Однако к 9.30 стало ясно, что опасения Спрюэнса были беспочвенны. Поэтому соединение изменило курс на запад, чтобы занять хорошую позицию как для атаки поврежденных крейсеров противника, так и для преследования уцелевших кораблей Нагумо. В 8.00 летающая лодка сообщила о горящем авианосце, прикрытом двумя линкорами, тремя крейсерами и четырьмя эсминцами. По некоторым причинам это сообщение не дошло до 16-го оперативного соединения вовремя, но когда Спрюэнс получил его, он решил именно на нем остановить свой выбор. Авианосец противника в 8.00 находился на расстоянии 275 миль от соединения. Сейчас было 11.15, но шансы прикончить этот авианосец еще оставались.

Капитан 2-го ранга Айзо решил, что необходимо попытаться как-то выбраться из машинного отделения авианосца "Хирю". Прошло уже много часов после последнего контакта с мостиком, часы в машине показывали 8.00. Как это ни парадоксально, но торпеда, попавшая в корабль, погасила пожар. Младший лейтенант Мандаи выбрался наверх, погасил еще несколько горящих мешков с рисом и крикнул вниз, чтобы они выбирались: "Хирю" тонет. Механики, возглавляемые Айзо, вылезли через люк и оказались в коридоре, выход из которого был безнадежно завален обломками, а другой конец заканчивался переборкой, где было крошечное отверстие от лопнувшего сварного шва. Через это отверстие можно было разглядеть пустую, странно выглядевшую в потоках солнечного света ангарную палубу. Айзо понял, что их единственная надежда на спасение - пробить более широкое отверстие в этой переборке. Сталь переборки была тонкая, а просачивающийся через отверстие солнечный свет очень стимулировал желание спастись. Разыскав кувалды и зубила, моряки принялись за работу и достаточно быстро пробили в переборке отверстие шириной в ярд. Протиснувшись через него, они очутились на пустой ангарной палубе. В носовой части ангарной палубы зияла огромная дыра результат попадания бомбы в носовой самолетоподъемник, через которую и пробивался солнечный свет. Затем механики выбрались на полетную палубу и обнаружили, что она тоже пуста. Флага на мачте не было. Никаких сомнений в том, что корабль оставлен.

"Хирю" быстро оседал носом, морская вода уже заливала ангарную палубу. Ситуация казалась совершенно безнадежной, но тут появилась еще группа из 5 человек, которым еще раньше удалось выбраться из кормовых помещений. Когда они это сделали, эсминец только что отошел от авианосца. Матросы отчаянно кричали, размахивая руками, чтобы он снял их с обреченного корабля. Эсминец просигналил что-то в ответ прожектором. Что именно, они не поняли, но это могло означать, что их снимут позднее. Затем, около 6.30, над авианосцем пролетел японский самолет, причем самолет колесный. Такой самолет мог взлететь только с авианосца "Хосе", а это означало, что адмирал Ямамото был где-то поблизости. Это сообщение придало всем силы - нужно попытаться спастись.

Спустившись на шлюпочную палубу, механики обнаружили за кормой авианосца два катера и большой гребной баркас, которые дрейфовали на довольно большом расстоянии от корабля. Капитан 2-го ранга Айзо приказал прыгать в воду и попытаться добраться до баркаса. Корма авианосца поднималась - он быстро погружался. Младший лейтенант Мандаи прыгнул в воду, а когда вынырнул, увидел, как над водой уже торчали огромные, бронзовые винты авианосца. Мандаи быстро отплыл на безопасное расстояние и, снова обернувшись, увидел только пустое море. Это произошло где-то между 9.07 и 9.15. Затем 39 человек, включая Айзо и Мандаи, перебрались в баркас. Айзо решил оставаться на месте гибели "Хирю" и ожидать подхода главных сил адмирала Ямамото, которого, конечно, должен был предупредить пролетавший над авианосцем самолет.

В действительности же, Ямамото и не думал идти к ним на помощь. Он получил донесение от "самолета с колесами" и был весьма шокирован - работа по затоплению "Хирю" была явно выполнена очень небрежно. Еще не хватало, чтобы "Хирю" захватили американцы! Ямамото радировал Нагумо, чтобы тот принял все меры для затопления авианосца. А между тем внимание Ямамото привлек другой брошенный корабль. В 6.52 - всего за несколько минут до рапорта о "Хирю" - пришло интригующее сообщение с гидросамолета No 4 тяжелого крейсера "Тикума": "Вижу накренившийся авианосец противника типа "Йорктаун". Авианосец дрейфует по курсу 111° на расстоянии 240 миль от точки моего взлета. В охранении один эскадренный миноносец".

Адмирал Ямамото немедленно приказал подводной лодке "J-168" прекратить патрулирование у Мидуэя, разыскать поврежденный авианосец противника и уничтожить его. Склонившись над картой, капитан 3-го ранга Танабе начал рассчитывать свой новый курс. Он вычислил, что американский авианосец был всего в 150 милях от него, так что достигнуть его было нетрудно. Танабе решил подойти к этому месту с запада на рассвете. В этом случае авианосец хорошо бы вырисовывался на фоне восхода, в то время, как его лодка оставалась бы в темноте. Проложив курс и рассчитав скорость, Танабе повернул свою подводную лодку прочь от Мидуэя, направившись на северо-восток.

На эсминце "Хьюджес" поймали радаром японский разведывательный самолет, но визуально его так и не увидели. Импульс на экране показывал, что самолет находится на дистанции примерно 20 миль к западу. Через 10 минут после обнаружения в 6.26 импульс на экране исчез. В 7.41 все на мостике "Хьюджеса" невольно вздрогнули, когда пулеметная очередь прочертила воду с левого борта "Йорктауна". Сигнальщик Питер Каретка, вскинув бинокль, стал обшаривать небо, считая, что их обстрелял какой-то подкравшийся японский самолет. Однако небо было чистым, и что это все означало - никто понять не мог. Капитан 2-го ранга Рамсей в какой-то момент подумал, что какой-нибудь пулемет на авианосце выстрелил сам, перегревшись от пожара.

Пулеметная очередь повторилась, и на эсминце все внезапно поняли, что стрелять мог только кто-то из еще оставшихся в живых на "Йорктауне". Действительно, с левого борта на полетной палубе стоял человек, размахивая руками. Рамсей приказал спустить на воду вельбот, и вскоре моряки эсминца, поднявшись на борт "Йорктауна", обнаружили там лежащего без сознания возле пулемета матроса Нормана Пичета, тяжело раненного в живот. В 8.35 раненого доставили на эсминец, привели в чувство и узнали, что на борту авианосца есть еще один живой человек.