Любовь свою к храмам и святым иконам Никон показал, когда созидал храмы в трех своих монастырях, Иверском, Крестном и Воскресенском, и когда для первого устроил икону Иверской Божией Матери в 14000 рублей, а для второго большой крест с множеством святых мощей и драгоценных украшений. Ту же любовь он показал и при устроении церквей в своих новых каменных палатах. Эти палаты, которые заложил Никон, как только сделался патриархом, подле прежних патриарших покоев и для сооружения которых вызвал лучших немецких мастеров, строившиеся три года и стоившие, как говорили, до пятидесяти тысяч рублей, были предметом удивления для современников. (Кроме каменных великолепных палат Никон тогда же построил для себя на патриаршем дворе и зимние, весьма уютные, деревянные хоромы.) Внизу каменных палат наиболее замечательны были семь присутственных зал, о которых мы уже упоминали, а во втором этаже особенно поражала огромная зала, не столько своею величиною и богатством украшений, сколько чрезвычайно пространным сводом, не опиравшимся ни на каком столбе, называвшаяся крестовою палатою (где ныне мироваренная). В самой средине второго этажа Никон устроил церковь во имя святителей Московских Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, благолепно украсил ее и в ней большею частию и присутствовал при богослужении; над дверями в эту церковь он поместил иконы названных святителей, а внутри ее - портреты всех шести Русских патриархов, бывших до него, следовательно и Игнатия, и свой собственный. Другую благолепную и величественную церковь во имя Пресвятой Троицы устроил в той части второго этажа, которая окнами обращена на площадь к Чудову монастырю (где ныне церковь святых дванадесяти апостолов). Еще две церкви, неизвестные по имени, устроил вверху, в третьем этаже здания, где были комнаты для диаконов, возвышавшиеся над всем городом. Новые палаты патриарха Никона с их церквами совершенно окончены были к концу 1655 г., и 22 декабря он светло отпраздновал свое в них новоселье. При описании в 1658 г. домовой казны и утвари патриарха Никона в палатах его оказалось изумительное множество святых икон и крестов, в том числе унизанных жемчугом и драгоценными камнями, хотя, конечно, нельзя утверждать, чтобы все эти иконы были приобретены или устроены самим Никоном: часть из них могла перейти к нему от прежних патриархов, а другая часть могла образоваться из тех икон, какие были подносимы ему архиереями и настоятелями монастырей и церквей, равно и другими лицами при разных случаях. Мы уже упоминали, как ратовал Никон против икон латинского письма, которые начали было входить у нас в употребление, и требовал, чтобы наши иконописцы неизменно держались древних греческих подлинников и образцов; не менее ратовал он и против неблагочинного употребления православных икон. Существовал у нас тогда обычай, по которому христиане, как бы не довольствуясь теми иконами, какие находились в их приходской церкви, приносили еще в нее каждый свою икону. Этими иконами увешивались все стены церкви, не только боковые от алтаря, но и противоположные ему. Каждый ставил свечу пред своею иконою и пред нею молился, не позволяя того другим. От этого происходило, что когда присутствующие в церкви начинали класть поклоны пред своими иконами, то все смотрели врозь и обращались к алтарю и друг к другу одни боком, другие даже задом, и нарушалось единство в церковной молитве. Никон строго запретил такое чествование святых икон и велел вынести из церквей все иконы, принадлежавшие частным лицам и развешанные по стенам, несмотря на ропот и неудовольствие невежественных людей.

Как правитель Церкви Никон отличался неустанною деятельностию. Начальники всех семи присутственных зал, или приказов, находившихся под его палатами, ежедневно являлись к нему с своими докладами, на которые он тотчас же и давал свои решения. А те просьбы, которые принимал он лично, когда шел в церковь или из церкви, он читал сам и писал на них свои резолюции. Сам испытывал всех ставленников для своей обширной епархии. Они обыкновенно являлись в ту из присутственных палат, которая назначена была для разбирательства дел белого духовенства и находилась под управлением патриаршего казначея, и здесь подавали свои просьбы и документы. Когда просителей собиралось от двадцати до тридцати, казначей представлял всех их с их бумагами патриарху Никону. Никон обходил их с книгою, заставлял каждого читать и петь и тут же полагал свои резолюции на их просьбах: одних удостаивал просимого сана, другим отказывал в просьбе. Для дел более важных или касавшихся всей Церкви Никон часто, как мы видели, созывал Соборы. На одном из этих Соборов, бывшем в октябре 1656 г., была учреждена новая епархия - Вятская. Вятка со всем ее округом доселе состояла в епархии патриарха и, будучи очень удалена от Москвы, нуждалась в особом архипастыре, между тем как в Коломне, довольно близкой к Москве, находился самостоятельный епархиальный епископ. Потому решено было открыть в Вятке епископскую кафедру и переместить на нее Коломенского епископа Александра, самую же епархию Коломенскую закрыть и присоединить ее к области патриаршей. В состав Вятской епархии кроме страны Вятской отделены были из Вологодской епархии Великая Пермь, Чердынь и Соль Камская с уездами, а взамен того к Вологодской перечислены частию из патриаршей, частию из Ростовской епархии Белоозеро, Чаропский округ и Пошехонье с уездами. Учреждение Вятской епархии действительно вызвано было нуждою, но не было никакой нужды закрывать епархию Коломенскую и присоединять ее к патриаршей. Коломенская епархия существовала уже более трех столетий; епархий у нас было очень мало и недостаточно, судя по количеству народонаселения, а епархия патриаршая и без того была слишком обширна. Не без основания подозревали Никона, что он хотел только воспользоваться имуществом и вотчинами Коломенской кафедры и увеличить доходы с своей епархии чрез присоединение к ней Коломенской, а с другой стороны, хотел показать свое неблаговоление к епископу Коломенскому Александру, тайно враждовавшему против новоисправленных книг, переместив его из благоустроенной и обеспеченной епархии в новую, где долго не было своего помещения ни у епископа, ни у его свиты, и на прокормление его дана была только одна вотчина - Бобинский стан да Предтеченский монастырь в городе Котельниче. Александр неохотно покорился новому своему назначению и прибыл на Вятку в город Хлынов только 4 апреля 1658 г. Для наблюдения за духовенством в Москве Никон имел своего рода полицию. Его подьяки ходили по всем соборам и церквам, и если кого из причта не было в церкви или там происходило какое бесчиние, то виновные немедленно подвергались наказаниям, а патриаршие стрельцы постоянно ездили по улицам города и, лишь только встречали пьяного священника или монаха, тотчас тащили его в темницу, где на ноги и на шею накладывали ему кандалы и приковывали его к тяжелой колоде. Никон не давал пощады никому: ни протопопам, ни настоятелям монастырей, ни самим архиереям - и, например, Сибирскому архиепископу Симеону на целый год (с 25 декабря 1656 г. по 25 декабря 1657 г.) запрещал священнослужение за то, как можно догадываться, что он несправедливо предал проклятию одного из дьяков своих, Ивана Струну, и жестоко поступил с боярским сыном Бекетовым, несчастно скончавшимся. Из частных распоряжений Никона нельзя не упомянуть о распоряжениях его относительно татей, разбойников и всяких воровских людей. В 1656 г. он приказал в отсутствие государя из Москвы разослать (от 16 августа) грамоты по всей России и объявить по городам и селам, на площадях и торжищах, на улицах и перекрестках и в других местах, чтобы тати, разбойники и всякие воровские люди без боязни являлись к местным воеводам, старостам и в съезжие избы и приносили покаяние в своих винах пред Богом и государем и что если они таким образом покаются, то государь пожалует их, не велит их казнить, а вместо смерти дарует им живот. Когда же с течением времени оказалось, что эта кроткая мера не принесла пользы, то Никон, рассчитывая подействовать на тех же самых людей страхом, запретил священникам принимать от них исповедь и удостаивать их святого причастия даже пред смертию, на которую они будут осуждены, за что и сам впоследствии на Соборе 1667 г. подвергся осуждению.