деле Никона поручено было Мелетию и на память ему дана была какая-то запись, показанная им и патриархам, в которой заклинали его рассказать патриархам все, что он слышал о Никоне от самого государя. Ехать в Москву патриархи признали для себя по обстоятельствам делом невозможным, но рассудили составить и написать на бумаге соборное определение, или свиток ?????, по делу Никона, чтобы отправить к государю. Только как же составить? Основаться на словесных показаниях одного человека, Мелетия, было бы противоканоническим, и патриархи придумали составить свое определение безыменно, вовсе не упоминая о Никоне, а как будто имея в виду вообще архиерея или патриарха на тот случай, если бы он совершил такие проступки, какие приписывались Никону. Между тем в Москве начали беспокоиться: приближался май месяц, в который по предположению должен был открыться в Москве Собор на Никона, а ответа от патриархов не было никакого. И вот 24 апреля 1663 г. Паисий Лигарид докладною запискою спрашивал государя: "1) Должен ли я писать и повторить патриарху Вселенскому о деле патриарха Никона? 2) Должен ли я молить Иерусалимского патриарха, пребывающего в Царьграде, чтобы приехал в царствующий град Москву и своим присутствием украсил хотящий быть Поместный Собор? 3) Что нужно написать Мелетию, который, как слышу, уже давно в Царьграде?" Писали ли что из Москвы или не писали, только в мае занялись в Царьграде составлением соборного определения, или свитка, как значится в самом его начале. Времени потребовалось немало, потому что определение вышло очень обширно: оно изложено в 25 главах в форме вопросов и ответов. Оба патриарха, находившиеся в Царьграде, подписали это определение в двух совершенно сходных списках; потом один список был отправлен к патриарху Александрийскому Паисию с самим иеродиаконом Мелетием, а другой список Нектарий послал с своим калугером к Антиохийскому Макарию. Патриархи эти внимательно рассмотрели грамоту и также подписали. Между тем Нектарий Иерусалимский успел уже переехать из Константинополя в Яссы. И здесь-то, наконец, вручены были Мелетию оба списка грамоты патриархов Иерусалимским первосвятителем, который сделал к ней еще особую приписку от себя в феврале 1664 г. Довольно долго, однако ж, и по получении грамоты Мелетий оставался в Яссах частию потому, что на всем пути, и в Молдавской земле, и в Малороссии, происходили военные движения, а частию с целию, не удастся ли как-нибудь склонить на поездку в Москву Иерусалимского патриарха, который то давал обещание ехать, то отменял, так что на случай его приезда русским правительством сделано уже было распоряжение встретить его с такими же почестями, с какими принят был прежде Иерусалимский патриарх Паисий. Когда же патриарху Нектарию будто бы прислан был султанский указ не ехать никуда, далее Ясс, Мелетий отправился в Москву и после многих тревог на пути и нападений от ратных людей прибыл в нее в мае 1664 г., в самый день Пятидесятницы вместе с Амасийским митрополитом Косьмою, который выдавал себя за соотечественника и даже племянника Иерусалимского патриарха Нектария.
