К третьему историографическому этапу в изучении роли енисейского казачества в революциях 1917 г. и Гражданской войне можно отнести и роман А. Т. Черкасова «Конь рыжий» из трилогии «Сказание о людях тайги», вышедший в свет 1972 г.16 Несмотря на то, что автором в произведении енисейское казачество показано традиционно негативно, как сила, выступающая против советской власти и социалистических преобразований в регионе, тем не менее роман способствовал значительному росту читательского интереса к истории енисейского казачества.

На четвёртом этапе, с начала 1990-х гг., в связи с изменением политической ситуации в стране появилось значительное количество работ по истории казачества, посвящённых участию казаков в революционных событиях 1917 г. и Гражданской войны. Так, заметным событием в изучении истории казачества Востока России, в том числе и участия енисейских казаков в Гражданской войне, стал выход в 1995 г. трёхтомной «Истории казачества Азиатской России»17. Второй том издания посвящён истории казачества азиатской части России в XIX–начале XX в. Содержащиеся в нём сведения позволяют проследить экономическую и социально-политическую ситуацию в казачьих регионах Сибири к 1917 г. Третий том посвящён истории казачества Азиатской России в XX в., в том числе участию казачества в Гражданской войне. Следует, однако, отметить, что информация о енисейском казачестве в настоящем издании чрезвычайно ограничена. Краткое упоминание о енисейском казачестве содержится и в вышедшей позднее энциклопедии «Казачество»18.

Большое внимание исследованию участия енисейского казачества в Гражданской войне в этот период уделяет в своих работах А. П. Шекшеев. В своих статьях «Енисейское казачество: антисоветская борьба и трагический исход» и «Енисейское казачество в период революции и Гражданской войны: проблемы истории» он даёт общее описание участия енисейского казачества в Гражданской войне, стремится сделать анализ основных факторов, определивших его положение в регионе в этот период19. Также самый общий анализ положения енисейского казачества в период революции и Гражданской войны содержится в статье А. Е. Богуцкого «Взаимоотношения казачества и Советской власти в 1917–1922-е гг.»20.

К попыткам более подробно рассмотреть причины, определившие характер деятельности енисейских казаков в период Гражданской войны, можно отнести работу В. А. Шулдякова «О причинах сословных противоречий и борьбе между казачеством и крестьянством Енисейской губернии в период революции и Гражданской войны»21. В ней автор исследует историю отношений енисейского казачества с основными социальными группами Енисейской губернии в 1917–1920 гг. и делает вывод об экономических предпосылках конфликта крестьян и казаков в Енисейской губернии, послужившего основой вооружённого противостояния в регионе. В. Я. Бутанаевым и Б. Я. Индыгашевым в статье «Хакасский элемент в истории енисейского казачества»22 была сделана попытка рассмотреть отношения енисейских казаков с инородческим населением Енисейской губернии, выяснить причины и формы сотрудничества этих двух групп в период Гражданской войны. Процессам формирования казачьего населения Восточной Сибири посвящена монография Г. Ф. Быкони23. В монографии Г. И. Романова и П. А. Новикова «Иркутское казачество»24 идёт речь о довойсковом периоде истории иркутского казачества. Она содержит значительное количество материалов, связанных с казачьими обществами Восточной Сибири, в том числе и енисейским казачеством. В работе подробно рассматривается социальное устройство восточносибирского казачества, его расселение, численность, землеустройство, участие в войнах и конфликтах начала XX в. Новейшая работа Ю. А. Петрушина, посвящённая казачеству Восточной Сибири, даёт возможность проследить его культурные и хозяйственные основы жизни, приведшие к противостоянию казаков и Советской власти в 1917–1922 гг.25

Большое внимание уделяют историки деятельности первого атамана Енисейского казачьего войска А. А. Сотникову. И. В. Коняхина в своей статье «Мятеж Красноярского казачьего дивизиона в 1918 г.» детально восстановила ход мятежа енисейских казаков под руководством Сотникова в конце 1917 – начале 1918 гг. и выявила основные причины его неудачи26. Личность А. А. Сотникова и его деятельности в 1917–1920 г. изучена в статье А. П. Шекшеева «Атаман Сотников»27. В другой работе А. П. Шекшеев рассматривает личность енисейского казака И. Н. Соловьёва, участника антисоветского повстанческого движения28. Кроме того, в своей монографии «Гражданская смута на Енисее» А. П. Шекшеев даёт подробную характеристику основных участников революционных событий 1917 г. и Гражданской войны в Приенисейском крае, в том числе и ряда енисейских казаков29. Личности одного из самых активных участников Гражданской войны из числа енисейских казаков, командиру Енисейского казачьего полка посвящена статья А. Е. Богуцкого «Одиссея есаула Г. К. Бологова»30. Краткие статьи о енисейских казаках, войсковых атаманах и командирах отдельных частей, В. Л. Попове, Н. И. Потанине, А. И. Феофилове, имевших в годы Гражданской войны генеральские звания, помещены в справочнике «Белые генералы Восточного фронта Гражданской войны»31.

Значительное внимание енисейскому казачеству уделяется в работах, посвящённых казакам других регионов Сибири. Так, в ряде статей В. А. Шулдякова рассматриваются процессы расказачивания и оказачивания, развернувшиеся в Сибири и, в частности в Енисейской губернии32. Кроме того, в своей фундаментальной работе «Гибель Сибирского казачьего войска», по истории Сибирского казачьего войска в Гражданской войне, В. А. Шулдяков исследует и историю енисейского казачества в той мере, в какой она оказалась связанной с судьбами казачества сибирского в этот период33.

Деятельности енисейского казачества уделено внимание и в работах, посвящённых изучению отдельных вопросов, связанных с революционными событиями и ходом Гражданской войны в Сибири. В монографии Н. С. Ларькова «Начало Гражданской войны в Сибири. Армия и борьба за власть»34, где исследуется роль армии на начальном этапе Гражданской войны в Сибири, рассматривается, хотя и достаточно кратко, участие енисейского казачества в политической борьбе в 1917– 1918 гг., в том числе восстание Красноярского казачьего дивизиона. В монографии В. Г. Дацышена и Г. А. Ондар «Саянский узел»35 участие казаков в событиях Гражданской войны в регионе изучается в контексте русско-тувинских отношений начала XX в. Авторами подробно рассмотрена деятельность енисейских казаков в отрядах Р. Ф. Унгерн-Штернберга и А. С. Бакича и их роль в попытках возобновления боевых действий против Советской власти в Сибири в 1920–1921 гг.

П. А. Новиков в своей работе «Гражданская война в Восточной Сибири»36 уделяет внимание роли енисейских казаков в свержении Советской власти в Сибири летом 1918 г., а также подробно изучает деятельность отряда Р. Ф. Унгерн-Штернберга в Монголии и участие в нём енисейских казачьих формирований.