17 ноября 1938 года было принято секретное постановление Совета Народных Комиссаров (СНК) СССР и Центрального Комитета (ЦК) ВКП(б) «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия». В нём сначала положительно оценивалась работа Наркомата внутренних дел под руководством генерального комиссара госбезопасности Ежова Н.И. по «очистке СССР от многочисленных шпионских, террористических, диверсионных и вредительских кадров», а затем перечислялись «крупнейшие недостатки и извращения в работе: массовые необоснованные аресты, упрощенное ведение следствия и суда, грубое нарушение процессуальных норм» и т. д. Вина за все репрессии возлагалась на «врагов народа и шпионов иностранных разведок, пробравшихся в органы НКВД». Постановление запрещало проведение новых массовых операций по арестам и высылкам, ликвидировало судебные тройки и указывало на необходимость «обеспечения за обвиняемым предоставленных ему по закону процессуальных прав» [40].

На новом этапе коммунистического строительства Сталину потребовались иные люди на ключевых постах. От прежних кадров они должны были отличаться тем, что умели организовывать и налаживать государственную, общественную и хозяйственную работу с учётом её «социалистических особенностей». И выдвижение таких кадров началось.

25 ноября 1938 года наркомом внутренних дел СССР был назначен комиссар госбезопасности I ранга Берия Л.П. Что бы сегодня ни говорили об этом «верном ученике и ближайшем соратнике И.В. Сталина», как бы ни поминали «бериевщину», но ради объективности следует отдать должное Лаврентию Павловичу за его «большие организаторские способности, смелую инициативу и умение вести масштабную работу» [53]. Новый нарком стал стремительно структурно преобразовывать и совершенствовать вверенное ему ведомство. Одним из ключевых вопросов являлся кадровый. Необходимо было освободиться от работников органов внутренних дел, слишком усердствовавших в период проведения массовых репрессий, безраздельно упивавшихся собственной властью. Следовало также освободить из тюрем тех, кто незаслуженно пострадал. Для выполнения такой задачи предназначался аппарат «особоуполномоченного НКВД», в функциональные обязанности которого входило разбирательство с преступлениями, совершавшимися работниками органов внутренних дел. На данном этапе этому контрольному органу поручалось «расследование фактов участия сотрудников в массовых репрессиях» и пересмотр следственных дел на арестованных.

Для выполнения этой непростой работы в ноябре 1938 года в Наркомат внутренних дел как раз и был направлен Круглов С.Н., который мог достаточно объективно провести рассмотрение обстоятельств дела, поскольку к проводившимся репрессиям не имел прямого отношения. Как в те годы случалось часто, официально постановление Политбюро ЦК ВКП(б) о его командировании в распоряжение НКВД СССР «для ответственной работы в центральном аппарате» состоялось лишь 20 декабря 1938 года. В тот же день был отдан приказ наркома внутренних дел о назначении Круглова С.Н. (пока что не имевшего воинского или специального звания) особоуполномоченным НКВД СССР. До этого в течение двух недель занимавший данную должность лейтенант госбезопасности Балябин Г.С., стал его заместителем. 28 декабря 1938 года Круглову С.Н. присвоили спецзвание «майор госбезопасности», что по статусу соответствовало армейскому комбригу (командиру бригады).

Начиная с осени 1938 года в органах внутренних дел началась планомерная «чистка» оперативно-чекистских кадров, которая декларировала своей задачей «восстановление социалистической законности» после правового беспредела периода массовых репрессий. Эту работу никак нельзя считать «политическими репрессиями против честных работников», поскольку по своей сути она представляла в какой-то мере кадровую революцию в органах госбезопасности, направленную на радикальное обновление их персонального состава. Всего за этот период, включая 1939 год, из органов НКВД было уволено 7372 сотрудника, из которых арестам подверглись 937 «ежовцев», наиболее отличившихся (в отрицательную сторону) исполнителей массового террора. В то же время по инициативе особоуполномоченного Круглова С.Н. из тюрем было освобождено более восьми тысяч чекистов, незаконно отправленных за решётку по оговору или предательству.

С учётом ранее проводившихся мероприятий произошло значительное омоложение руководящего состава наркомата, большую часть которого теперь составляли работники в возрасте от тридцати до тридцати пяти лет. При этом в новой среде стало заметно снижение стажа работы в органах внутренних дел, поскольку в конце 1938 – начале 1939 годов по путёвкам ЦК ВКП(б) был произведён организованный «партийный набор» на руководящую работу в системе НКВД из представителей партийных, советских и народнохозяйственных организаций. Общее число руководящих работников (к которым относились нарком и его заместители, начальники управлений и отделов центрального аппарата, наркомы внутренних дел союзных и автономных республик, начальники управлений НКВД краев и областей, входивших в состав РСФСР, Украинской, Белорусской и Казахской ССР) постепенно росло как в результате образования новых административно – территориальных единиц, так и за счёт создания ранее отсутствовавших управлений и отделов в структуре центрального аппарата наркомата. Значительно изменился национальный состав руководящих кадров. Если до начала репрессий русские составляли лишь треть, а евреи почти половину от общего числа начальников, то по состоянию на 1939 год число представителей титульной нации (русских) увеличилось до двух третей и продолжало расти, а количество евреев сократилось до четырёх процентов и имело тенденцию к дальнейшему уменьшению. Кроме того, из состава органов убрали представителей так называемых «иностранных национальностей» – поляков, латышей, немцев. Если до 1938 года среди руководящих работников был очень высок процент людей с начальным образованием, то теперь образовательный уровень начальствующего корпуса несколько повысился, хотя доля руководителей с высшим образованием была не слишком велика, всего 38 %. Наряду с этим пятая часть работников всё равно оставалась с начальным образованием (то есть умели читать и писать). В этом ведомстве опыт работы, верность и преданность часто ценились больше, чем интеллектуальный уровень.

Вопреки бытующему мнению о том, что именно в период массовых репрессий Сталин истребил всех старых чекистов, статистические данные говорят о том, что в 1937–1938 годах в руководящем звене НКВД основной костяк (более 70 процентов) составляли «истинные чекисты» (дзержинцы), поступившие на службу с начала создания органов госбезопасности и до середины двадцатых годов. Их руками как раз и проводились репрессии. Вместе с тем Сталина беспокоила высокая «засоренность» старых чекистских кадров выходцами из «чуждых» классов (помещиков, торговцев, предпринимателей, служителей культа), участниками небольшевистских партий и движений (эсерами, меньшевиками, анархистами, бундовцами) и представителями «нетитульных» национальностей. В связи с этим, под маркой борьбы с заговором право-троцкистского блока, в период ежовского правления была проведена «чистка» главным образом сторонников Ягоды. Оставшиеся «неблагонадежные» руководители были уволены либо арестованы с началом бериевского правления, в конце 1938 и начале 1939 годов [9].

После практического завершения работы по привлечению к уголовной ответственности, наказанию в партийно-административном порядке и увольнению ряда печально прославившихся руководителей правоохранительных органов решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 27 февраля 1939 года Круглову С.Н. было поручено возглавить работу с кадрами в Наркомате внутренних дел. В соответствии с принятым на следующий день постановлением СНК СССР и объявлявшим это решение приказом № 373 от 28 февраля 1939 года майор госбезопасности Круглов С.Н. получил назначение на должность заместителя наркома внутренних дел СССР по кадрам и начальника Отдела кадров НКВД СССР. Ведавшего до этого кадрами полковника Давыдова Н.К. направили начальником Центральной школы НКВД СССР.