Серьезнейшей проблемой республиканского флота являлась острая нехватка командного состава. Так, из 19 адмиралов на стороне республики осталось только двое, из 31 капитана 1 ранга – тоже двое, из 65 капитанов 2 ранга – семеро, из 126 капитанов 3 ранга – тринадцать, а из 256 лейтенантов – только 10! Следует отметить, что из 650 адмиралов и офицеров плавающего состава флота 253 были убиты за поддержку мятежников верными республике моряками в ходе кровопролитных стычек на борту кораблей и в базах. Офицеры-подводники, особенно старшие офицеры, в большинстве своем оказались вовлеченными в мятеж. К 1938 году в рядах республиканского ВМФ осталось служить только 35 человек из состава довоенного офицерского корпуса – всего 5 процентов!
18 июля офицеры С-5 присоединились к восставшим, но 20-го были арестованы республиканцами. На других «эсках» экипажи передали командование в руки верных республике офицеров или унтер-офицеров. 20 июля в Малаге был арестован и отправлен в плавучую тюрьму – судно “Monte Torro” и командир флотилии ПЛ Capitán de Fragata Francisco Guimerá Bosch. В августе республиканцами были расстреляны командир С-2 capitán de corbeta Juan García de la Mata Pérez и его помощник alférez de navío Tomás Bustillo Delgado, командир С-3 capitán de corbeta Javier de Salas Pintó, командир С-5 capitán de corbeta Antonio Amusátegui Rodríguez. Такая же участь постигла и многих офицеров лодок типа «В»: командиров В-1 teniente de navío Narciso Núñez de Olañeta и teniente de navío José María Pasquín Daban, командира В-2 Ceferino Portal Villaamil и помощника teniente de navío Mariano González Requena, командира В-3 Luis Regalado Rodríguez и его помощника teniente de navío Víctor Garay Lobo, а также alférez de navío Rafael Bravo Gómez, командира В-4 Antonio Nieto Antúnez с помощником teniente de navío Ricardo Chereguini Pardo и командира В-5 Guillermo Scharfhausen Kebbon.
Значительная часть офицеров (да и других членов экипажей кораблей), оставшихся в рядах правительственного флота, тайно симпатизировала мятежникам и старалась различными путями саботировать боевую деятельность своих кораблей. Согласно позднейшим исследованиям, из 110 офицеров, остававшихся на службе законного правительства, только 47 оказались лояльными ему [15]. Дисциплина на кораблях и в береговых подразделениях флота была крайне низкой. Командиры, судовые комитеты и политические комиссары (эта должность была введена в сентябре 1936 года прави-тельством Ларго Кабальеро) соперничали между собой. Моряки являлись сторонниками различных политических партий (республиканцев, социалистов, коммунистов, троцкистов, анархистов и так далее) и не всегда могли мирно сосуществовать в замкнутом мирке боевого корабля.
Вот как описывает обстановку на борту С-6 в 1937 году ее советский командир Египко [2]:
“Я посмотрел в перископ и увидел знакомые очертания вражеского крейсера. Срочно привел подводную лодку на боевой курс и скомандовал: «Кормовые аппараты… товсь!» Расстояние до корабля составило 4 кабельтовых (около 740 метров), были хорошо видны фигуры матросов и развернутые по борту орудия. Рядом со мной стоял штурман, и я с целью более точного опознавания корабля пригласил его к перископу. Взглянув в перископ, он выкрикнул слово «Сервера»! Боцман, сидевший на рулях, внезапно переложил их на погружение. Лодка провалилась на глубину. Кто-то, очевидно штурман, нажал на кнопку опускания перископа, тяжелый удар пришелся по мне, и я упал. Все произошло мгновенно, а подводная лодка уходила все глубже и глубже. Я пришел в себя после болезненной травмы и жестко подал команду: «Рули на всплытие!» Подводники, наблюдавшие происшедшую сцену, пришли в себя. Однако всплытие под перископ продолжалось, как мне казалось, весьма медленно. Взявшись за перископ, я увидел сверкающее море и уходящие за горизонт мачты и трубы «Альмиранте Серверы». Так второй раз миновал своей участи вражеский крейсер.
Три республиканские подводные лодки, плавающие в Контабрике, не могли расправиться с этим крейсером в течение долгого времени. Это позволяло крейсеру находиться без охраны и успешно решать свои задачи. У меня же на корабле то торпеды шли не туда, то мы сами проваливались на глубину. Две другие подводные лодки, на которых командирами были испанские аристократы, при выходе в море, как мне потом рассказывали матросы, отлеживались на грунте и ни в каких операциях не участвовали. Было среди республиканских командиров нежелательное для гражданской войны мнение, что топить свои, испанские, корабли ни к чему. Такого же мнения были и отдельные члены моего экипажа, а именно боцман и штурман. Таким образом, для обеспечения успеха в атаке необходимо было в то время иметь на подводной лодке не только командира, желающего этого, но и надежный экипаж корабля. Тогда для меня все неудавшиеся случаи были неожиданностью. Перед поездкой в Испанию вопрос о вредительстве и о невыполнении приказов даже не упоминался. Говорили, что все в порядке. У меня же во время плавания на севере Испании в конце концов создалось впечатление, что в команде подводной лодки есть люди, действующие против республики”.
Чуть ли не единственный кадровый офицер-подводник, оставшийся верным Республике – командир С-5 capitán de corbeta Remigio Verdia Jolí, был назначен командовать флотилией ПЛ. Республиканцы пытались восполнить нехватку офицеров-подводников моряками торгового флота и советскими добровольцами.
Старший советский морской советник республиканцев капитан 1 ранга Н.Г. Кузнецов, видя, что квалифицированных специалистов-подводников катастрофически не хватает, попросил Москву прислать в Испанию несколько опытных подводников. Всего через Испанию их прошло шестеро: И.А Бурмистров, Н.П. Египко, Г.Ю. Кузьмин, С.П. Лисин, И.В. Грачев и В.Е. Егоров. Первым в ноябре 1936 года прибыл капитан-лейтенант И.А. Бурмистров. В отличие от других советских специалистов, которые в основном выполняли функции военных советников, этой шестерке пришлось командовать испанскими субмаринами: С-1 поочередно командовали Бурмистров, Грачев и Кузьмин, С-2 – Егоров и Египко, С-4 – Лисин и Кузьмин, С-6 – Бурмистров и Египко.
Действия лодок в районе Гибралтарского пролива и у Балеарских островов осложнялись неопытностью их командиров, в результате чего ПЛ преимущественно находились в надводном положении, что делало их уязвимыми от ударов самолетов мятежников, быстро организовавших авиационное противолодочное патрулирование и даже от огня береговой артиллерии. Этому способствовала и большая прозрачность воды в этих районах.
Так, 28 июля С-4 получила повреждения от снарядов береговой артиллерии при патрулировании в районе Уэльвы и была вынуждена уйти на ремонт в Танжер, а затем в Малагу и Картахену (лодка вышла из строя до 22 августа). Через два дня С-3 в проливе подверглись атаке гидросамолетов националистов, при этом две бомбы разорвались у борта лодки. У Балеарских островов атаке авиации противника подверглись В-3 и В-4. 15 августа у побережья Испанского Марокко, получив повреждения после атаки самолетов, С-1 ушла в Малагу, где была тяжело повреждена авиабомбой и ее отбуксировали в Картахену на шестимесячный ремонт. В конце августа в результате атаки трех гидросамолетов мятежников получила повреждения С-3, отбуксирована в Малагу на ремонт. 12 октября в районе Гибралтарского пролива была потоплена гидросамолетом националистов В-5.
Действия правительственных ПЛ по блокаде Гибралтарского пролива не сыграли существенной роли. В ночь с 26 на 27 июля С-4 выпустила 37 артиллерийских снарядов и торпеду по судам, пересекавшим Гибралтарский пролив, но попаданий не добилась. По некоторым данным, 13 августа С-3 в районе Малаги потопила два мелких рыболовных судна, а 14 сентября одна из республиканских ПЛ захватила и затопила рыболовный сейнер „Alvarez Feihoo“ (112 брт). Выходы лодок из Малаги становились все реже и не давали эффекта. В конце сентября в районе пролива действовала только одна лодка – С-2.
Подводным лодкам была поставлена задача не только прервать пути переброски мятежных войск на Иберийский полуостров, но и не допустить выгрузку в портах, контролируемых повстанцами, грузов военного назначения, доставляемых на иностранных судах. При этом действия ПЛ затруднялись открытым противодействием военных кораблей Италии и Германии, правительства которых поддерживали мятежных генералов.