Согласно летописному сказанию, Федор Иванович рассказал на заседании боярской Думы о пришедшей ему идее «русского патриарха», уже обсужденной с царицей, нарочито не упоминая имя митрополита Дионисия. В Думе оценили деликатность замысла царя и царицы, склонных следовать четким указаниям брата и шурина-конюшего. О его невысоких умственных способностях бояре отзывались так: «Улыбается, как умник».

Владыка Иоаким со свитой был приглашен в Москву и размещен в огромных хоромах боярина Ф. Ф. Шереметева, обеспечен всем необходимым. Волей конюшего митрополит Дионисий не принимал практически никакого участия в переговорах о судьбе московского патриаршества, что вызвало раздражение митрополита, который занял по отношению к Иоакиму жестко-конфликтную позицию. Все события того времени прошли мимо Дионисия, и все это не в пользу митрополита, который отнюдь не проявлял желания получить благословение на патриарший престол от заезжего грека, с которым вел свои тайные переговоры лично Борис Федорович Годунов. Не тогда ли владыка Иоаким и через него все вселенские патриархи узнали о существовании сподвижника Годунова, о деятельном архиепископе Ростовском Иове?…

И вот, когда уже произошло стараниями Годунова и его партии восшествие Иова на московский митрополичий престол, в июле 1588 года, к великому удовольствию Федора Ивановича и Бориса Федоровича, явился в стольную Москву патриарх Константинопольский Иеремия… И был пышный прием патриарха в столице Русского православного царства, какого Москва еще не видела… Престарелый патриарх с нескрываемым удивлением взирал на толпы встречающего его народа русского, богобоязненного… Так первого лица Византийского архиерейства не встречали нигде… И нигде в знакомом ему православном мире не было такого чудного, сияющего на солнце церковного благолепия… Ехал престарелый патриарх к царю на осляти по московским заполненным улицам и упивался счастьем богоизбранности в Третьем Риме, Москве, в лихие несчастные времена для Византии, Второго Рима, Константинополя…

Федор Блаженный сошел со своего царского трона, встречая Иеремию Константинопольского, и принял с любовью и не сходящей с его лица счастливой блаженной улыбкой священные дары патриарха: икону с изображением страстей Господних, с каплями священной крови Христа и с частичкой святых мощей императора Византийского Константина… И в этот великий момент для развития идеи «русского патриарха» Федор Блаженный велел своему шурину-конюшему беседовать с Константинопольским патриархом наедине…

Патриарха отвели в отдельную комнату, где он долго рассказывал Годунову о своих тяготах ссыльного и опального на острове Родос: как султан вернул его в Константинополь и как он объезжает земли христианские для сбора милостыни для устройств патриарших в столице православия… Далее, беседуя с Годуновым, патриарх похвалил мысль царя Федора «иметь патриарха в Москве». И тут же «на голубом глазу» хитромудрый Годунов предложил ему сие высокое достоинство. По лицу Иеремии можно было прочесть, что патриарху понравился «замысел царя». Но при высказанном Годуновым условии – жить и проповедовать в первом некогда стольном городе Русского царства Владимире! – печаль тронула лицо патриарха. «Зачем мне уезжать из Москвы, – светились вопросом умные глаза опытного первоиерарха, – если царь и патриарх всегда правят царством из одного места?»

Не мог же Годунов посвятить патриарха в свои далеко идущие планы с восшествием на престол своего сподвижника Иова. Ведь при патриархе Иеремии на московском столе пришлось бы удалять Иова из столицы, в тот же Владимир. А это было уже противопоказано Годунову по многим политическим соображениям долгого противоборства с боярскими партиями. Не разъяснять же владыке, что даже в нынешней руководимой им боярской Думе не все его сторонники, из тринадцати думцев его людей – «всего восемь». Не мог же Годунов объяснять ему, что без толмачей и наставников, не зная русского языка и обычаев русского православного царства, невозможно патриарху Иеремии стать духовной опорой царю в сложном правлении государством. Это с ним, Годуновым, знающим благодаря наставничеству постельничего дяди Дмитрия с юных лет латынь с греческим языком, хорошо и легко обсуждать вопросы церковного обустройства, а с неграмотными «безъязыкими» епископами и архимандритами пришлось бы греку помучиться.

Патриарх без раздумья принял довод Годунова, что султан все равно уже разорил Константинопольское патриаршество, а до Московского патриаршества тому не добраться, как не добраться до него всем врагам христианской веры в ее православной традиции. Удалось опытному дипломату Годунову убедить патриарха, что невозможно ни в коем случае удалять митрополита Иова, мужа святого и богоугодного, из Москвы. «Как же быть с митрополитом Иовом? Как быть с митрополичьим престолом в столице Русского царства, в Москве Первопрестольной?» – спросил с большим достоинством Годунов, глядя прямо в глаза патриарха. Тот не заставил долго ждать, сказал со странным чувством облегчения, словно сваливая с души тяжелую ношу своей личной ответственности за судьбы русского православного государства: «Да исполнится воля Божья и царская! Уполномоченный нашей церковью, благословлю и поставлю на московский патриарший престол того, кого изберет царь Федор, вдохновленный Богом».

Самым важным для всех греков, прибывших в свите патриарха Иеремии, было то, что переход в Москву патриаршего престола был выгоден и Константинополю, и Москве. Но одновременно удивительным были для греков мотивы Годунова и поведение царя Федора, объявляющих о необходимости учреждения патриаршества в Русском государстве, но только так, чтобы Константинопольский патриарх Иеремия не стал патриархом Московским. Ведь своим согласием на «тайной» беседе с Годуновым занять Московский патриарший престол патриарх Иеремия подтвердил тот непреложный факт, что Русское царство, великая Россия достойна иметь и престол, и патриарха. Идея «русского патриарха» была усилиями Годунова и его советников-сподвижников близка к осуществлению уже в январе 1589 года. Добившись своего, Годунов именем царя пожелал, чтобы избрание патриарха было организовано без лишней суеты и спешки, свойственной многим, самым благопристойным образом.

И уже 17 января состоялось заседание царя Блаженного с освященным Собором, на котором высшее духовенство во главе с митрополитом Иовом одобрило «замысел царя» и «положилось на его волю». Через два дня царь, митрополит и освященный Собор приговорили направить делегацию церковных иерархов к патриарху Иеремии для совета о предстоящих церемониях. Много раздумывать большим духовным лицам не пришлось: верный Годунову дьяк Щелканов представил иерархам план действий. В четверг 23 января русским архиереям, за исключением митрополита Иова, остававшегося на своем митрополичьем дворе, надо было собраться в Успенском соборе. Оттуда направить почетную делегацию за патриархом Иеремией. После торжественной встречи на крыльце собора Успенья патриарха и Иеремия со свитой греческих священников «тайно» советоваться с присутствующими об избрании патриарха, а также двух новых митрополитов – Новгородского и Ростовского.

Затем митрополит Иерефей Мономвасийский, архиепископы Тихон Казанский и Арсений Елассонский, епископы Иов Суздальский, Сильвестр Смоленский, Митрофан Рязанский, Захария Тверской, Иосиф Коломенский и Геласий Крутицкий удалялись в придел Похвалы Богородицы и избирали по три кандидатуры на патриаршество и обе митрополии… Вот оно, торжество церковной демократии в православной традиции…

В патриархи, по заявлению годуновского дьяка Щелканова, были рекомендованы митрополит Иов, архиепископ Александр Новгородский и Варлаам Ростовский. На Новгородскую митрополию были предложены опять же Александр Новгородский и еще две кандидатуры архимандритов, на Ростовскую митрополию – архиепископ Варлаам Ростовский и еще две другие кандидатуры архимандритов…

(А слабо` было святым отцам двух архиепископов, Александра и Варлаама, выдвигаемых на патриарший престол, не двигать на митрополии, если ничего не ясно было с проходом Иова в патриархи? Или и так было заранее ясно, кто должен стать патриархом и митрополитами?)