В 1920-е годы Бабич работал на должностях помощника уполномоченного и инспектора Николаевской губернской ЧК.
Уже в 1925 году его назначили уполномоченным Молдавского областного отдела ГПУ, а через два года – начальником Балтского отделения ГПУ Молдавской АССР с исполнением одновременно обязанностей начальника 25-го пограничного отряда ОГПУ.
1930 год принес ему должность начальника Секретно-политического отдела (СПО) Харьковского оперативного сектора ГПУ, а 1933 год – должность начальника СПО Винницкого областного ГПУ – УГБ Управления НКВД по Винницкой области.
С августа 1934 года работал на должности начальника Отдела УГБ Управления НКВД по Одесской области, через год стал начальником СПО – 4-го отдела УГБ Управления НКВД по Киевской области. В 1937 году вернулся в Одессу на должность заместителя начальника областного Управления НКВД. Потом служил на такой же должности в Киеве.
28 марта 1938 года И. Я. Бабич был назначен на должность начальника 2-го отдела 2-го управления НКВД СССР и до 1940 года служил на разных должностях в центральном аппарате на Лубянке.
После 24 сентября 1940 года его жизнь стала связана с органами военной контрразведки благодаря назначению на должность начальника Особого отдела Прибалтийского военного округа, вскоре ставшего Прибалтийским Особым военным округом (ПрибОВО).
С июля 1941 года работал на должности заместителя начальника Особого отдела Северо-Западного фронта (СЗФ), а с 21 мая 1942 года – начальника Особого отдела этого фронта.
В день образования Смерша – 19 апреля 1943 года его назначили на должность заместителя начальника ГУКР Смерш НКО СССР.
С мая по сентябрь 1945-го Бабич находился на Дальнем Востоке, координируя действия органов Смерша Забайкальского и Дальневосточного фронтов.
4 июля 1946 года его назначают помощником начальника 3-го Главного управления МГБ СССР, а в августе 1947 года – по совместительству на должность начальника Высшей школы МГБ СССР.
Исай Яковлевич Бабич был убит 9 декабря 1948 года в Москве. Похоронен на Новодевичьем кладбище.
Основными стратегическими задачами войск Северо-Западного фронта, с которым была связана служба Бабича, были нанесение поражения (совместно с Западным фронтом) германским силам, сосредоточенным в Восточной Пруссии и в районе Варшавы, и овладение территорией Восточной Пруссии.
Но легко, как говорится, было на бумаге – появились крутые овраги нашей неподготовленности к противостоянию с вермахтом.
До начала войны предтеча СЗФ – войска Прибалтийского Особого военного округа были малочисленны и не могли отразить контратакой удар группы армий «Север», возглавляемой генерал-фельдмаршалом фон Леебом. Перед «северянами» Гитлер поставил задачу:
«Нанести сильный сосредоточенный удар из района Восточной Пруссии, прорвать оборону приграничных войск Красной армии и, развивая стремительное наступление в направлении Даугавпилса, северо-восточнее Опочки, окружить и уничтожить прибалтийскую группировку войск русских, не допустив их отхода за реку Западная Двина.
В дальнейшем войскам группы армий развить наступление на Псков, Ленинград, Нарву и Ригу, захватить порты на Балтийском море, лишив русский флот опорных баз, и создать условия для полной блокады Ленинграда и уничтожения Балтийского флота».
В состав группы армий «Север» входили: 18-я полевая армия (генерал-полковника фон Кюхлера), 16-я полевая армия (генерал-полковника Буша), 4-я танковая группа (генерал- полковника Гепнера), состоявшие из дивизионов, батальонов, дивизий и корпусов.
В резерве командования группы армий «Север» оставались 23-й и 50-й армейские корпуса. Решающая роль в наступательных операциях отводилась бронетанковым войскам вермахта.
Нужно отметить, что к началу вторжения активно действовала немецкая разведка, перед которой Генеральный штаб сухопутных войск поставил задачу собрать исчерпывающую информацию о состоянии, вооружении и дислокации войск Красной армии. В полную силу заработала и служба дезинформации. Начались регулярные разведывательные полеты немецкой авиации над приграничной территорией СССР, участились случаи заброски в Прибалтику и другие районы зоны ответственности ПрибОВО агентов и диверсантов.
Задержанные и разоблаченные агенты абвера на допросах, в которых участвовал заместитель начальника Особого отдела СЗФ Исай Яковлевич Бабич, признавались, что еще накануне войны перед ними была поставлена задача собирать данные о местах дислокации войск, состоянии и пропускных способностях железных и шоссейных дорог, грузоподъемности железнодорожных и шоссейных мостов, местах проживания командного состава.
После начала войны на месте готовящегося преступления сотрудниками Особого отдела 48-й стрелковой дивизии 8-й армии был задержан вражеский диверсант – житель г. Шауляя Юргис К., который признался, что, выезжая к родственникам в Гамбург, был завербован немецкой разведкой с заданием подрыва железнодорожного виадука. Кроме того, ему ставились задачи по физическому уничтожению командного состава частей и подразделений РККА, нарушению проводной связи, созданию паники среди местного населения и военнослужащих, совершению диверсий на государственных и военных объектах.
21 июня 1941 года в 13 часов во все германские части был передан условный сигнал «Дортмунд», подтверждающий дату нападения на Советский Союз – 22 июня 1941 года и время вторжения – 3:30 по берлинскому времени. Так начиналась Великая Отечественная война…
Обстановка была крайне сложная. Особый отдел СЗФ докладывал в Москву руководителю Третьего Управления НКО СССР в конце июня 1941 года дивизионному комиссару госбезопасности А. Н. Михееву шифровкой:
«…12-й механизированный корпус и 5-я танковая дивизия 8-й армии в тылу противника без горючего. Командир 3-го механизированного корпуса донес открыто 25.6.41 г. – «Помогите, окружен».
Соединения армии понесли значительные потери и нуждаются в их немедленном пополнении. Хотя и прошла мобилизация, но личный состав не может быть одет – обмундирование на две стрелковые дивизии осталось в бывших пунктах дислокации, занятых противником.
11-я армия – штаб и Военный совет армии, по оперативным данным, пленен или погиб, поэтому она не является боеспособным объединением. Немцы захватили шифры.
5-я, 33-я, 188-я и 128-я стрелковые дивизии неизвестно в каком состоянии и где находятся. Много брошено оружия.
ВВС фронта понесли тяжелые потери прямо на аэродромах и поэтому прикрывать наземные войска и нападать на противника не способны.
Двинск заняли танки противника.
За 22 июня 46-й СБАП потерял 20 самолетов, из которых 10 были уничтожены при налете противника на Шауляйском аэродроме, а остальные сбиты при выполнении боевых заданий по бомбардировке войск противника в районе Тильзит и ст. Киллен…
Личный состав подразделений ПВО Двинска (Даугавпилса) не знает типы наших самолетов и, несмотря на хорошую видимость распознавательных знаков, подвергает их обстрелу, так 22 июня с.г. 6 самолетов СБ уходили с литовских аэродромов из- под удара противника через Двинск и были подвергнуты обстрелу, случайно не окончившемуся жертвами.»
Несмотря на первые неудачи, войска СЗФ в дальнейшем провели ряд удачных ударов по врагу – в ходе контрудара под Старой Руссой и проведения Демянской операции. К февралю 1942 года старорусская и демянская группировки противника были разъединены, а шесть дивизий в районе Демянска попали в окружение. Но немцам удалось, вырвавшись из опасного мешка, вывести в феврале 1943 года свои войска с Демянского плацдарма, а по существу котла. Гитлеровцы с радости от выхода из окружения 25 апреля 1943 года учредили даже памятный знак «Демянский щит» в честь стойкости солдат вермахта и СС, сражавшихся в Демянском котле. Но ни медали, ни кресты, ни другие награды Третьего рейха в дальнейшем немцам не помогли – Красная армия, словно мощный бульдозер, сгребала коричневый мусор и выметала его в сторону германо-нацистского «фатерлянда», очищая свою и соседние территории…
