Когда первые переселенцы прибыли в Ясриб, в дальнейшем получивший название Медина, город озарился присутствием Пророка, и ансары – первые принявшие ислам жители города, тепло приветствовали мухаджиров, мекканских изгнанников. Чтобы облегчить обустройство поселенцев на новом месте, Мухаммад заключил между этими двумя группами «договор братства». Для урегулирования отношений между разными племенами в городе и поддержания администрирования центральной рыночной площади – сердца города – были учреждены новые правила. Возводились мечети. Жизнь новой духовной общины постепенно налаживалась, хотя присутствие мекканских изгнанников и создавало определенное напряжение из-за неравного социального положения и старого неутихающего конфликта между двумя коренными мединскими племенами – Аус и Хазрадж.

Несмотря на то, что в Медине мусульмане теперь составляли большинство населения, Мухаммаду нужно было подумать о безопасности своих последователей в регионе. Он также издал устав, известный как Мединская конституция, в основе которого лежали правила урегулирования взаимоотношений между разными группами населения для поддержания мира. В Медине жили и иудейские племена, и малочисленные христиане. Новый устав гласил, что иудеи являлись полноправными членами общины (уммы) Медины и имели такие же права и обязанности, как мусульмане. В надежде, что это гарантирует безопасность мусульманскому присутствию в городе и укрепит мир, данный принцип распространился на все меньшинства. Однако извне надвигалась военная угроза. Курайшиты – правящий род Мекки – не могли смириться с тем, что мусульмане, которых они хотели уничтожить, сбежали от них и нашли убежище в Медине. Враждебность двух сторон нарастала, и происходили битвы, одна за другой.

Между тем росло напряжение во взаимоотношениях мусульман с тремя иудейскими племенами – Бану Кайнука, Бану Надир и Бану Курайза, которые вели с курайшитами свою игру. Прочие иудейские племена оставались под защитой Пророка. У Мухаммада уже произошел ранее конфликт с Бану Кайнука, нарушившими соглашение и заключившими союз с врагами. Пророк нанес им поражение, но затем даровал свободу и разрешил покинуть город. Подобное решение в корне противоречило существующим обычаям, согласно которым мужчин побежденного племени казнили, а женщин и детей считали военной добычей.

Получившие свободу люди Бану Кайнука объединились с Бану Надир и вновь предали Мухаммада, напав на мусульман. Мухаммад опять помиловал их и отправил в изгнание. Через некое время он узнал, что Бану Курайза заключили союз с двумя другими изгнанными племенами и намереваются предать его в третий раз. Мухаммад отправил на них войска и одержал победу. Теперь он, согласно иудейским традициям, предложил, чтобы их судьбу решил другой человек, и иудеи одобрили кандидатуру своего судьи. Приговор был вынесен безжалостный, и всех мужчин племени казнили. Суровое наказание исполнили только в отношении трижды предавших, и это возымело эффект: соседние племена больше не нарушали заключенные договоры.

Описываемое событие произошло незадолго до того, как мусульманская община наконец достигла стабильности в регионе, заключив ряд союзов, обеспечивающих ее безопасность.

Тем временем Мухаммад снова женился. Супругой Пророка стала Айша – дочь его друга Абу Бакра. Традиция передает, что во время заключения брака Айше было шесть лет, а когда они вступили в супружеские отношения, ей исполнилось девять, что вполне соответствовало обычаям того времени. Тем не менее некоторые известные исследования ставят возраст Айши под сомнение. Кроме того, из сопоставлений с историческими событиями, не имеющими отношения к биографии Мухаммада, вытекает, что Айше было от 16 до 18 лет. В течение 25 лет у Пророка была одна супруга, однако после переселения в Медину он женился на одиннадцати женщинах. Бо́льшая часть этих браков была заключена по политическим мотивам, чтобы закрепить достигнутые соглашения с разными кланами, в соответствии с обычаями того времени. Мухаммад продолжал выстраивать взаимоотношения в регионе с соседними племенами. Было важно изменить отношение к своей общине, создать мусульманам, которых курайшиты пытались представить всем как никчемных безумцев, положительную репутацию. Однажды Медину, например, посетили христиане из Наджрана. Мухаммад позволил им совершать молитвы в своей мечети и очень уважительно отнесся к соблюдению ритуалов иной религии. В это же время произошло ключевое изменение в религиозной практике. По прибытии в Медину мусульмане молились, обращаясь лицом в сторону Иерусалима – священного города трех религий монотеизма, но уже в самой Медине Пророк получил Откровение, указывающее, что обращаться нужно в сторону Мекки, где находилась Кааба. Кааба представляет собой куб, полый внутри, который, согласно мусульманской традиции, был возведен Авраамом, однако люди окружили постройку идолами. Авраам очистил храм, но после его смерти тот вновь превратили в место поклонения идолам, пока Кааба окончательно не была очищена Мухаммадом. Кааба стала священной мечетью, символически олицетворяя собой дом Бога, центром, в сторону которого мусульмане обращаются лицом во время молитвы, также, как они направляют свои сердца и жизнь к Богу: «Обрати же свое лицо в сторону Заповедной мечети. Где бы вы ни были, обращайте ваши лица в ее сторону [во время молитвы]» (2:144). Все мечети обращены в сторону Мекки, а Иерусалим, лицом к которому молились раньше, остается священным городом для мусульман по сей день.

Дипломатические и военные успехи укрепили репутацию Мухаммада, и в соседних великих империях его стали называть повелителем арабов. После Откровения о направлении молитвы в сторону Мекки во время месяца Рамадан Пророку приснился сон, что он совершит паломничество в Мекку. Это было в шестом году хиджры (628 год). Мухаммад приказал своим сподвижникам приготовиться к походу и выступить безоружными, дабы продемонстрировать мекканским лидерам мирные намерения. Однако курайшиты отказались пустить их в город, и после затянувшихся переговоров, поставивших мусульман в очень невыгодное положение, было подписано перемирие аль-Худайбии. Согласно его условиям, мусульмане должны были вернуться в Медину и совершить паломничество в следующем году.

Хотя паломничество и не состоялось, подписанное соглашение принесло мир в окрестности Медины, где еще шли боевые действия. Затем Пророк направил послания правителям соседних держав – Негусу в Абиссинию, Хосрою II, шаху Персии, византийскому императору Иераклию, правителю Египта и некоторым другим. В них Мухаммад предлагал признать себя как Посланника Божиего, призывал принять ислам и предостерегал, что в случае отказа на них ляжет ответственность перед Богом за введение в заблуждение своих подданных. Правители отреагировали по-разному: ислам принял только Негус, остальные были возмущены предложением, унизили послов или убили.

На следующий год Пророк с единоверцами совершил так называемое малое паломничество (умра), согласно условиям подписанного в Худайбии перемирия. Курайшитов раздражало это соглашение, и спустя год они нарушили одно из условий, напав на племя, находящееся под защитой Мухаммада. Пророк рассудил, что тем самым они разорвали мирный договор, и выступил с армией на Мекку. После короткой осады мусульмане вынудили мекканцев сдаться. Это произошло на восьмой год хиджры (630 год). Пророк въехал в город верхом, распростертым ниц, лично уничтожил идолов, окружавших Каабу, и объявил, что с этих пор священное место предназначается для поклонения только Всевышнему. Затем он собрал мекканцев, которые сражались против него 20 лет. Мухаммад сказал: «Идите с миром, вы свободны», простив их всех. Он вновь был в родном городе. Через некое время Пророк вернулся в Медину, чтобы продолжить руководить быстро растущей общиной.