Новый директор Департамента земледелия внес большие изменения в его деятельность. В 1899 году был учрежден институт правительственных инспекторов. Как много лет спустя вспоминал Н.Н. Львов, Хомяковым «была создана широкая агрономическая организация, где работа правительственных уполномоченных была связана с деятельностью местных органов самоуправления, в результате чего установилось самое плодотворное сотрудничество земства и правительства, давшее такой высокий подъем в области сельскохозяйственной помощи населению».
И все же Н.А. Хомяков не отличался большой административной энергией, бюрократический стиль управления был ему чужд, и в министерстве он себя чувствовал не в своей тарелке. Еще в 1900 году он говорил председателю Московской губернской земской управы Д.Н. Шипову о своем желании сложить должность директора департамента. Наконец в 1902-м ему удается сбросить нелюбимое бремя, и он с радостью возвратился в родную Сычевку: «Да так бы и не уехал оттуда, если бы не эта политика».
Николай Алексеевич так впоследствии комментировал свою отставку: «Канцелярская служба не по мне или я не по ней, как хотите. Мертвое это дело, канцелярия. А тут еще начались гонения на лесной департамент, борьба нашего министерства с министерством финансов. С.Ю. Витте был тогда в полной силе, а наш А.С. Ермолов как-то все ему уступал… Выходило, что мы были в каком-то подчиненном положении у Витте, а это было очень неприятное сознание. Я не выдержал и бросил службу. Но с А.С. Ермоловым я и посейчас в самых хороших отношениях, в самых дружеских…»
Хорошие отношения сохранились у бывшего директора и с другими сослуживцами. 22 сентября 1910 года он получил от них телеграмму: «Дорогой Николай Алексеевич! Уполномоченные по сельскохозяйственной части, собравшись дружной семьей, шлют Вам горячий привет, вспоминая Ваши труды по учреждению института уполномоченных, и искренно уверяют, что основы, положенные Вами, живы и до настоящего времени».
Как и подобает прирожденному общественному деятелю, Хомяков не остался в стороне от земского движения и вновь был избран предводителем уездного дворянства. «Своего предводительства, – говорил он, – не брошу, ни за что не брошу». Смоленская губерния отвечала взаимной любовью; по словам Н.Н. Чебышева, «она носила его на руках». Хомяков присутствовал практически на всех земских съездах, его приглашали на разнообразные совещания. Как и многие другие земцы, с начала Русско-японской войны Николай Алексеевич принял активное участие в помощи раненым, с 1904 года став главноуполномоченным объединенного дворянства по Красному Кресту.
Хомякова почитают умеренным и консервативным: он стоит на правом фланге либеральной оппозиции. И в 1905 году, когда возникли политические партии и не вступить в какую-нибудь из них считалось признаком дурного тона, он, естественно, конституционным демократам предпочел «Союз 17 октября», более того, оказался одним из отцов-основателей октябризма. Н.А. Хомяков возглавил смоленское отделение партии, вошел в ЦК «Союза 17 октября»; в 1906 году был выбран в Государственный совет – верхнюю палату российского парламента. А в 1907-м сложил с себя обязанности члена Государственного совета в связи со своим избранием депутатом Государственной думы второго созыва. Хомяков стал председателем фракции октябристов, а также возглавил Комитет объединенных умеренных и правых партий. Он даже выдвигался на пост председателя II Думы – его кандидатура набрала 91 голос. И все же большинство проголосовало тогда за кадета Ф.А. Головина.
Политическая философия Н.А. Хомякова своеобразна; внутренне неоднородная, при этом она оставалась чуждой догматизму и закостенелости. Развитие местного самоуправления не противоречит принципу самодержавия – такова основная идея политика, по крайней мере до 1905 года. В 1901-м, на совещании земцев, посвященном обсуждению текста записки в адрес императора, Хомяков оказался, по сути дела, единственным, кто поддержал проект видного деятеля Д.Н. Шипова. Сама мысль составить записку пришла тому во время беседы с Хомяковым, так что Николай Алексеевич первым ознакомился с планом председателя Московской земской управы. В тексте, который предложил Шипов, указывалось: «Бюрократический строй, прикрываясь стремлением охранять самодержавие, но в действительности разобщая царя с народом, создает почву для проявления административного произвола и личного усмотрения. Такой порядок лишает общество необходимой уверенности в строгой охране законных прав всех и каждого и подрывает уважение к правительству». Для исправления недостатков существовавшей системы управления важно восстановить доверие общества к власти. Это возможно лишь при свободном и тесном общении самодержца и народа. Для достижения такого «общения» необходимо гарантировать свободу совести, мысли и слова, а также привлечь избранных представителей общественности к законотворческой деятельности.
Одни участники совещания (как Ф.Д. Самарин) сочли «шиповский проект» слишком радикальным; другие (например, С.Н. Трубецкой), наоборот – слишком умеренным. Третьи (П.Д. Долгоруков, Р.А. Писарев) готовы были принять предложенный текст лишь условно, как некий минимальный набор требований. И только Н.А. Хомяков целиком и полностью поддержал проект. Он только пытался придать ему более определенное и деловое выражение, свести его к практическим предложениям.
Николай Алексеевич поддержал Д.Н. Шипова и в 1905 году. Тот, вопреки многим, критиковал символ веры правоверного демократа – прямые, всеобщие, равные, тайные выборы депутатов высшего законодательного собрания – и отстаивал иной принцип формирования Государственной думы: по его мнению, представительное учреждение России должно формироваться из членов земских собраний. Дмитрий Шипов и Николай Хомяков защищали эту позицию на съезде дворянских предводителей в апреле 1905 года. Они же стали инициаторами созыва съезда земских деятелей – противников прямых и всеобщих выборов в Государственную думу, отстаиваемых представителями радикального крыла русского либерализма.
Н.А. Хомяков отвергал любые крайности: радикализм в любой форме был для него неприемлем. Так, в январе 1905 года, на депутатском заседании московского дворянства, Хомяков, вместе с убежденными конституционалистами С.Н. Трубецким и Ф.Ф. Кокошкиным, выступал против ультраконсервативной партии, возглавляемой братьями Самариными. Партийный идеолог Ф.Д. Самарин категорически возражал против введения народного представительства: по его мнению, созыв даже Земского собора, обладающего лишь правом законосовещательного голоса, сыграет на руку революционным партиям. На этот раз Николаю Алексеевичу пришлось выступить в несвойственной для него роли оратора. Он страстно, пылко возражал против аргументов консервативного большинства и, как воспоминал сам Самарин, вызвал немалое сочувствие в зале. Пройдет некоторое время, и в марте 1905 года Хомяков, вместе с Д.Н. Шиповым, М.А. Стаховичем, В.И. Герье, П.Н. Трубецким, примет участие в составлении некой политической «записки», против которой опять выступит Ф.Д. Самарин с соратниками. «Борьба с правительством кончена, нужна помощь царю» – утверждали авторы этого документа. Ради достижения единения общества и верховной власти нужно созвать законосовещательное народное представительство, Государственный земский собор.
По одному вопросу мнение Хомякова в корне расходилось с тем, что хором твердило либеральное земство: Николай Алексеевич не был сторонником введения мелкой земской единицы. Он соглашался, что земское здание «не достроено», что оно нуждается в фундаменте, которым должны стать органы местного самоуправления – волостное земство, в настоящее время отсутствующее. Однако, в отличие от многих своих коллег, он не одобрял всесословный характер подобного учреждения. Либералы радикального направления исходили из необходимости построения единого здания самоуправляющейся России, увенчанного всероссийским представительным собранием и имеющего своим фундаментом сельское и волостное земство. Такой подход подразумевал логично устроенную иерархическую структуру: всесословное уездное земство естественным образом формируется из представителей всесословного волостного, а всесословное губернское – из всесословного уездного и т. д. Это обозначало построение властной вертикали, альтернативной бюрократической иерархии. Иными словами, речь шла о коренной политической реформе, которая предполагала принципиально иную роль земства в системе управления.