В марте 1888 г., закончив все организационные формальности, он с радостью сообщил своему ученику: «Одною ногою мы уже в Тибете. Экспедиция утверждена <…>. Пойдешь ты, Роборовский, 6 солдат из Москвы, 5 казаков из Забайкалья и 13 солдат и казаков из Туркестана. <…>. Займись выбором солдат для экспедиции <…> 10 апреля я приеду в Москву и тогда ты представишь мне намеченных». Вместе с этим письмом Козлов получил и официальный вызов в экспедицию: «Высочайше <…> повелено зачислить Вас в состав моей новой экспедиции в Центральную Азию»[39]. В тот раз Козлов был утвержден уже в качестве старшего помощника ее начальника.
Пржевальский собирался в этом путешествии осуществить свою мечту: попасть в закрытую для европейцев столицу Тибета – Лхасу. Однако судьба распорядилась иначе: в самом начале экспедиции, в октябре 1888 г., недалеко от г. Каракол, где была устроена база для окончательного снаряжения каравана, Пржевальский тяжело заболел, заразившись брюшным тифом, и умер[40].
«Слезы, горькие слезы душили каждого из нас, – вспоминал Козлов спустя годы. – Мне казалось, такое горе пережить нельзя <…> да оно и теперь еще не пережито»[41]. Боль утраты для Козлова была столь сильна, что в первый момент, осознав непоправимость происшедшего, он хотел покончить жизнь самоубийством. К счастью, фельдфебель Г. И. Иванов – участник экспедиций Пржевальского, а затем и Козлова, хорошо знал, как дорог Козлову его учитель, и спрятал принадлежавший Петру Кузьмичу револьвер. «Иванов бросился ко мне с Роборовским, – описывал Козлов эти события в письме Е. В. Пушкаревой, – схватили за руки и успокоили. Они оба не отходили от меня, и Роборовский взял слово. Я слово не дал и, в одиночестве пробыв три дня, я бросил мысль [о самоубийстве]»[42].
Хоронили Пржевальского на берегу озера Иссык-Куль со всеми воинскими почестями, которые полагались ему как генералу. В соответствии с приказом начальника Каракольского гарнизона о порядке похорон непосредственно за гробом следовали члены экспедиции под командованием подпоручика Козлова, затем 5-й Западно-Сибирский линейный батальон и два орудия 3-й Горной батареи Западно-Сибирской артиллерийской бригады[43].
Козлов всю жизнь боготворил Пржевальского. Он был для него идеалом профессионализма, нравственности, ответственности. «Преданность традиции, а главное неугасимая память об учителе, творят его благородство»[44], – писал о Козлове один из сотрудников его Монголо-Тибетской экспедиции 1923–1926 гг. Сергей Александрович Кондратьев. Данью уважения и памяти об учителе стали многочисленные публикации Козлова о нем. Пржевальскому был посвящен и самый значимый его географический труд «Монголия и Кам»[45], написанный по результатам Монголо-Камской экспедиции 1899–1901 гг. Козлов предварил ее словами: «Памяти незабвенного своего учителя, первого исследователя природы Центральной Азии Николая Михайловича Пржевальского посвящает труды экспедиции П. Козлов».
В 1913 г. вышла в свет книга Козлова «Николай Михайлович Пржевальский, первый исследователь природы Центральной Азии» – своеобразное подношение ученика учителю. Эмоционально и искренно он рассказал о Пржевальском, о его экспедициях, об их знакомстве и участии Пржевальского в его судьбе.
Проводив в последний путь незабвенного учителя, Козлов и Роборовский начали хлопотать в РГО о продолжении экспедиции. Совет РГО поддержал спутников Пржевальского и постановил обсудить этот вопрос с Главным штабом[46]. Новый, сокращенный план экспедиции 10 декабря 1888 г. по представлении Военного министра утвердил Александр III[47]. Ее главной целью стало исследование горной системы Куньлунь от р. Юрункаш до меридиана озера Лобнор и Северного Тибета («прилежащей к нему [Лобнору] на юге полосы Тибетского нагорья приблизительно до параллели 35°»). Руководство экспедиции было поручено полковнику (с 1891 г. – генерал-майору) Главного штаба Михаилу Васильевичу Певцову (1843–1902)[48]. К этому времени он уже имел опыт по изучению отдельных районов Центральной Азии: в 1876 и 1878–1879 гг. возглавляя охрану торговых караванов, Певцов дал географическое описание территорий по маршруту их следования – Джунгарии (1876) и Западной Монголии и Северного Китая (1878–1879)[49]. Кроме того, в 1883 г. Певцов участвовал в установлении («в натуре») государственный границы с Китаем к востоку от озера Зайсан. Роборовский и Козлов были назначены его старшими помощниками. Совет РГО со своей стороны командировал в экспедицию геолога К. И. Богдановича (1864–1947)[50].
Тибетская экспедиция под руководством Певцова 14 мая 1889 г. выступила из Каракола и через уже знакомый перевал Бед ель вступила в Кашгарию, которую пересекла от Тянь-Шаня через Яркенд и обследовала северные отроги Куньлуня. Зиму 1899–1900 г. путешественники провели в оазисе Ния, где была установлена первая метеорологическая станция в глубине Центральной Азии. Отсюда в апреле 1900 г. Певцов приступил к изучению северных пределов Тибетского нагорья. Эти работы продолжались до октября. На обратном пути участники экспедиции обогнули с востока пустыню Такла-Макан, пересекли Восточный Тянь-Шань и Джунгарию по дороге от Урумчи к Зайсану, куда прибыли в начале января 1891 г.
В ходе проведенных работ была исследована и нанесена на карту горная система Куньлунь, уточнены сведения о размерах и положении озера Лобнор, обследован оазис Токсун в Турфане, где была выявлена депрессия ниже уровня моря (130 м)[51], проведены сборы геологических образцов по маршруту и собраны богатые зоологические и ботанические коллекции[52].
Тибетская экспедиция Певцова прошла с маршрутно-глазомерной съемкой около 11000 км. Из них 5000 км составили боковые экскурсии Козлова, Роборовского, Богдановича. Козлов совершил четыре самостоятельные поездки. Первую, самую длительную (с 18 июля по 1 сентября 1889 г.), он сделал вместе с препаратором в долину верхнего течения реки Халастан. Здесь, в урочище Дове, расположенном на высоте 4000 м над уровнем моря, они собрали интересную зоологическую коллекцию и географические сведения об этой местности. Описания двух других экскурсий – на реку Кончедарья и озеро Баграшкуль (Баграшкёль), вошли в общий отчет Тибетской экспедиции как авторская работа Козлова[53].
В этой экспедиции Козлов, как и в предыдущем путешествии с Пржевальским, отвечал за сбор зоологических коллекций. Во многом его стараниями в Петербург были доставлены 60 видов млекопитающих, 220 видов птиц (1200 экземпляров), 11 видов рыб (100 экземпляров), 20 видов пресмыкающихся и земноводных (80 экземпляров), 200 видов насекомых[54]. Результаты своих зоогеографических наблюдений он изложил в статье «Географическое распределение млекопитающих и птиц в местностях, исследованных Тибетской экспедицией М.В. Певцова», опубликованной в «Ежегоднике Зоологического музея» за 1899 г.[55]
Совет РГО высоко оценил первые успехи начинающего исследователя природы Центральной Азии. По представлении вице-президента РГО П. П. Семенова-Тян-Шанского, секретаря Общества А. В. Григорьева и Роборовского 14 мая 1891 г. Козлов был избран действительным членом РГО[56], all января 1892 г. Совет РГО удостоил его вместе с Роборовским и Богдановичем своей только что утвержденной награды – серебряной медали имени Н. М. Пржевальского[57]. Кроме того, ему был высочайше пожалован орден Св. Анны 3-й степени и пожизненная пенсия в 150 руб.[58] Военное ведомство отметило участие Козлова в Тибетской экспедиции производством его в поручики (1 сентября 1891 г.).