В самой России тяжкие обстоятельства отечества постоянно вызывали Иону принимать участие в делах гражданских. Обстоятельства эти были: междоусобная брань, которую упорно продолжал вести против великого князя Василия Васильевича князь Димитрий Юрьевич Шемяка с своими сообщниками, и частые набеги татар. Еще в первой своей окружной грамоте ко всем сынам России (в конце 1448 г.), извещая их о своем вступлении на кафедру, митрополит Иона писал: "Вы сами, дети, знаете, сколько зла и запустения земле нашей учинилось от князя Димитрия Юрьевича, сколько пролито христианской крови. Неоднократно он приходил в себя, бил челом великому князю, целовал крест, а недавно еще сам написал на себя клятвенную ("проклятую") грамоту - и все изменяет". Затем святитель убеждал сторонников Димитрия, чтобы они пощадили собственные души, перестали проливать кровь, покорились великому князю, и угрожал в случае их неповиновения и ожесточения затворить в стране их храмы Божии. В следующем году, когда Шемяка, несмотря на свои клятвы, снова восстал против великого князя на Костроме, Василий Васильевич, отправляясь туда с войском, взял с собою митрополита и епископов, может быть в надежде, что они убедят клятвопреступника и образумят; по крайней мере, Шемяка на этот раз действительно смирился. Но чрез несколько месяцев опять поднял рать в Галиче и, будучи побежден великим князем, убежал в Новгород и продолжал действовать оттуда против своего соперника. Святитель Иона обратился с пастырскими наставлениями к новгородцам, несколько раз отправлял к ним своих послов и грамоты, чтобы они не держали у себя князя Димитрия, не ходили с ним проливать христианскую кровь, поберегли свои души; в частности, владыке Новгородскому Евфимию писал, чтобы он убедил Димитрия искренно покаяться и бить челом великому князю. А когда владыка как бы в защиту новгородцев указал однажды на некоторые извинения. Иона отвечал ему: "Ты пишешь, будто я сам называю в моей грамоте князя Димитрия Юрьевича сыном. Посмотри внимательнее в ту мою грамоту и уразумей, так ли в ней написано. Я не велел вам с ним ни есть, ни пить, потому что он сам отлучил себя от христианства, своею волею наложил на себя великую церковную тягость, написал на себя клятвенную грамоту, чтобы не мыслить зла против великого князя, да все то изменил. Так можно ли мне, по Божественным правилам, называть его своим духовным сыном? Нет, я как прежде, так и теперь вместе с прочими владыками считаю князя Димитрия неблагословенным и отлученным от Церкви Божией. Ты пишешь еще, что и прежде русские князья приезжали в дом святой Софии в Великий Новгород и им по силе оказывали честь и, однако ж, прежние митрополиты грамот с такою тягостию не присылали. Но скажи мне, сын мой, какие князья прежде причинили столько зла великому князю, нарушая крестное целование, или, приехав к вам и оставляя у вас всю свою семью, ходили от вас по великому княжению губить христианство и проливать кровь? Как прежде у вас этого не бывало, то так и не писали к вам прежние митрополиты". Вскоре после этой грамоты князь Димитрий Юрьевич скончался в Новгороде (1453). Действуя таким образом на новгородцев своею духовною властию, митрополит не оставлял без внимания и прочих сторонников Шемяки. В продолжение своей многолетней борьбы с Василием Васильевичем он часто находил для себя помощь в колонии новгородской - Вятке. Иона послал туда (около 1452 г.) две грамоты. В одной он укорял вятичей за то, что они соединились с отлученным от Церкви князем Димитрием Юрьевичем и вопреки крестному целованию многократно ходили с ним на вотчины великого князя, грабили и разоряли церкви, бесчеловечно мучили и умерщвляли христиан, продавали пленников в поганство, и убеждал их исправиться, бить челом великому князю, ручаясь за его милость и угрожая в противном случае своим неблагословением. Во второй грамоте, обращенной собственно к пастырям, святитель резко порицал их за их совершенную небрежность в исполнении своего долга, за крайнюю распущенность и испорченность их паствы, налагал на них тягость церковную, пока не исправятся, и говорил, что если вятчане не перестанут от своих злых дел и не покорятся великому князю, то будут отлучены от православной Церкви. Главным союзником Шемяки против великого князя был князь Иван Андреевич можайский. Этот князь, услышав (в 1454 г.), что Василий Васильевич идет на него ратью, бежал со всем семейством своим в Литву. Тогда святитель Иона написал к Смоленскому владыке Мисаилу, чтобы он позаботился, как бы от князя Ивана не сделано было каких пакостей для вотчин великого князя и чтобы сообщил о том литовскому канцлеру.

Ревностный помощник великому князю против врагов внутренних, святитель Иона всячески старался содействовать ему и против внешних врагов монголов. Зависимость наша от них почти уже не существовала, но они еще часто вторгались в наши пределы и в случае успеха заставляли смиряться нашего великого князя и даже платить ордынскую дань. Чтобы успешнее отражать их набеги, великий князь нуждался в помощи от других русских князей. И вот святой Иона для возбуждения их к этому иногда слал к ним свои пастырские грамоты, как к можайскому князю Ивану Андреевичу, иногда отправлял своих послов, как отправлял к тому же князю Коломенского владыку Геронтия, а иногда убеждал местных епископов ходатайствовать о том пред своими князьями. Так, по случаю похода великого князя Василия Васильевича на казанских татар Иона писал (1451-1452) Тверскому епископу Илии: "Благословляю тебя, моего сына о Святом Духе, чтобы ты по своему святительскому долгу говорил, бил челом и твердо докучал великому князю Борису Александровичу, чтоб послал он к великому князю Василию Васильевичу своих воевод на тех безбожных с своими многими людьми за святые церкви Божии и за все православное христианство. Сам ты знаешь, что если милосердием Божиим учинится какое добро нашему великому государю для устроения христианского и истины, то это будет общее добро всего нашего православного христианства, а если не так станется по грехам нашим, это будет наше общее несчастие... Верую Христу, моему Владыке, что кому случится из православных умереть на той брани, те пострадают за святые церкви Божии и за все православное христианство и подобно древним мученикам восприимут от Христа венец мучения". Еще более святой Иона подкреплял оружие великого князя против татар своими пламенными молитвами. В 1451 г., когда ногайский царевич Мозовша с многочисленными хищниками вторгнулся в Россию, Василий Васильевич, отправляясь из Москвы для собирания войска, поручил ее митрополиту и боярам. Июля 2-го татары приблизились к столице и зажгли ее посады. Сильный ветер гнал на Кремль облака дыма и угрожал ему пожаром. Тогда святитель со всем освященным Собором при бесчисленном стечении народа начал совершать по стенам города крестный ход - и ветер внезапно утих. Увидев во время хода одного инока Чудова монастыря по имени Антония, отличавшегося благочестием, святой Иона сказал: "Брат Антоний, помолись прилежно Богу об избавлении города и всего православия от безбожных агарян", Антоний отвечал: "Ты великий архиерей Божий, твоей молитвы не презрит Богородица - агаряне будут прогнаны, и я один буду уязвлен ими". Когда он произносил эти слова, неприятельская стрела действительно поразила его, и он вскоре умер. Ночью предсказание его исполнилось: враги бежали от Москвы, услышав великий шум в городе и полагая, что великий князь пришел с войском. Первосвятитель сам почтил погребением достойного инока. Впоследствии, когда святой Иона на место умершего владыки Новгородского Евфимия поставил друга и соименника своего Иону (в феврале 1459 г.) и оба они вместе испросили у великого князя Василия Васильевича милость людям новгородским, оба эти святителя с дерзновением обещали ему испросить у Бога того, что не будут более ордынские цари одолевать Русской державы и великие князья перестанут ходить в Орду на поклонение царям, а начнут самодержавно царствовать в своем отечестве; оба предсказывали Великой Орде разорение, а Русскому царству распространение.