Лишь только Неронов подвергся опале, друзья его, составлявшие вокруг него "братию", не дремали. Они положили ходатайствовать за него пред государем. Протопопы Аввакум и Даниил костромской написали о том челобитную и отнесли к государеву духовнику Стефану. Но осторожный Стефан начал уже отделяться от своих задорных друзей, затеявших неравную борьбу с могущественным патриархом, и, по выражению Аввакума, "всяко ослабел", и челобитной "государю не снес". "Братия", впрочем, нашли другой путь к государю и свою челобитную ему подали, а государь передал ее патриарху. Между тем Аввакум отправился провожать Неронова на Каменный остров. И когда воротился, пошел 13 августа ко всенощной в Казанский собор, намереваясь, как бывало прежде, читать в положенное время вместо протопопа Неронова поучение к народу из толкового Евангелия. Но казанские священники не дали ему читать и сказали: ты протопоп в Юрьевце, а не наш, и патриарший архидиакон велел нам самим читать поучения к народу. Аввакум очень огорчился и не стал ходить в Казанскую церковь, а "завел свое всенощное" в сушиле, находившемся на дворе протопопа Неронова, переманил к себе несколько прихожан Казанской церкви, а чрез них позывал и других от церкви в сушило, говоря: "В некоторое время и конюшня-де иные церкви лучше". Священники казанские этого не стерпели и донесли о всем патриарху Никону. Поступок Аввакума был очень важен и противен канонам Церкви: он самовольно устроил особую молельню, самовольно отделялся сам и отделял других от Церкви в самочинное сборище. По приказу патриарха немедленно послан был Борис Нелединский со стрельцами. Они окружили Аввакумову молельню, когда всенощная в ней еще не кончилась, схватили самого Аввакума и богомольцев числом тридцать три, да тут же взяли и челобитчиков, т. е. писавших и подписавших челобитную о Неронове, так что всех взятых было до сорока человек и больше. Аввакум отведен был на патриарший двор и на другой день в оковах отвезен на телеге в Андроньев монастырь. А "братью", т. е. взятых богомольцев и челобитчиков, отослали в тюрьму и держали в ней целую неделю. В следующее воскресенье патриарх велел привести всех их в церковь, и во время литургии прочитал им из правил церковных, которые они нарушили своим самочинным сборищем, и всех предал анафеме и отлучил от Церкви. А трем протопопам, более других виновным как в этом самочинии, так и в составлении челобитной царю за Неронова против патриарха, да и по самому их духовному сану, было особое наказание. Прежде всего Никон "остриг голову" в соборной церкви в присутствии самого царя костромскому протопопу Даниилу и, сняв с него однорядку, отослал в Чудов монастырь на работу в хлебной, а чрез несколько времени сослал в Астрахань. Потом точно так же остриг в соборной церкви и при царе во время большого выхода за обеднею муромского протопопа Логгина, снял с него однорядку и кафтан и в цепях отослал в Богоявленский монастырь, а потом отправил в Муром, велев ему жить в деревне у отца под началом. Дошла очередь и до Аввакума. Чрез десять дней после заключения его в Андрониевой обители он приведен был пешком в Патриарший приказ и оставался здесь целый день пред судьями на расспросе про челобитную, а потом снова отпущен в тот же монастырь. Там просидел он всего четыре недели. В Никитин день (15 сентября), когда происходил в Москве крестный ход, привезли Аввакума к Успенскому собору. Сам патриарх совершал литургию, Аввакума держали у порога храма, все ждали времени, как начнет патриарх "стричь" протопопа. Но когда оно настало, внезапно государь сошел с своего места, приблизился к патриарху и упросил его не стричь Аввакума. Патриарх уступил: Аввакуму, более других виновному, сделано было снисхождение, он остался протопопом. Его передали только в Сибирский приказ и потом сослали с женою и детьми в Тобольск, где местный архиепископ дал ему и священническое место. Если протопоп Неронов подвергся церковному наказанию вовсе не за ревность по вере, а за величайшее оскорбление патриарха пред лицом целого Собора, то и три другие протопопа, Даниил, Логгин и Аввакум, пострадали точно так же вовсе не за ревность по вере, а за то, что вздумали защищать пред царем в укор патриарху своего до крайности виновного патрона, а еще более за то, что дерзнули устроять самочинное сборище. Неизвестно в подробностях, как происходил суд над этими тремя протопопами и над теми богомольцами, которые взяты были в молельне Аввакума, но они судились несомненно по правилам Церкви (см. правила святых апостолов 31, 55 и святого Василия Великого 1 и др.), и если виновным предложено было троекратное увещание, а они не раскаялись, то осуждены совершенно справедливо, хотя, без сомнения, при наказании их можно было бы обходиться с ними не с такою жестокостию и не предавать их такому позору.

Протопопа Неронова известили в его заточении, какая судьба постигла его ближайших друзей протопопов. И он написал к государю (от 6 ноября 1653 г.) ходатайственное письмо об этих "заточенных, и поруганных, и изгнанных", утверждая вопреки правде, что они осуждены мирским судом, а не по правилам Церкви, что много лет служили эти страдальцы и прежде и порока в них никакого не замечалось, да и сам Никон не делал тогда на них никакого извета, а ныне они оболганы и Никон поверил клевете на них. Затем Неронов уверял, что не собственные скорби и страдания понудили его вопить к государю, но страх, как бы благочестие не было в поругании и гнев Божий не излился на Россию, и умолял царя утишить бурю, смущающую Церковь, прекратить брань, погубляющую сынов Церкви. Царь сам не отвечал Неронову, но духовник его Стефан, конечно по его поручению, два раза писал к бывшему своему другу, казанскому протопопу, и убеждал его смириться, быть в послушании патриарху, примириться с ним и извещал, что Никон патриарх оправдывает себя в своих действиях против него, ожидает от него и друзей его истинного покаяния и готов простить их. Но неукротимый Неронов с укорами отвечал (от 27 февраля 1654 г.) Вонифатьеву: зачем ты оскорбил меня?.. Я не могу принять твоего совета: мы ни в чем не согрешили пред отцом твоим Никоном патриархом... твой же отец Никон патриарх напрасно оправдывается: он смиряет нас неправильно, не по Писанию, но страсть свою исполняет и мучит нас за правду... Он ждет, чтобы мы попросили у него прощения, - пусть и сам он попросит у нас прощения и покается пред Богом, что оскорбил меня туне... и пр. От того же 27 февраля Неронов отправил обширное послание и к царю Алексею Михайловичу. Здесь прежде всего умолял о тех же "заточенных, поруганных, изгнанных без всякой правды" друзьях своих, осужденных будто бы мирским судом, а не по правилам Церкви, и напоминал царю о временах антихриста, когда Христовы рабы гонимы будут, носящие на себе знамение Небесного Царя. Потом указывал на известную "Память", или указ, Никона, содержавший два его распоряжения относительно поклонов во святую Четыредесятницу и относительно троеперстия для крестного знамения. Первое распоряжение называл прямо "ересью непоклонническою", и совершенно несправедливо, потому что так называемая ересь неколенопоклонников состояла в том, чтобы на молитве никогда не класть земных поклонов и молиться всегда стоя, а Никон вовсе не запрещал употребления земных поклонов ни в церковных, ни в домашних молитвах; он предписывал только, чтобы во святую Четыредесятницу при чтении молитвы святого Ефрема Сирина не клались одни земные поклоны (числом 17), а клались лишь четыре земных, прочие же все поясные. Против второго распоряжения Никона защищал двуперстие для крестного знамения и ссылался на Мелетия Антиохийского, Феодорита, Максима Грека, каковы эти доказательства, мы уже видели прежде. Далее уверял, что ничем не согрешил "пред мнимым владыкою" (т. е. Никоном) и что говорил к нему одну истину, вступившись за честь царского величества, им поругаемую и ни во что поставляемую, да и за своих страждущих братьев, и молил царя созвать Собор, на котором бы присутствовали не одни архиереи, но и другие духовные лица и добродетельные миряне всякого чина. Под конец послания выражался: "От патриарха, государь, разрешения не ищу, потому что он осудил меня не по правилам св. апостолов и св. отцов (совершенная неправда!), но своей ради страсти; я сказал ему правду, а он за то возненавидел меня, и не меня только, но всю братию - рабов Христовых". Прочитав это послание, царь дал приказ, чтобы Неронов впредь к нему не писал. И Вонифатьев, передавая этот приказ Неронову, извещал его вместе, что царь удивляется его упрямству и ни царь, ни царица не одобряют его, что "царь государь положил свою душу и всю Русию на патриархову душу" и за патриархом ничего худого не видал, что относительно поклонов царь согласуется с государем патриархом и со властьми, а крестное знамение будет, как было издревле. Но Неронов и теперь остался непреклонен и от 2 мая отвечал Вонифатьеву: "Пусть вы не блазнитесь о патриархе - все он доброе творит, но я соблазнился и братия, потому что он принял на себя мучительский сан и братию мучительски мучит, одних остриг, других проклял... Не вменяй в упрямство, что я не прошу у патриарха прощения: я не признаю себя согрешившим пред ним... Если патриарх ищет от нас послушания, то послушай и он Христа Спаса, повелевающего не воздавать злом за зло и ударившему в ланиту подставлять и другую..." и пр.