Вернувшись в декабре 1905 года из Москвы в Сибирь, В.А. Караулов на ряде многолюдных собраний и в либеральной печати решительно выступил в защиту конституционалистской тактики своей партии и против экстремизма революционных организаций. Его умеренная позиция привлекла благожелательное внимание самого премьер-министра графа С.Ю. Витте, искавшего союзников в среде российской общественности. Вопреки скепсису министра внутренних дел П.Н. Дурново, Витте увидел в эволюции взглядов этого политического деятеля (от народовольчества – к конституционному демократизму) положительный пример в борьбе с крайностями революции. В докладной записке на Высочайшее имя премьер полагал «весьма полезным отменить лежащие на Караулове ограничения, дабы тем дать ему возможность более широкого служения здраво им понимаемому патриотическому долгу». В результате 2 февраля 1906 года ему было даровано полное помилование. Восстановленный во всех правах, он регистрируется частным поверенным при Красноярском окружном суде, активно сотрудничает в красноярской либеральной газете «Сибирь».
На выборах в I Думу кадетам удалось провести в выборщики по Енисейской губернии нескольких своих лидеров: В.А. Караулова – в Красноярске, А.М. Трескова – в Ачинске, А.А. Станкеева – в Енисейске. Однако губернское собрание избрало депутатами Думы значительно более левых кандидатов, примкнувших затем в Петербурге к «трудовой группе», – шушенского крестьянина Симона Ермолаева и минусинского врача Федора Николаевского.
Похожая история повторилась во время избирательной кампании во II Думу, в которую теперь активно включилась и красноярская организация социал-демократов, которая ранее выборы бойкотировала. Именно социал-демократам удалось провести в губернское собрание наибольшее число своих выборщиков, двое из которых – рабочие Иван Юдин и Федор Никитин были избраны депутатами. Правда, власти отменили избрание Никитина, и его место в Думе от Енисейской губернии занял близкий к социалистам-революционерам священник Александр Бриллиантов.
Осенью 1907 года, на выборах в III Думу, конституционного демократа В.А. Караулова в очередной раз избрали выборщиком от Красноярска. 23 сентября он выступил на общегородском предвыборном собрании граждан (на нем присутствовало около 600 человек). Главный смысл его речи передает заключительная фраза: «Правые смотрят в XVII век, а крайние левые – в XXI. Задача момента заключается не в организации пролетариата для борьбы с буржуазией, а в отстаивании конституционных начал общими силами всех прогрессивных групп».
Активным оппонентом частного поверенного, кадета В.А. Караулова был на тех выборах лидер местного отделения Союза русского народа, о. Варсонофий Захаров, также ставший выборщиком от Красноярска. Черносотенцы представили тогда в губернское управление список тех, кого, по их мнению, следовало лишить избирательных прав. Против каждой фамилии стояли пометки: «сидел в тюрьме», «находится под надзором» и т. д. Одним из первых в списке значилась фамилия Караулова.
25 октября 1907 года в Красноярске, в помещении губернского Общественного собрания, состоялись выборы депутата III Государственной думы от Енисейской губернии (в соответствии с «третьеиюньским» избирательным законом квота от губернии была сокращена до одного человека). Участвовали двадцать восемь ранее избранных выборщиков, но в первом туре ни один кандидат не набрал большинства голосов. Лидер черносотенцев, о. Варсонофий, вообще получил всего один голос и отказался от дальнейшей борьбы. На следующий день прошла повторная баллотировка, которая принесла победу В.А. Караулову (18 голосов из 27). 29 октября он выехал из Красноярска в Петербург для участия в открытии III Думы: проводы на железнодорожном вокзале и напутственные речи стали заметным событием в жизни города.
В Петербурге товарищи по партии помогли Василию Андреевичу снять небольшую квартиру в знаменитом «кадетском доме» № 7 на Потемкинской улице. Здесь, совсем рядом с Таврическим дворцом, он проживет три года со второй женой, Ольгой Ивановной, вплоть до своей смерти в декабре 1910 года.
В III Думе В.А. Караулов вошел во фракцию конституционных демократов и – одновременно – в «Сибирскую парламентскую группу», которая также находилась под кадетским влиянием. Он активно работает в комиссиях по вопросам вероисповедания (председатель – правый епископ Евлогий, затем октябрист П.В. Каменский), по делам Православной церкви (председатель – октябрист, затем член фракции националистов В.Н. Львов) и местному самоуправлению (председатель – лидер умеренно правых, затем националистов П.Н. Балашов). Однако наибольшую известность, как в стенах Думы, так и в обществе, принесло ему председательство в комиссии по старообрядчеству. В нее вошли также известные политические деятели различных направлений: лидеры октябристов А.И. Гучков и М.Я. Капустин, влиятельный кадет В.А. Маклаков, епископ Евлогий (Георгиевский), ультраправый Г.А. ГЦечков и др.
Отдавая много времени работе в комиссиях, конституционалист Караулов твердо придерживался линии на конструктивную работу с другими думскими фракциями и правительством, на так называемую органическую работу, часто повторяя: «Лучше маленькая рыбка, чем большой таракан». И эти усилия принесли успех: он фактически стал основным экспертом и оратором либеральной части Думы по вероисповедным вопросам, оказавшимся в 1907–1910 годах в центре внимания народного представительства.
Уже в ходе первой сессии III Думы, в конце 1907 – начале 1908 года, сибирский депутат показал себя влиятельным парламентарием, органично соединившим в себе глубокую христианскую религиозность с неменьшей верой в либеральные права и свободы человека. Для молодого российского парламента это было необычно: религиозную тематику всегда активно эксплуатировали правые, в то время как левые, рассуждая о правах и свободах, как правило, избегали говорить о религии. Именно В.А. Караулов, поначалу чуть ли не в одиночку, сумел организовать в Думе своего рода «центр» – не формальный, а глубоко содержательный, поставив во главу угла идеи «христианского либерализма». Его усилия оценили не только в родной кадетской партии, где практически не было специалистов по вероисповедным вопросам, но и значительное число доминирующих в Думе октябристов, либеральная часть которых быстро разглядела в нем полезного союзника в борьбе с правыми и националистами. Намечающийся идейный союз октябристов во главе с А.И. Гучковым и не чуждающихся вопросов религии кадетов (В.А. Караулова, В.А. Маклакова, В.С. Соколова) быстро принес новому «центру» конкретные кадровые и политические дивиденды. Так, личное оппонирование Караулова – товарища (заместителя) председателя вероисповедной комиссии – ее председателю, правому епископу Евлогию, привело к быстрой отставке последнего и его замене октябристом П.В. Каменским. В свою очередь, октябристы поддержали идею создания отдельной думской комиссии по старообрядческим вопросам и избрание В.А. Караулова ее председателем.
Первым концептуальным выступлением Василия Андреевича в III Думе стала его большая речь 22 марта 1908 года с изложением позиции кадетской фракции по утверждаемой Думой смете Святейшего синода. Высказанные тогда идеи и предложения явились характерным воплощением христианско-либерального мировоззрения Караулова. С одной стороны, он поддержал идею разгосударствления церковной жизни, подчеркнув, что «деятельность правительства в XVIII столетии, в первой его половине, передавшая в распоряжение государства громадное большинство средств церквей и монастырей, была нарушением как гражданского, так и канонического права». Однако, с другой стороны, он решительно высказался в пользу демократизации самой церкви, перенесения центра православной жизни с церковной иерархической субординации на жизнь самоорганизующихся православных приходов. Отметив, что «основа всякой церковной организации – несомненно приход» и что «фактически в настоящее время приходов у нас не существует», оратор обозначил главные проблемы русского православия: «Зло заключается в фактически 2Угвековом уничтожении внутри присущего нашей православной церкви соборного начала, зло заключается в фактическом упразднении основной церковной общественной ячейки – прихода, потому что мы имеем церковь как здание, имеем священников, но не имеем приходов как общественной организации. Зло заключается в том, что у нас в настоящее время церковь мыслится не как союз верующих, а как иерархия, да вдобавок еще подчиненная государству. Вот устранение этих зол и будет снятием тяжелой государственной руки, и, я сказал бы, нечистой для этого дела, государственной руки со святого дела церкви». От имени кадетской фракции Караулов призвал увеличить правительственное финансирование именно приходов, ибо это «является первым шагом к освобождению церкви из пленения вавилонского государства, оно является первым шагом к восстановлению утраченного церковью соборного начала и первым шагом к учреждению прихода как общественно-церковной организации. (Рукоплескания в центре и слева.)»