С трудом Алексеев и Деникин консолидировали свое войско. Они понимали, что полное его выздоровление произойдет только в боях за реализацию поставленных ими целей. Они также осознали важность овладения определенной территорией. Таковой представлялась им, прежде всего, Кубань. Туда и устремили они свои взоры, связывая с нею дальнейшую судьбу своей армии. И 9 июня 1918г. Добровольческая армия двинулась во второй поход на Кубань. В своих рядах она насчитывала 8,5-9 тыс. штыков и сабель при 21 орудии. Вместе с нею выступил также отряд в 3,5 тыс. донских ополченцев при 8 орудиях под командованием полковника Быкадорова. Сила этого, в общем-то, незначительного контингента заключалась в его составе - в обученных бою офицерах и казаках, охваченных ненавистью к революции, лишившей их привилегий и привычного благополучия. Поэтому она сравнительно легко разбила Красную армию Кубано-Черноморской советской республики, превосходившую ее по численности в 8-9 раз, но преимущественно состоявшую из необученных военному делу и неорганизованных иногородних и коренных крестьян. 3 августа 1918г. Добровольческая армия после ожесточенных боев овладела Екатеринодаром. Она была восторженно встречена жителями. Менее чем за четыре месяца Деникин захватил почти всю Кубанскую область, Ставропольскую и Черноморскую губернии (последнюю - без Сочинского округа, оккупированного тогда же меньшевистской Грузией). Численность Добровольческой армии за это время возросла до 35-40 тыс. человек.
Но не успел Деникин вздохнуть с облегчением, почувствовав себя правителем столь громадного и, главное, богатого во всех отношениях региона, как оказался перед новым и неожиданным для него фронтом взбунтовавшихся казачьих правителей Кубани. Все они до этого тихо отсиживались в обозе его армии, теперь же дружно заголосили о суверенности своей области и ее независимости от добровольческого командования. Укрощая их, Деникин распространил на контролируемую им территорию "Положение о полевом управлении" 1915 г., ставившее местные власти в подчинение военным органам. Но тем самым, оказалось, лишь подлил масла в огонь разгоравшегося костра политических страстей. Но сами кубанцы, однако, раскололись на две группы, главным образом, по признаку внешнеполитической ориентации. Черноморцы, возглавлявшиеся Л.Л.Бычем, Н.С.Рябоволом и С.Шахим-Гиреем, ударились в украинофильство и сепаратизм. Преобладая численно, они захватили ключевые посты в раде и правительстве Кубани и укрепились в ее столице Екатеринодаре. Линейцы, сгруппировавшиеся вокруг атамана А. П. Филимонова и вынужденные довольствоваться лишь провинциальным Армавиром, стояли на позициях русских централистов и автономистов, связывали свою судьбу с Добровольческой армией. Это был единственный результат, которым мог довольствоваться Деникин. Но он еще и не предполагал, в какой он втягивается омут длительной борьбы, изнуряющей и разрушающей тыл его армии.
Черноморцы быстро перекрыли кубанские границы, запретили въезд "русских беженцев" и вывоз из области продовольствия и сырья. То же самое проделали и на Дону. Обмен между районами, подконтрольными Деникину, прекратился, поставив всю экономику перед большими трудностями. Рупор сепаратистов газета "Вольная Кубань" уже 22 сентября 1918г. высказала их сокровенные помыслы: Кубань в будущем "не помирится ни на самоуправлении, ни даже на автономии, а будет отстаивать суверенные права... Казачество хочет быть полноправным хозяином... Ему нужны свои порты и дороги, независимость при определении своих отношений к другим соседним областям или государствам".
Добровольцы, возлагавшие громадные надежды на казаков, оказались в состоянии конфронтации с их правительствами. В печати развернулась открытая и острая перебранка. А. И. Калабухов, один из правителей Кубани, официально закрыл все проденикинские организации и газеты - как сеющие недоверие к краевой власти и дискредитирующие высших "представителей соседних дружественных новообразований". Части, укомплектованные кубанцами, получили приказ выйти из подчинения Деникину. А они составляли половину его армии. Советники Деникина предложили ему покинуть Кубань, но он, проявляя осторожность, не согласился с ними.
В целях расширения социальной опоры командующий взял крен в сторону иногородних и коренных крестьян как носителей "общероссийских" традиций, но они во все глаза смотрели на казачьи земли, требуя их передела, что неминуемо обостряло сферу давнего социального напряжения в казачьих областях. Ничего не получилось и из привлечения на свою сторону местных земских, городских, кооперативных и профсоюзных деятелей, показавшихся чрезмерными "социалистами". Пришлось опереться на старое испытанное чиновничество, но оно, обросшее авантюристами, ликвидировало не только советы, но и "керенщину", заводило старые порядки. Являвшиеся вслед за деникинскими частями некоторые помещики требовали вознаграждения и уничтожения на месте преступления людей, причинивших им вред.
В. Алексеев внезапно скончался 7 октября 1918 г. Деникин стал главнокомандующим. Судьба уготовила ему тяжелую ношу. Он понимал, что не обладает политическим весом покойного. Поэтому, маневрируя, дабы успокоить и нейтрализовать соперников, сам объявил командование Добровольческой армии временной властью, не претендующей "на значение всероссийской" и распространяющейся только на подконтрольные ей районы.
В утвержденном им "Положении" указывалось, что эта власть конституируется как неограниченная единоличная диктатура, а Екатеринодар объявлялся ее главной штаб-квартирой. В отношении же "новообразований Юга", под которыми подразумевались казачья области - Донская, Кубанская и Терская, говорилось о "началах автономии" и необходимости достижения с ними "согласия". При этом настоятельно подчеркивалась необходимость объединения всех возникших армий под единым командованием для борьбы с большевиками. В качестве правительственного органа выступало Особое совещание.
Казачьи правители выступили против единоличной диктатуры Деникина. Кубанцы, ссылаясь на декларацию президента США В. Вильсона, выдвинули идею коллегиального правления, а Краснов откровенно язвил: "Я удивляюсь, чем, собственно, будет ведать это правительство без территории". Чтобы урезонить их, Деникин пригласил на совещание представителей казачьих кругов. Открывая встречу по его поручению 8 ноября 1918 г., генерал А. С. Лукомский сказал, что прения не дают житья, мешают созданию единого правительства Юга России. Председатель Донского круга В. Л. Харламов, находившийся на ножах с Красновым и проводивший проденикинский курс, оказал добровольческим руководителям всемерную поддержку. Но глава кубанского правительства Быч наотрез отказался от подчинения деникинскому правительству. Верховная власть ему представлялась как сложение местных властей. Совещание оказалось бесплодным. Разгневанный Шульгин призвал через свою газету "Великая Россия" не церемониться более с самостийниками. "С группой правительств, отрекшихся от России, предавших ее в угоду немцам, поливавших ее грязью лжи и ненависти, - писал он, - у нас не может быть разговоров. Единственная политика - низложение этих правительств и занятие их территорий". 11 ноября Чрезвычайная рада Кубани постановила: "В период гражданской войны Кубанский край является самостоятельным государством". Проденикинская газета "Кубанец" обвинила раду в большевизме и немецко-украинском прислужничестве. Особое совещание потребовало от нее пересмотреть это решение.
14 ноября на заседании рады с речью, обличающей ее, выступил сам Деникин. Он объявил также о непризнании им государственных образований Сибири и Уфы. Только Добровольческая армия, подчеркнул он, является преемницей русской армии. С ним согласился кубанский генерал И.Н.Покровский. На заседании рады он заявил: "Нам нужен диктатор. Иначе не мыслят казаки на фронте. Вы же тут сеете рознь между Кубанью и Добровольческой армией. ...Это нож в спину тем, кто спасает отечество". Его поддержал А.Г.Шкуро. Войска, верные Деникину, перекрыли улицы Екатеринодара. В воздухе запахло кровью. Покровский и Шкуро прямо предложили Филимонову покончить с черноморскими вожаками. Перепугавшись и забыв о распрях, атаман, Быч и председатель рады Рябовол бросились к Деникину, прося его о защите. После такой встряски кубанцы несколько попритихли и стали посговорчивей. Только Краснов не унимался. Приветствуя бунт рады против Деникина, он подбадривал: все "донцы идут но одному пути закреплению казачьих вольностей".
