Когда праздники миновали, патриархи снова принялись за дело, для которого были призваны. Генваря 14-го числа по их назначению все архиереи собрались в патриаршем дворце для подписания акта о низложении Никона.

Но едва был прочитан доклад, как, к общему изумлению, два архиерея, Крутицкий митрополит Павел, блюститель патриаршества, и Рязанский митрополит Иларион, те самые, которые во время суда более всех действовали против Никона, объявили, что не подпишут приговора об его низложении, а их примеру последовали и некоторые другие русские архиереи. Поводом к этому, как свидетельствует Паисий Лигарид, послужили некоторые неточные и неправильно понятые выражения в докладе, заимствованные из известного свитка четырех Восточных патриархов, на основании которого происходил суд над Никоном. В докладе помещено было именно следующее место из второй главы свитка, по славянскому переводу: "От сих познавается, единаго царя государя быти владычествующа всея вещи благоугодныя, патриарха же послушлива ему быти, яко сущему в вящшем достоинстве и местнику Божию". Русские архиереи поняли, что здесь несправедливо унижена патриаршая власть пред царскою, что если царь один есть верховный владыка во всякой вещи благоугодной, а патриарх должен быть ему послушлив, то последний должен подчиняться царю и во всех вещах, или делах, духовных и церковных, что чрез это отнимается всякая самостоятельность у Русской Церкви и ее правительства и Церковь совершенно порабощается государству, а потому отказывались подписаться под актом о низложении Никона, пока не будет исправлено в патриаршем свитке неправильное учение об отношениях царской и патриаршей власти. Высказав свою мысль, Павел Крутицкий и Иларион Рязанский тотчас же вышли из собрания, а прочие архиереи хотя и подписали акт, но не могли изгладить тем общего смущения, происшедшего на Соборе, и особенно того огорчения, какое почувствовали патриархи. Царь также был огорчен и встревожен. Закрывая заседание, патриархи сказали, чтобы все архиереи у себя на дому внимательно обсудили вторую главу патриаршего свитка и чрез два дня представили о ней свои краткие письменные отзывы. Чрез два дня архиереи снова собрались в патриарший дворец, и принесли каждый свои записки, и представили патриархам, одни о превосходстве епископской власти вообще, а не патриаршей только, а другие о превосходстве царской власти велено было читать и обсуждать сперва записки первого рода. Читаны были выписки из общеизвестной книги святого Иоанна Златоуста о священстве, в которых он такими яркими чертами изображает высоту священства, его неземную власть вязать и решить, низводить на верующих Святого Духа, возрождать их, примирять с Богом, и пр. (см. Слово 3. О священстве). Читались потом отрывки из других святых отцов: Епифания, Григория Богослова, Григория Двоеслова. Русские архиереи останавливали чтение и указывали, как ясно в том или другом месте выставлялось превосходство епископского сана по отношению к мирской власти. Паисий Лигарид постоянно являлся истолкователем всего прочитанного, давал ответы русским архиереям, старался всячески умалять значение указываемых ими мест и с этою целию пускался в продолжительные и утомительные разглагольствования. День совсем уже склонился к вечеру, почему патриархи объявили, что вопрос о царском служении отлагается до завтра, и, преподав всем благословение, закрыли заседание. На следующий день, когда епископы по-прежнему собрались в патриаршей палате, Паисий Лигарид после объяснения одного места из святого Епифания, которое объяснить обещался в предшествовавшем заседании, выступил жарким защитником царской власти сравнительно с епископскою и произнес обширную речь. Он говорил о происхождении царской власти у иудеев, о ее высоте, широте, неограниченности у всех народов, обращался и к иудейской истории, и к истории египтян, греков, римлян, приводил не только священных, но и языческих писателей, особенно восхвалял царя Алексея Михайловича, его победы, его заботливость о Церкви, приглашал всех молиться о нем, не раз оканчивал свою речь и снова начинал и продолжал. Никто ему не возражал, а однажды будто бы все, как сам свидетельствует, рукоплескали ему после пламенных его слов о царе Алексее Михайловиче. По окончании заседания, в наступившую ночь архиереи Павел Крутицкий и Иларион Рязанский, не участвовавшие в двух последних заседаниях Собора, тайно подали патриархам свою просьбу - походатайствовать за них пред государем о прощении за высказанную ими смелость и противление. В этой просьбе они писали, как высоко, по Златоусту, епископское звание и как часто оно унижается пред царскою и вообще мирскою властию, и, между прочим, говорили патриархам: "Вы находитесь под властию неверных агарян и если страдаете, то за ваше терпение и скорби да воздаст вам Господь. А мы, которых вы считаете счастливыми, как живущих в православном царстве, мы трикратно злополучны; мы терпим в своих епархиях всякого рода притеснения и несправедливости от бояр и хотя большею частию стараемся скрывать и терпеливо переносить эти неправды, но мы ужасаемся при мысли, что зло с течением времени может увеличиваться и возрастать, особенно если будет утверждено за постоянное правило, что государство выше Церкви. Мы вполне доверяем нашему доброму и благочестивейшему царю Алексею Михайловичу, но мы опасаемся за будущее..." Патриархи немедленно позвали к себе Паисия Лигарида, и он, прочитав просьбу двух архиереев, будто бы тут же ночью сказал пред патриархами в защиту царской власти новую длинную и витиеватую речь, если только не сочинил ее после, что представляется более вероятным. На следующий день архиереи опять собрались в патриаршем дворце, прочитано было еще несколько свидетельств о царской и патриаршей власти, выслушаны были новые пространные разглагольствования Паисия и новые похвалы царю Алексею Михайловичу. И наконец, когда на вопрос Паисия: "Желаете ли выслушать еще другие свидетельства?" - все единогласно ответили: "Сказанного даже более, чем достаточно", патриархи сказали: "Пусть будет заключением и результатом всего нашего спора мысль, что царь имеет преимущество в политических делах, а патриарх в церковных". Все рукоплескали и взывали: "Многая лета нашему победоносному государю, многая лета и вам, святейшие патриархи!"

Услышав о всем этом, Павел Крутицкий и Иларион Рязанский смирились и подписали соборный акт о низложении Никона; первый подписался на своем месте между митрополитами, а последний - ниже всех, даже епископов, и оба в своих подписях выразились: "На извержение Никоново, по священным правилам бывшее (содеявшееся), подписал", чего в других подписях не встречаем. Всего же архиереев, русских и иноземных, под этим актом подписалось 23: два патриарха, десять митрополитов, семь архиепископов и четыре епископа. И нельзя не обратить внимания на то, что в числе подписавшихся находился и митрополит Иконийский Афанасий. Прежде, как мы видели, он постоянно и с жаром стоял за Никона и вел с ним переписку из Симонова монастыря, где проживал под началом, а теперь этот самый Афанасий присутствовал на всех заседаниях соборного суда над Никоном и подписал обвинительный на него приговор. Но хотя Крутицкий и Рязанский подписали, наконец, приговор над Никоном, они этим не отвратили от себя гнева патриархов. Вечером 24 генваря все архиереи собрались в кельях Александрийского патриарха Паисия (он как-то упал и повредил себе ногу, отчего не мог выходить из своих комнат) и на вопрос патриархов: "Чему подлежат оказавшие прямое неуважение двум патриархам и противление всему Собору?" - отвечали: "Церковному наказанию". Тотчас же позваны были в собрание виновные архиереи и, вошедши, хотели по обычаю облобызать руки у патриархов, но патриархи не дали им своего благословения и рук, а грозно спросили: "Почему это вы, казавшиеся прежде более других разумными, ревностными и как бы столбами Собора, вдруг сделались такими непокорными?" Спрошенные стали извиняться и в оправдание свое, между прочим, сказали, что введены были в заблуждение ошибочным переводом Паисия Лигарида. Паисий перевел свиток четырех патриархов с греческого на латинский язык, а с латинского на славянский перевел кто-то неизвестный. И место во второй главе свитка, послужившее камнем соблазна, действительно переведено было ошибочно. Оно гласило в славянском переводе, что царь один есть властитель "всея вещи благоугодныя", патриарх же должен быть ему послушен; между тем как в греческом тексте говорилось, что царь один есть владыка "во всяком деле политическом" ?????? ????????? ?????????, а патриарх должен быть ему подчинен... и отнюдь не должен ни хотеть, ни делать "в политических делах" ничего такого, что было бы противно воле царской. Оправдание это, впрочем, едва ли могло иметь силу: трудно поверить, чтобы в продолжение всего спора никто не объяснил архиереям, что смущавшее их место в свитке переведено неправильно и в подлиннике имеет другой смысл. И патриархи действительно не обратили на это оправдание никакого внимания, а сделали обоим сопротивлявшимся владыкам пред всем Собором весьма строгий выговор и сказали: "Ступайте и на некоторое время не совершайте никакой Божественной службы". Вместе с запрещением священнослужения Павел, митрополит Крутицкий, бывший блюстителем патриаршего престола, подвергся и другой каре: отрешен от этой должности, и она поручена Сербскому митрополиту Феодосию. Такое сильное и неожиданное наказание поразило всех архиереев, тем более что оно не могло быть названо и справедливым. Когда обвиненные архиереи вышли, патриархи объявили оставшимся, что скоро имеет быть избрание нового Московского патриарха и чтобы они были к тому готовы.