Сложность оперативной обстановки на Балтийском и Черном морях вызвала необходимость создания новых органов управления тылом, тыловых частей и учреждений, выполнявших, по существу, роль флотских тыловых баз. Например, в составе тыла Краснознаменного Балтийского флота (начальник тыла флота генерал-полковник М.И. Москаленко) было создано управление заместителя начальника тыла флота по воинским перевозкам через Ладожское озеро. Это управление с необходимыми силами и средствами размещалось на восточном берегу и решало такие задачи, как получение снабженческих грузов для сил флота, их временное складирование и перевалку на западный берег озера. В 1942 г. в связи с угрозой кавказским базам Черноморского флота (начальник тыла флота генерал-лейтенант М.Ф. Куманин) часть складов тыла флота была перемещена на восток. Для руководства их работой и организации перевозок через Каспийское море в Баку было создано управление, возглавляемое заместителем начальника тыла Черноморского флота.
Маневренный и напряженный характер военных действий вызвал большую потребность в подвижных силах и средствах тыла флота. Широкое использование боевых катеров с ограниченным радиусом действия для ударов по противнику потребовало максимального приближения пунктов базирования и средств тылового обеспечения к районам действий. Рассредоточение сил флота и объектов тыла в каждой военно-морской базе привело к необходимости развертывания пунктов маневренного базирования в необорудованных бухтах и малых портах. Возможности для капитального строительства в новых пунктах базирования были крайне ограничены. Да и оперативная обстановка не всегда позволяла развертывать такое строительство.
При организации маневренного базирования боевых сил каждый флот (флотилия) исходил из конкретных особенностей обстановки, задач тыла и его возможностей. На Черноморском флоте пошли по пути создания маневренных баз с отделами тыла в них (Тендра, Прогнойск, Скадовск), а на Каспийской военной флотилии были созданы базы лишь с функциями продовольственного снабжения кораблей и частей. Тыл Северного флота (начальник тыла контр-адмирал-инженер Н.П. Дубровин) весной 1942 г. развернул передовой пункт для материального и медицинского обеспечения передовых сил флота, действовавших совместно с войсками армии, а также для морских десантов.
Все эти своеобразные группировки сил и средств тыла, решавшие задачи полного или частичного материального, технического и медицинского обеспечения сил флота, действовавших вдали от основных пунктов базирования, по существу, являлись промежуточным звеном тыла между тылом флота и действующими частями и кораблями. Для их создания максимально использовались имевшиеся подвижные силы и средства тыла. Вспомогательные суда (баржи, транспорты, танкеры, плавемкости, блокшивы) использовались как маневренные средства хранения части запасов материальных средств и их рассредоточения, а также для подвоза материальных средств со складов тыла флота в другие базы, в пункты рассредоточенной стоянки боевых кораблей и на береговые батареи. Для обеспечения базирования подводных лодок и соединений боевых катеров в пунктах их рассредоточения и в маневренных базах использовались плавучие базы мирного времени, оборудовались новые плавбазы из мобилизованных судов. Кроме того, приспосабливались и другие суда (отопители, дебаркадеры, плавпричалы). Наряду с этим использовались подвижные береговые средства технического обеспечения: дивизионные артиллерийские ремонтные мастерские, полевые авиационные ремонтные мастерские, железнодорожные (в вагонах) артиллерийские ремонтные мастерские и мастерские по сборке боеприпасов. Были созданы подвижные авторемонтные мастерские и авторемонтные базы. Плавмастерские и плавдоки, хотя и оставались в базах, но по возможности размещались в пунктах рассредоточения сил флота. Несколько плавмастерских было получено от промышленности и оборудовано из мобилизованных судов. На речных военных флотилиях плавмастерские использовались в маневренных базах и даже в районах боевых действий.
По линии медицинской службы были оборудованы госпитальные суда, санитарные транспорты и катера, созданы банно-дезинфекционные поезда и суда. Медико-санитарные отряды, состоявшие из маневренных хирургических и санэпидемиологических групп, использовались как средство усиления медицинской службы военно-морских баз для обеспечения десантных операций и обороны баз. Для обеспечения десантов создавались также нештатные морские медицинские отряды и группы. В 1941 г. на Тендровском боевом участке был развернут нештатный маневренный военно-морской госпиталь.
Первый период войны дал ценный опыт маневренного базирования и организации тылового обеспечения передовых сил флота с помощью подвижных средств. Полученный опыт убедительно показывал важность подвижных сил и средств тыла в условиях маневренной войны и необходимость значительного их увеличения. На флотах и в Наркомате ВМФ правильно понимали значение повышения роли подвижности тыла в наступательных операциях на приморских направлениях. В приказе наркома ВМФ ставилась задача Главному управлению портов ВМФ добиваться большей мобильности тыла флота при изменении системы базирования. Намечались и пути решения этой задачи: создание подвижных баз тыла и автотранспортных частей.
Однако к началу наступательных операций второго периода войны ни один из флотов не имел еще специальных подвижных тыловых баз и мощных автотранспортных средств, не была до конца отработана и система развертывания группировок тыла и организации тылового обеспечения передовых сил флота в ходе наступательных операций на приморских направлениях. Основной расчет в Главном штабе ВМФ и на флотах делался на действующие военно-морские базы и быстрое развертывание новых баз на освобождаемом побережье.
Однако уже в первых наступательных операциях с участием сил флотов (Новороссийско-Таманская и разгром немецко-фашистских войск под Ленинградом) расчеты на быстрое развертывание военно-морских баз и пунктов маневренного базирования на освобожденном побережье не оправдались. В ходе Новороссийско-Таманской операции было намечено десантирование с использованием для посадки десанта освобожденной Анапы. Но тыл флота не успел развернуться в новом районе. И это затруднило действие высаженного десанта. По этой же причине медленно развертывались тральные работы, что задерживало восстановление судоходства в прибрежных районах. Штаб Краснознаменного Балтийского флота в связи с подготовкой наступательной операции разработал подробный план развертывания новых военно-морских баз. При планировании первого этапа операции (выход войск на р. Нарова) расчет строился на восстановление железных дорог в течение 7-10 дней. Фактически они начали действовать через месяц, а подвоз материальных средств силам флота был невозможен по ледовым условиям. Располагая ограниченными автотранспортными средствами, тыл флота не смог своевременно развернуть свои части и подразделения в освобожденных западных районах Ленинградской области, что привело к ограниченному использованию передовых сил флота.
Опыт этих двух операций показал настоятельную необходимость принятия решительных мер по повышению подвижности отдельных звеньев тыла флотов, создания специальных подвижных сил и средств по линии всех служб. Большие разрушения железных дорог и медленные темпы их восстановления, серьезная минная опасность и недостаток вспомогательных судов ограничивали использование железнодорожного и морского транспорта для передислокации частей тыла флота, а также для регулярного подвоза материальных средств. В сложившихся условиях неуклонно повышалась роль автомобильного транспорта. Он нередко являлся единственным средством подвоза.
В 1944 г. поступление автомашин на флоты резко возросло, что позволило сформировать автотранспортные батальоны. Это повысило транспортные возможности тыла флотов. На базе автобатальонов и других подвижных средств (торпедовозов, бензовозов) на Черноморском флоте, Дунайской военной флотилии и частично на Краснознаменном Балтийском флоте были созданы подвижные группировки сил и средств тыла флота (флотилии) для материального, частично технического и медицинского обеспечения передовых сил флота, продвигавшихся за приморскими армиями фронтов. Первым такой опыт осуществил начальник тыла Черноморского флота генерал-лейтенант береговой службы М.Ф. Куманин. Группировки включали объединенный головной склад тыла флота, перевалочную базу, автотранспортный батальон, подвижную авторембазу и другие части и учреждения и выполняли функции подвижных баз тыла флотов (флотилий). Эти формирования сыграли важную роль в обеспечении передовых сил флота в наступательных операциях на приморских направлениях. Был сделан важный шаг в переходе от стационарного тыла флота к подвижным формам его организации.
