Неожиданно Софья понимает, какую партию нужно разыграть. Во всяком случае, для московских бояр ее следующий ход стал полной неожиданностью. На похоронах Федора, вопреки всем обычаям и приличиям, царевна вышла из своего терема, приняла участие в погребальном шествии, шагая за катафалком наравне с Петром. И не молчала! Напротив: громко плача, царевна объявила, что царя Федора отравили враги, и молила не губить ее с братом Иоанном, а позволить им уехать за границу. «Брат наш, царь Федор, нечаянно отошел со света отравою от врагов, – причитала Софья. – Умилосердитесь, добрые люди, над нами, сиротами. Нет у нас ни батюшки, ни матушки, ни брата царя. Иван, наш брат, не избран на царство. Если мы чем перед вами или боярами провинились, отпустите нас живых в чужую землю к христианским королям…» Разумеется, бояре тут же принялись уверять царевну и царевича, что никуда их не отпустят и позаботятся об их попранных правах. Царица Наталья с малолетним царем, не достояв церковной службы, удалились в свои покои.

Комбинация была разыграна успешно, и Петру с Натальей грозил шах. И прежде чем они начнут контратаковать, Софье следовало сделать следующий ход.

Незадолго до смерти Федора стрельцы подали ему челобитную о том, что полковник Грибоедов забирает у них бóльшую часть жалования. Федор успел написать указ: Грибоедова лишить имущества и сослать в Сибирь.

То ли стрельцы так и не успокоились, то ли кто-то искусно подогревал их недовольство, но 15 мая 1682 года стрельцы являются к Кремлю с криками, что Нарышкины задушили царевича Иоанна. Наталья Кирилловна, пытаясь успокоить их, вышла на Красное крыльцо вместе с патриархом, боярами, царем Петром и царевичем Иоанном. Однако это не усмирило восставших. Пешки решительно атаковали фигуры.

Н. Д. Дмитриев-Оренбургский. «Царица Наталья Кирилловна показывает Ивана V стрельцам»

Вот как историк Костомаров описывает апогей стрелецкого бунта. Стрельцы ищут Ивана Нарышкина, брата царицы Натальи, который, по слухам, надевал на себя царский венец и садился на трон, а когда Софья и Иоанн стали его укорять, то он накинулся на них с кулаками, а потом едва не задушил Иоанна.

«На другой день, – рассказывает Костомаров, – часов в десять утра, опять раздался набат; стрельцы с барабанным боем и криками явились ко дворцу и требовали выдачи Ивана Нарышкина. Им ответили, что его нет. Снова стрельцы ворвались во дворец искать свою жертву, убили думного дьяка Аверкия Кириллова, убили бывшего своего полковника Дохтурова, потребовали выдачи иноземного врача Даниэля, которого обвиняли в отравлении Федора, и так как нигде не могли найти его, то в досаде убили его помощника Гутменьша и 22-летнего сына Даниэлева, Михаила; хотели было умертвить и Даниэлеву жену, но царица Марфа Матвеевна выпросила ей жизнь. Несмотря на все поиски, стрельцы все-таки не могли отыскать Ивана Нарышкина. Царицына постельница Клушина запрятала его в чулан и заложила подушками. Стрельцы шарили повсюду, тыкали копьями подушки, за которыми скрывался боярин, но не нашли его. Вместо него, по ошибке, был убит схожий с ним юноша, родственник Нарышкиных, Филимонов. Хотели было тогда стрельцы умертвить отца царицы Натальи; царица слезами вымолила ему жизнь. Стрельцы согласились пощадить его только с тем, чтобы он немедленно был сослан в Кирилло-Белозерский монастырь и постригся в монахи. Троих его несовершеннолетних сыновей приговорили также отправить в ссылку.

Не нашедши Ивана, толпа с криками и непристойными ругательствами вышла из Кремля, расставивши опять караулы у ворот. Они кричали, что не усмирятся до тех пор, пока им не выдадут Ивана Нарышкина и доктора Даниэля. По всей Москве происходило бесчинство; были и убийства. Тогда погиб и бывший любимец Федора Языков, которого нашли в доме одного священника. Ему отрубили голову на площади.

17 мая, рано утром, в Немецкой слободе поймали в одежде нищего и в лаптях несчастного Даниэля. Опять ударили набат; стрельцы, напившиеся до безобразия, в одних рубахах с бердышами и копьями, шли огромной толпой ко дворцу и вели впереди свою жертву; к ним вышла царица Марфа Матвеевна и царевны. Они уверяли разъярившихся стрельцов, что Даниэль не виновен, что они сами отведывали лекарство, которое подавали царю. Все было напрасно. Даниэля повели в застенок, пытали, а потом рассекли на части.

Но стрельцы этим не удовольствовались, настойчиво требовали выдачи Ивана Нарышкина и говорили, что не уйдут из дворца, пока им не выдадут его.

Тут царевна Софья начала говорить царице Наталье: „Никоим образом нельзя тебе избыть, чтоб не выдать Ивана Кирилловича Нарышкина. Разве нам всем пропадать из-за него?“.

Царица отправилась с царевной в церковь „Спаса за Золотой Решеткою“ и приказала привести туда Ивана.

Иван Нарышкин вышел из своего закоулка, причастился Св. Таин и соборовался. Софья изъявляла сожаление о его судьбе и сама дала царице Наталье образ Богородицы, чтобы та передала своему брату. „Быть может, – говорила Софья, – стрельцы устрашатся этой святой иконы и отпустят Ивана Кирилловича“. Бывший при этом боярин Яков Одоевский сказал царице Наталье: „Сколько тебе, государыня, ни жалеть брата, а отдать его нужно будет; и тебе, Иван, идти надобно поскорее. Не всем из-за тебя погибнуть“.

Царица и царевна с Нарышкиным вышли из церкви и подошли к золотой решетке, за которою уже ждали стрельцы. Отворили решетку; стрельцы, не уважая ни иконы, которую нес Нарышкин, ни присутствия царственных женщин, бросились на Ивана с непристойной бранью, схватили за волосы, стащили вниз по лестнице и проволокли через весь Кремль в застенок, называемый Константиновским. Там подвергли его жестокой пытке, оттуда повели на Красную площадь, подняли на копьях вверх, потом изрубили на мелкие куски и втаптывали их в грязь.

Стрелецкое возмущение тотчас повлекло за собою и другие смуты: взбунтовались боярские холопы. Стрельцы им потакали и вместе с ними напали толпою на Холопий приказ, разломали сундуки, отбили замки, разорвали кабальные книги и разные государевы грамоты. Стрельцы, присваивая себе право распоряжаться законодательством, кричали: „Даем полную волю на все четыре стороны всем слугам боярским. Все крепости на них разодраны и разбросаны“. Но большая часть освобожденных холопов возвращалась к своим прежним господам, а иные воспользовались своей свободой, чтобы вновь закабалить себя другим.

Царевна Софья, как бы из желания прекратить бесчинства, призвала к себе выборных стрельцов и объявила, что назначает на каждого стрельца по десяти рублей. Эта сумма, независимо от обыкновенного жалованья, идущего стрельцам, будет собрана с крестьян, имений церковных и приказных людей. Сверх того, стрельцам предоставлено было продавать имущество убитых и сосланных ими лиц. Наконец, по просьбе стрельцов, положено было выплатить им, пушкарям и солдатам за несколько лет назад заслуженное жалованье, что составляло 240 000 рублей. Софья наименовала стрельцов „надворною пехотою“ и уговаривала более никого не убивать и оставаться спокойными. Она назначила над ними главным начальником князя Хованского. Стрельцы очень любили его и постоянно величали своим „батюшкою“. Кирилл Нарышкин был пострижен и отправлен в Кирилло-Белозерский монастырь».

A. И. Корзухин. «Мятеж стрельцов в 1682 г.». 1882 г.

Вероятно, эти события стали одним из самых страшных воспоминаний юного Петра, в тот день он научился не доверять ни стрельцам, ни московским боярам и стремился избегать их.

Был ли этот бунт организован Милославскими, и принимала ли в его организации участие Софья? Этого мы не знаем. Но это не был «русский бунт, бессмысленный и беспощадный», стрельцы действовали по инструкции, у них были «проскрипционные списки», они знали, кого нужно убить. Но даже если Софья ничего не знала о подготовке бунта, она сумела повернуть его в свою пользу. «Нельзя ее обвинять в создании стрелецкого мятежа, но трудно было бы ждать от нее, чтобы она этим мятежом в своих видах не воспользовалась», – замечает один из ее биографов.