В апреле 1918 года германские войска, взяв в союзники гайдамаков и пройдя всю Украину, вступили в Донецкий каменноугольный бассейн. Затем они промаршировали по улицам Ростова. Воевать на Юге Владимиру Алексеевичу больше не пришлось: в апреле 18-го он был срочным порядком вызван в Москву.

Начались переговоры советского правительства с германским командованием. Антонову-Овсеенко предложили объявить вооруженную борьбу на Украине прекращенной. А в это время союзники большевиков левые эсеры стали призывать к «революционной войне» против Германии. Нарком понимал, что воевать пока нечем, со своими из белого стана разобраться бы: Кубань в огне, Кумуч на Волге, атаман Семенов в Забайкалье.

В Москве у Владимира Александровича сразу нашлось много дел. 5 июля на 5-м Всероссийском съезде Советов фракция левых эсеров (352 человека) выразила недоверие советскому правительству, но большинство участников съезда эту резолюцию не поддержало. На следующий день левые эсеры Я. Г. Блюмкин и Н. А. Андреев с подложным мандатом ВЧК явились в посольство Германии и убили посла В. Мирбаха, после чего скрылись в штабе отряда при ВЧК, которым командовал левый эсер Д. И. Попов.

Там уже находились члены ЦК и другие лидеры партии левых социалистов-революционеров – М. А. Спиридонова, Ю. В. Саблин, Б. Д. Камков, В. А. Карелин, П. П. Прошьян, В. А. Александрович (заместитель председателя ВЧК). Большинство из них Антонов-Овсеенко знал лично. Мятежники арестовали председателя ВЧК Ф. Э. Дзержинского, прибывшего в штаб отряда Попова с требованием выдать убийц германского посла. Затем был арестован М. И. Лацис, назначенный временным председателем ВЧК, председатель Моссовета П. Г. Смидович, ряд видных большевиков.

В ночь на 7 июля мятежные левые эсеры (около 1800 человек, 80 сабель, 6–8 орудий, 4 броневика, 48 пулеметов) под руководством Попова, Саблина и Александровича начали военные действия. Был занят центральный телеграф и призваны части столичного гарнизона присоединиться к ним, но те не «колыхнулись».

Подавлением левоэсеровского мятежа руководили председатель Высшей военной инспекции Н. И. Подвойский и начальник Латышской стрелковой дивизии И. И. Вацетис. Вечером 6-го числа была арестована фракция левых эсеров съезда Советов во главе с Марией Спиридоновой. Ударной силой большевиков по ликвидации выступления своих, уже бывших, союзников стали красные латыши.

В 2 часа ночи 7 июля позиции мятежников были окружены советскими войсками, которые в 6 утра начали наступление. Левых эсеров обстреляли из пушек после того, как они отказались сложить оружие. Около 300 человек сдалось в плен. Остальные рассеялись, их преследовали. На следующий день 13 мятежников, в том числе Александрович, задержанные с оружием в руках, были расстреляны по постановлению ВЧК.

Вслед за выступлением левых эсеров в Москве, на Восточном фронте произошел так называемый мятеж Муравьева. Вооруженные столкновения имели место при разоружении боевых дружин левых эсеров в Петрограде, Витебске, Владимире, Орше и других городах.

Антонов-Овсеенко не был среди руководителей подавления левоэсеровского мятежа в самой Москве. Ему поручалось преследование вырвавшихся из столицы отряды мятежников, которые отступали в направлении города Владимир. Их вскоре настигли в 30 верстах от Москвы. Были захвачены пленные, а в числе трофеев значились орудия и пулеметы. О каких-то серьезных боях в той операции сведений нет.

Когда в середине июля вспыхнул так называемый антисоветский Ярославский мятеж, В. А. Антонов-Овсеенко был назначен уполномоченным Совнаркома по его подавлению. Но член Высшего военного совета сумел прибыть в город только тогда, когда бои в нем уже закончились. С группой партийных агитаторов он побывал в Шуе и Иваново-Вознесенске, выступая на многочисленных митингах.

В июле и августе 1918 года Владимир Александрович исполнял обязанности народного комиссара по морским делам. Были серьезные опасения, что германский флот появится в водах Финского залива, на ближних подступах к Кронштадту и Петрограду. Антонов-Овсеенко дает предписание командованию Балтийским флотом готовиться к постановке минных заграждений. То есть дополнить те обширные минные поля, которые были поставлены в начале Первой мировой войны.

9 августа штаб Балтийского флота получил экстренную телеграмму: «Минное заграждение поставить немедленно». Телеграмма была подписана В. И. Ульяновым (Лениным) и В. А. Антоновым-Овсеенко.

В августе – сентябре 1918 года народный комиссар по военным делам был командирован Совнаркомом в Берлин для участия в переговорах с правительством Германии. Рассматривались вопросы взаимоотношения двух государств, раздираемых политическими противоречиями.

Затем он непродолжительное время командует группой войск на Восточном фронте, занимавшей участок Ижевск – Пермь. В октябре в «Известиях Наркомвоен» была опубликована полемическая статья Владимира Александровича, который писал: «Подлинный стратегический узел завязывается для нас не на Дону или Кавказе, он туго завязывается на Урале».

Но долго воевать на Восточном фронте Антонову-Овсеенко не довелось. Реввоенсовет Республики, который в годы Гражданской войны возглавлял Л. Д. Троцкий (Бронштейн), учитывая опыт Антонова-Овсеенко (введенного в состав Реввоенсовета) в начале Гражданской войны, направляет его на Украину, большая часть которой уже находилась в руках германских войск.

17 ноября он назначается командующим и членом Реввоенсовета Особой группы войск Курского направления Украинского фронта, который только начал создаваться. Основу группы составляли две украинские советские дивизии. От Главнокомандующего Вооруженными Силами Республики ожидалось значительное усиление, но на деле оно оказалось только обещанием. Резервы уходили на Восточный фронт, откуда шла наибольшая опасность.

В том же ноябре, 30-го числа, следует новое назначение. В. А. Антонов-Овсеенко возглавляет Революционный военный совет Украинской Красной армии из трех человек (он, В. П. Затонский и Ф. А. Артем). Одновременно становится членом Совета рабочей и крестьянской обороны Украинской ССР.

Советские войска начали наступление по трем направлениям – на Чернигов, Купянск и Белгород. Но вскоре их приостановили, командование стало заниматься доформированием войск и их обучением, поиском резервов. А. В. Ракитин в историко-биографическом очерке «В. А. Антонов-Овсеенко» пишет о той ситуации:

«…Так и не получив директивы главкома, Антонов решил вновь действовать против интервентов самостоятельно. Правда, лобовая атака немецких позиций наличными силами не могла принести успеха, это показала попытка взять с налета Белгород.

Командование фронта избрало другую тактику – мирные переговоры и постепенное просачивание украинских советских частей в тыл Белгорода и Харькова. Надо было, не предъявляя немцам ультиматума, не ввязываясь в тяжелые бои, постепенно оттеснять их от демаркационной линии.

События торопили! С юга угрожали флот и войска Антанты, на Дону укреплялся генерал Краснов, в Киеве – Петлюра, объединившийся с белогвардейцами».

Антонов-Овсеенко прилагал все усилия для пополнения Украинской советской армии. Это ему в значительной мере удалось. На конец декабря она насчитывала в своих рядах 14 тысяч штыков, 1350 сабель при 20 орудиях и 139 пулеметах. Но при этом надежды на «революционное разрушение» германских войск (на Украине еще оставалось 8 их дивизий) армейской группы «Киев» не оправдались.

Владимир Александрович в своих «Записках о гражданской войне» свидетельствовал: «…Как ни быстро разлагались германские части, все же они продолжали сохранять старую воинскую организацию, прежнее командование и некоторую дисциплину».

В первый день нового 1919 года в Харькове вспыхнуло восстание против петлюровцев. Германское командование поддержало войска Украинской директории под тем предлогом, что восставшие якобы мешают успешной эвакуации немецких войск. Антонов-Овсеенко на свой страх и риск двинул красные полки на Харьков и 3 января освободил город от петлюровцев. На следующий день, 4 января 1919 года, он назначается командующим Украинским фронтом.