Все эти события заставили отца Спиридона вовсе уйти из военного ведомства. В это же время его новые киевские друзья предложили ему принять участие в их давно вынашиваемом церковно-общественном проекте. Экземплярский и его единомышленники решили организовать общину нового типа, в которой новозаветные принципы будут осуществляться без компромиссов и в соответствии с духом апостольской эпохи и святоотеческих принципов. Восьмого октября 1917 года организационно оформилось «Братство Иисуса Сладчайшего». Лучшего кандидата на пастырское руководство общиной, чем отец Спиридон, трудно было представить. Его назначают председателем братства. С этого момента архимандрит словно пробуждается к новой жизни.
Братство поначалу возникло на основе небольшого кружка культурных людей, собравшегося вокруг редакции «Христианской мысли» и Религиозно-философского общества. Из этого кружка отец Спиридон получил, в частности, активную помощницу Ольгу Прохаско, социалистку и талантливую христианскую писательницу. Один из членов РФО, настоятель «Железной» церкви на Галицком базаре Евгений капралов, дал архимандриту возможность проповедовать в своем храме и заниматься миссионерством в приходе. Вскоре к нему стали обращаться за духовной помощью железнодорожники и члены их семей, жившие в этом районе, и уже в 1918 году неожиданно для всех бывший военный священник оказался во главе многотысячной активной рабочей паствы.
Ближайший друг пастыря впоследствии – на допросе в ОГПУ (23.02.1931 г.) – так описывал состав его новой общины: «Братство [ «Иисуса Сладчайшего] состояло из лиц, принадлежащих к всевозможным христианским исповеданиям. Здесь встречались и представители разных сект (евангелисты, баптисты), и даже католики. Преимущественно состояло „Братство” из рабочих и их семей».
Архимандрит смог теперь направлять жизнь братства в соответствии с ценностями бескорыстного, «негосударственного христианства». Он, так же как и Экземплярский с его ближайшими друзьями, понимал, что только усвоение этих вечных начал является залогом «возможного духовного возрождения России и всего мира».
В понимании отца Спиридона, отступлением от ценностей Евангелия стала практика государственной Церкви, в которой веками совершалась торговля святыней, превращенной в товар. В исторической Церкви «подлинный» Христос заменен христом мира сего, заветы Царства Божьего вытеснены предписаниями «духовного ведомства», искренний порыв веры заглушен лицемерием.
Страшно то, что церковные фарисеи столь духовно бесчувственны, что во все времена оправдывают насилие и войны, развязываемые светской властью. Они всегда стоят у кормила власти в Церкви, уводя христиан в сторону от истин, провозглашенных Новым Заветом.
К началу XX века в России медленно начинались процессы духовного оздоровления. В частности, среди духовенства и верующих появились группы ревнителей веры, понимающих, что Церкви нужно избавиться от засилия бездушной консисторской бюрократии. Но в августе 1914 года подавляющее большинство этих энтузиастов не нашли ничего лучшего, как благословлять своими молитвами и призывами начавшуюся войну, как войну «истинной» духовности против «ложных начал» западной цивилизации (прежде всего, подразумевалась цивилизация германская). Все годы мировой войны они проповедовали солдатам необходимость умирать на фронтах «за Святую Русь».
Такое «современное христианство» отец Спиридон считал холодным и бездушным.
Уже с конца 1917 года архимандрит организует в Киеве широкое социальное благотворительное движение. Его паства всю Гражданскую войну помогает нищим, пленным, заключенным, голодным, холодным, больным и опустившимся людям. Подобная деятельность продолжалась все 1920-е годы и в 1930-м году была оборвана лишь смертью пастыря и арестами его ближайших последователей.
Перед большевистским переворотом архимандрит знакомится у Василия Ильича со студентом киевского университета, религиозным писателем Анатолием Жураковским, также вернувшимся с фронта. Они подружились. Впоследствии молодой человек примет священный сан, организует свою общину, дружественную Братству. Вместе с отцом Спиридоном они особенное значение придавали работе с детьми, с беспризорниками, толпы которых из самых разных общественных слоев появились на улицах с началом крушения имперской государственности и братоубийственной войны. Два друга регулярно стали посещать чайную Общества трезвости на углу Златоустовской улицы и Галицкой площади, пристанище босяков и потерянных людей. Здесь архимандрит служил молебны об исцелении заблудших, алкоголиков, а несколько активных и блестяще образованных женщин («благовестниц») каждую неделю организовывали там встречи с детьми, где последние сами произносили (начиная с семилетнего возраста) проповеди на евангельские темы.
На службы к архимандриту стекалось множество людей, так что вынужденной особенностью этих служб стала общая исповедь сотен прихожан, выслушать каждого из которых отец Спиридон был не в силах. Он обращался ко всем в церкви с призывом вслух называть свои грехи. Очевидцы рассказывали, как из разных мест толпы раздавались голоса с признанием в смертных грехах: кто-то открыто каялся в убийстве (а то и не одном), кто-то признавался в воровстве, клевете, супружеской измене и т. п. Все это наэлектризовывало обстановку, заставляя присутствующих порой кардинально изменять свои закоренелые привычки и сердечный настрой.
Несмотря на покровительство украинской власти при гетмане П. Скоропадском, в 1918 году архимандрит и христианские демократы, группировавшиеся вокруг Экземплярского, сталкивались с ожесточенным противодействием нового киевского митрополита Антония (Храповицкого). На московском Соборе он чуть было не стал патриархом, набрав большинство голосов (лишь жребий, вытянутый старцем Алексием Зосимовским, указал на Тихона). Оказавшись на Киевской кафедре, владыка стал управлять украинской Церковью по старинке, когда во главу угла ставили отказ от любых перемен и утверждали верность сложившейся практике. Для него стиль служения архимандрита, его открытость к людям являлись признаками если не смутьянства, то «хлыстовства». Он наложил на монаха епитимью и возбудил против того внутрицерковный судебный процесс. Вскоре митрополита арестовали петлюровцы и увезли в Галицию. Почти через год он вновь вернулся с частями белых, потом отбыл на Юг России. Все это время – при белых и красных – в вялотекущем режиме продолжалось церковное следствие над отцом Спиридоном. (Закончилось лишь в 1923 году вынесением ему формального порицания Святейшим Тихоном при одновременном неформальном поощрении: патриарх передал харизматичному монаху свой фотопортрет с краткой надписью: «Архимандриту Спиридону на память».
Отбиваясь от натиска начальства, архимандрит в 1918-м пишет окончательную редакцию «Исповеди священника перед Церковью» и в следующем году издает ее отдельной книгой. Она выходит при втором воцарении в Киеве большевиков, скорее всего летом. Весна и лето 1919-го были страшным временем показательных массовых расстрелов представителей «чуждых классов». Но отца Спиридона, священника рабочих, пока не трогали.
Он продолжал служить в своем стиле, не прекращая и широкой социальной и просветительской работы.
Экземплярский в канун 1918 года в обращении к читателям «Христианской мысли» высказал убеждение, что уже «близок час духовного пробуждения народа, тоски по Богу и искания Его правды. Задача всех церковных людей сделать все возможное, чтобы утолить эту жажду духовную». Архимандрит Спиридон считал Василия Ильича своим «отцом во Христе» и, конечно, стремился осуществить на деле их общее упование.
Изданием своей «Исповеди» архимандрит хотел показать причины своего протеста против господствовавших в Церкви нравов, которые приводили ее к параличу, отрывая от источников духовной энергии. После выхода книги многие читатели его поддержали, но многие испытали смятенье (если не возмущение). В 1920-м он издал еще одну свою книгу «Царь христианский», в которой в форме притчи описывал губительность для христиан стремления руководствоваться в своих поступках «государственными» задачами, патриотизмом или еще какой-либо идеологией, отодвигая на задний план заповеди Нового Завета.